PDB-6r7d: Crystal structure of LTC4S in complex with AZ13690257

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6r7d

タイトル

Crystal structure of LTC4S in complex with AZ13690257

要素

Leukotriene C4 synthase

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Inhibitor / arachidonic acid cascade / cysteinyl leukotrienes

機能・相同性

機能・相同性情報

Biosynthesis of protectin and resolvin conjugates in tissue regeneration (PCTR and RCTR) / Biosynthesis of maresin conjugates in tissue regeneration (MCTR) / leukotriene-C4 synthase / leukotriene-C4 synthase activity / Biosynthesis of Lipoxins (LX) / Synthesis of 5-eicosatetraenoic acids / leukotriene metabolic process / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / glutathione peroxidase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Kack, H. / Ek, M.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Discovery of the Oral Leukotriene C4 Synthase Inhibitor (1S,2S)-2-({5-[(5-Chloro-2,4-difluorophenyl)(2-fluoro-2-methylpropyl)amino]-3-methoxypyrazin-2-yl}carbonyl)cyclopropanecarboxylic ...
著者: Munck Af Rosenschold, M. / Johannesson, P. / Nikitidis, A. / Tyrchan, C. / Chang, H.F. / Ronn, R. / Chapman, D. / Ullah, V. / Nikitidis, G. / Glader, P. / Kack, H. / Bonn, B. / Wagberg, F. / ...

履歴

登録	2019年3月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年9月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2019年11月13日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6r7d.cif.gz	681.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6r7d.ent.gz	557.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6r7d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6r7d_validation.pdf.gz	10.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6r7d_full_validation.pdf.gz	10.4 MB	表示
XML形式データ	6r7d_validation.xml.gz	75.4 KB	表示
CIF形式データ	6r7d_validation.cif.gz	92.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/6r7d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/6r7d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3pcvS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7cc8-d 3b29-1 5kck-d 1ghb-2 855 2x93-d 4zrp-2 5o5l-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
#171 - 2014年3月
神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters)
類似性 (1)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Leukotriene C4 synthase

B: Leukotriene C4 synthase

C: Leukotriene C4 synthase

D: Leukotriene C4 synthase

E: Leukotriene C4 synthase

F: Leukotriene C4 synthase

G: Leukotriene C4 synthase

H: Leukotriene C4 synthase

I: Leukotriene C4 synthase

J: Leukotriene C4 synthase

K: Leukotriene C4 synthase

L: Leukotriene C4 synthase

ヘテロ分子

227 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Leukotriene C4 synthase

B: Leukotriene C4 synthase

C: Leukotriene C4 synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.5 kDa, 3 ポリマー
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2

D: Leukotriene C4 synthase

E: Leukotriene C4 synthase

F: Leukotriene C4 synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.6 kDa, 3 ポリマー
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3

G: Leukotriene C4 synthase

H: Leukotriene C4 synthase

I: Leukotriene C4 synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.6 kDa, 3 ポリマー
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4

J: Leukotriene C4 synthase

K: Leukotriene C4 synthase

L: Leukotriene C4 synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.1 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	121.591, 169.385, 174.478
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSアンサンブル:

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 13分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質	Leukotriene C4 synthase / LTC4 synthase / Leukotriene-C(4) synthase 分子量: 17482.621 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LTC4S / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q16873, leukotriene-C4 synthase
#5: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 4種, 160分子

#2: 化合物	ChemComp-JUQ / (1~{S},2~{S})-2-[5-[cyclopropylmethyl(naphthalen-1-yl)amino]-4-methoxy-pyrimidin-2-yl]carbonylcyclopropane-1-carboxylic acid 分子量: 417.457 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₃N₃O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物	... ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸分子量: 256.424 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₂O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.28 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: CaCl2, PEG400, Hepes

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→170 Å / Num. obs: 150050 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.4 % / Net I/σ(I): 18.1
反射シェル	解像度: 2.35→2.39 Å / Num. unique obs: 7388

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135 2015/10/01	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3PCV

3pcv

解像度: 2.35→121.534 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.923 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 10.286 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.179 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2297	7340	-	random
R_work	0.2081	-	-	-
all	0.209	-	-	-
obs	-	149953	99.957 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.935 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.673 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.176 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.849 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→121.534 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14126	0	928	97	15151

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.019	15472
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.016	0.02	15356
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.244	2.008	20916
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.018	3	34886
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.412	5	1778
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.199	19.871	620
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.445	15	2126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.811	15	152
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.139	0.2	2282
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.016	0.021	17138
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.013	0.02	3910
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	7158
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.18	0.2	25352
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.206	0.2	14834
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.093	0.2	15604
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	180
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.215	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.369	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.464	0.2	231
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.042	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.885	3.53	7148
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.883	3.53	7147
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.829	5.284	8914
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.828	5.284	8915
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.898	4.419	8324
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.898	4.42	8325
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.062	6.326	11930
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.062	6.326	11931
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.15	30.571	17257
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.141	30.564	17252
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.062	0.05	17396
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.076	0.05	16862
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.041	0.05	17512
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.06	0.05	17400
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.082	0.05	16994
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.051	0.05	17600
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.066	0.05	17206
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.076	0.05	16888
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.052	0.05	17540
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.062	0.05	17268
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.082	0.05	16850
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.063	0.05	17050
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.063	0.05	17254
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.043	0.05	17586
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.068	0.05	17186
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_16	0.072	0.05	17330
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_17	0.041	0.05	17518
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_18	0.063	0.05	17068
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_19	0.073	0.05	17252
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_20	0.03	0.05	17546
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_21	0.069	0.05	17024
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_22	0.077	0.05	16890
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_23	0.06	0.05	17080
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_24	0.041	0.05	17298
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_25	0.073	0.05	16922
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_26	0.055	0.05	17094
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_27	0.005	0.05	17540
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_28	0.085	0.05	16774
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_29	0.064	0.05	17030
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_30	0.028	0.05	17496
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_31	0.062	0.05	17258
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_32	0.085	0.05	17050
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_33	0.035	0.05	17534
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_34	0.073	0.05	17274
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_35	0.077	0.05	16898
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_36	0.037	0.05	17470
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_37	0.067	0.05	17298
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_38	0.075	0.05	16884
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_39	0.067	0.05	17186
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_40	0.069	0.05	17328
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_41	0.039	0.05	17454
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_42	0.06	0.05	17102
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_43	0.066	0.05	17310
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_44	0.036	0.05	17476
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_45	0.066	0.05	17056
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_46	0.079	0.05	17044
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_47	0.067	0.05	17326
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_48	0.041	0.05	17312
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_49	0.089	0.05	16866
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_50	0.076	0.05	17324
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_51	0.049	0.05	17280
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_52	0.073	0.05	17166
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_53	0.073	0.05	16936
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_54	0.041	0.05	17584
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_55	0.069	0.05	17196
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_56	0.072	0.05	16924
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_57	0.056	0.05	17112
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_58	0.071	0.05	17128
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_59	0.033	0.05	17688
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_60	0.062	0.05	17082
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_61	0.084	0.05	16790
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_62	0.065	0.05	17060
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_63	0.028	0.05	17522
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_64	0.068	0.05	17204
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_65	0.083	0.05	16766
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_66	0.071	0.05	17004

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.35-2.411	0.316	555	0.281	10420	10976	99.9909	0.259
2.411-2.477	0.265	585	0.248	10143	10729	99.9907	0.219
2.477-2.549	0.251	514	0.218	9892	10408	99.9808	0.187
2.549-2.627	0.215	480	0.208	9635	10115	100	0.178
2.627-2.713	0.224	479	0.196	9332	9814	99.9694	0.163
2.713-2.809	0.219	457	0.174	9068	9526	99.9895	0.147
2.809-2.915	0.194	467	0.181	8727	9194	100	0.154
2.915-3.033	0.208	481	0.182	8360	8842	99.9887	0.157
3.033-3.168	0.224	423	0.19	8063	8487	99.9882	0.168
3.168-3.323	0.226	359	0.194	7774	8135	99.9754	0.174
3.323-3.502	0.197	397	0.191	7338	7736	99.9871	0.176
3.502-3.715	0.209	326	0.199	7014	7342	99.9728	0.189
3.715-3.971	0.206	300	0.195	6593	6893	100	0.188
3.971-4.289	0.217	262	0.196	6194	6458	99.969	0.192
4.289-4.697	0.208	287	0.191	5670	5961	99.9329	0.193
4.697-5.251	0.222	270	0.194	5125	5397	99.9629	0.197
5.251-6.061	0.243	256	0.238	4570	4827	99.9793	0.234
6.061-7.419	0.247	191	0.227	3884	4077	99.9509	0.231
7.419-10.472	0.185	143	0.168	3062	3216	99.658	0.188
10.472-121.534	0.407	108	0.406	1749	1884	98.5669	0.385

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5575	0.7824	-0.0967	1.8483	-0.1179	1.1109	0.0539	-0.0501	-0.0099	0.2314	-0.1461	0.1364	0.0406	-0.1017	0.0922	0.1275	-0.1068	0.1113	0.0989	-0.0872	0.306	14.0891	58.623	32.6432
2	1.2485	0.6271	0.1564	1.9201	1.0038	0.9328	0.009	-0.0092	-0.0353	0.0555	-0.037	0.0779	0.1432	0.0717	0.0281	0.1342	-0.0477	0.0367	0.0804	-0.0631	0.2414	26.1902	47.7346	26.2295
3	1.9988	0.2847	0.0215	1.3947	0.0075	0.4935	0.1149	0.1314	0.0188	-0.0982	-0.1324	0.247	0.0313	-0.0991	0.0175	0.0745	-0.0492	0.0103	0.1187	-0.0795	0.2557	16.3428	57.8012	15.4036
4	1.1406	-0.4129	-0.4606	0.9733	0.8185	1.483	0.1921	0.1251	0.0417	-0.3049	-0.1937	0.0834	-0.1012	-0.032	0.0016	0.2337	0.1052	0.0832	0.1068	-0.0362	0.1731	59.108	83.8269	-6.9582
5	1.8484	-0.37	-0.6108	0.4301	-0.2568	0.8885	0.1157	-0.0122	-0.0613	-0.1078	-0.0879	-0.051	-0.0382	0.0421	-0.0278	0.1047	0.0137	0.1136	0.0859	-0.0426	0.2097	68.1142	70.8129	0.8535
6	0.9281	0.0562	-0.8033	1.3164	-0.026	1.4813	0.1601	0.041	0.2	-0.0938	-0.0058	-0.1527	-0.1771	0.0014	-0.1543	0.1193	-0.0119	0.1353	0.069	-0.0483	0.2012	72.5163	87.3878	4.0413
7	0.7252	-0.0572	0.6673	1.5202	-0.3772	1.4309	0.042	-0.0885	-0.1807	0.0926	0.0165	-0.1269	0.1821	-0.1552	-0.0585	0.1085	0.0155	-0.076	0.0582	-0.0129	0.161	-54.0776	68.069	54.0322
8	1.4784	-0.2974	0.51	0.8156	0.3627	1.7826	-0.0135	-0.3444	0.0205	0.2141	-0.0643	0.1292	0.0321	-0.1468	0.0778	0.1146	-0.0419	-0.0125	0.1853	-0.029	0.0762	-67.0498	74.9963	63.2741
9	2.0703	-0.1563	0.7217	0.5251	-0.4061	0.8617	0.0372	-0.0778	0.1507	0.1455	-0.0574	-0.1353	0.0044	-0.026	0.0202	0.1003	0.0081	-0.1171	0.1052	-0.0467	0.1944	-53.7624	85.2087	56.99
10	0.8032	0.2268	0.1376	1.3883	-0.1813	0.9292	0.0511	0.0359	0.1707	-0.0877	0.0253	0.0255	-0.1622	-0.123	-0.0764	0.1339	0.0143	0.106	0.0424	0.0782	0.3365	-35.5702	33.473	58.5464
11	1.8689	0.6567	-0.6319	1.8292	0.2303	0.5013	0.1284	0.051	-0.0102	-0.0618	0.0473	-0.1523	-0.1587	0.0563	-0.1757	0.115	-0.0669	0.0817	0.0914	0.0222	0.2871	-23.1298	26.0535	48.9176
12	0.9506	0.0826	-0.4454	1.8835	0.4493	1.6645	0.0576	-0.2237	0.2154	0.1212	0.069	-0.1311	-0.1182	0.2568	-0.1266	0.1252	-0.0491	0.0394	0.0899	-0.0151	0.292	-21.589	26.9055	66.5939

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Label asym-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	-4 - 144
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	-4 - 144
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	-4 - 143
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	D	-4 - 145
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	E	-4 - 144
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	F	-4 - 145
7	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	G	-4 - 144
8	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	H	-4 - 146
9	X-RAY DIFFRACTION	9	ALL	I	-4 - 143
10	X-RAY DIFFRACTION	10	ALL	J	-4 - 144
11	X-RAY DIFFRACTION	11	ALL	K	-4 - 145
12	X-RAY DIFFRACTION	12	ALL	L	-4 - 143

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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