PDB-6r6u: Crystal structure of human cis-aconitate decarboxylase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6r6u

タイトル

Crystal structure of human cis-aconitate decarboxylase

要素

Cis-aconitate decarboxylase

キーワード

LYASE / Immunity / Inflammatory response / Innate immunity / Antimicrobial / Decarboxylase / cis-Aconitate / Itaconate

機能・相同性

機能・相同性情報

cis-aconitate decarboxylase / positive regulation of antimicrobial humoral response / aconitate decarboxylase activity / tolerance induction to lipopolysaccharide / cellular response to molecule of bacterial origin / negative regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / cellular response to progesterone stimulus / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / negative regulation of type I interferon production ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.705 Å

データ登録者

Lukat, P. / Chen, F. / Saile, K. / Buessow, K. / Pessler, F. / Blankenfeldt, W.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Crystal structure ofcis-aconitate decarboxylase reveals the impact of naturally occurring human mutations on itaconate synthesis.
著者: Chen, F. / Lukat, P. / Iqbal, A.A. / Saile, K. / Kaever, V. / van den Heuvel, J. / Blankenfeldt, W. / Bussow, K. / Pessler, F.

履歴

登録	2019年3月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2019年10月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / refine / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine.pdbx_diffrn_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6r6u.cif.gz	526.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6r6u.ent.gz	440.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6r6u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6r6u_validation.pdf.gz	449.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6r6u_full_validation.pdf.gz	451.6 KB	表示
XML形式データ	6r6u_validation.xml.gz	37.8 KB	表示
CIF形式データ	6r6u_validation.cif.gz	56.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/6r6u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/6r6u	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6r6tC 2hp3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1shy-d 30092 2hp0-d 4o3u-d 5mux-3 5j8q-1 3lwq-d 5mux-2 3lwo-d 1h81-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cis-aconitate decarboxylase

B: Cis-aconitate decarboxylase

ヘテロ分子

102 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.010, 109.980, 74.974
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Cis-aconitate decarboxylase / CAD / Aconitate decarboxylase / Aconitate decarboxylase 1 / Cis-aconitic acid decarboxylase / ...CAD / Aconitate decarboxylase / Aconitate decarboxylase 1 / Cis-aconitic acid decarboxylase / Immune-responsive gene 1 protein 分子量: 50690.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Sequence encoding residues 4-461 of hCAD (GenBank NM_001258406) Cys355 shows additional electron density likely due to oxidation and has thus been modeled as CSD. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACOD1, IRG1 / プラスミド: pCAD29 詳細 (発現宿主): modified pCOLADuet-1 with N-terminal StrepTagII and TEV protease cleavage site 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus RIL / 参照: UniProt: A6NK06, cis-aconitate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / (2R,3R)-2,3-ブタンジオ-ル分子量: 90.121 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 610 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.7 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.7, 1.2 M Na3-citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.705→74.97 Å / Num. obs: 92409 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.084 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.088 / R_sym value: 0.084 / Net I/σ(I): 22.6 / Num. measured all: 1231558
反射シェル	解像度: 1.705→1.711 Å / 冗長度: 13.1 % / R_merge(I) obs: 1.319 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. measured all: 175990 / Num. unique obs: 13315 / CC_1/2: 0.85 / R_pim(I) all: 0.312 / R_rim(I) all: 1.141 / R_sym value: 1.319 / Net I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.5.32	データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2HP3

2hp3

解像度: 1.705→60.412 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1624	4548	4.92 %
R_work	0.1447	87849	-
obs	0.1456	92397	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 93.45 Å² / B_iso mean: 29.1161 Å² / B_iso min: 13.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.705→60.412 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7059	0	70	610	7739
B_iso mean	-	-	46.35	35.69	-
残基数	-	-	-	-	915

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.7054-1.7248	0.2234	132	0.2172	2875	3007
1.7248-1.7451	0.2722	155	0.2122	2924	3079
1.7451-1.7664	0.2347	135	0.2157	2875	3010
1.7664-1.7887	0.2225	171	0.1973	2886	3057
1.7887-1.8123	0.2422	156	0.1934	2880	3036
1.8123-1.8371	0.2163	151	0.1795	2893	3044
1.8371-1.8633	0.215	168	0.182	2898	3066
1.8633-1.8912	0.1868	143	0.1755	2900	3043
1.8912-1.9207	0.2041	158	0.1683	2889	3047
1.9207-1.9522	0.2211	137	0.1677	2908	3045
1.9522-1.9859	0.1774	154	0.1567	2889	3043
1.9859-2.022	0.1775	175	0.1542	2893	3068
2.022-2.0609	0.1803	141	0.1513	2909	3050
2.0609-2.1029	0.1714	155	0.144	2889	3044
2.1029-2.1487	0.1548	152	0.1348	2942	3094
2.1487-2.1987	0.1606	149	0.1314	2883	3032
2.1987-2.2536	0.158	132	0.1297	2933	3065
2.2536-2.3146	0.1453	135	0.1334	2930	3065
2.3146-2.3827	0.1391	141	0.1304	2957	3098
2.3827-2.4596	0.1672	161	0.1348	2890	3051
2.4596-2.5475	0.1684	142	0.1337	2954	3096
2.5475-2.6495	0.1645	139	0.1374	2936	3075
2.6495-2.7701	0.1429	135	0.1415	2963	3098
2.7701-2.9161	0.1595	176	0.1431	2909	3085
2.9161-3.0988	0.157	157	0.142	2955	3112
3.0988-3.3381	0.1569	136	0.1375	2982	3118
3.3381-3.6739	0.1309	174	0.1336	2932	3106
3.6739-4.2055	0.1173	163	0.1192	2988	3151
4.2055-5.298	0.1422	150	0.1216	3034	3184
5.298-60.4502	0.1942	175	0.178	3153	3328

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7421	0.3732	0.6186	0.7584	0.1549	1.1231	-0.0748	0.0824	0.0543	-0.051	0.0389	-0.0976	-0.1158	0.1948	0	0.1943	-0.0405	0.0101	0.2093	0.0333	0.2179	-3.3629	28.8451	-14.4881
2	0.2146	0.0326	-0.0262	0.471	-0.0065	0.1095	-0.009	-0.0197	0.0734	0.0098	-0.0424	-0.0645	-0.0106	0.0388	-0	0.194	-0.0054	-0.0153	0.1992	-0.0031	0.2007	-4.8939	23.8135	-7.6961
3	0.8824	0.0362	0.4018	1.4818	0.0001	0.5658	-0.0376	0.0279	0.0814	0.0166	-0.006	-0.0052	-0.1205	0.0058	0.0001	0.193	-0.0048	-0.004	0.1722	0.005	0.1952	-12.3841	28.2197	-13.9075
4	0.1531	0.145	0.0862	0.1795	0.2001	0.9178	-0.0198	-0.0452	0.1351	0.0278	-0.0427	0.0191	-0.0953	-0.0921	0	0.2374	0.0097	-0.0146	0.1763	-0.0154	0.2497	-13.867	29.4826	-0.182
5	1.2279	0.18	-0.3055	1.2225	0.3923	1.7746	-0.0172	-0.1013	-0.2061	0.2268	-0.0525	-0.0634	0.3614	0.1267	0.0002	0.3002	0.0002	-0.0384	0.222	0.0236	0.2352	-2.4744	13.3367	13.9999
6	0.3118	-0.0299	0.1008	0.6341	0.6582	0.7709	0.0163	-0.0489	-0.0077	0.1891	-0.0377	-0.0905	-0.0938	0.183	0	0.2403	-0.0051	-0.0571	0.209	0.0051	0.2275	0.7147	27.1148	13.5255
7	0.4054	0.0523	0.0698	0.1099	0.1346	0.5897	-0.1269	0.2844	0.2006	-0.0885	0.09	-0.2494	-0.12	0.4014	-0	0.2955	-0.0798	-0.0148	0.4177	0.0357	0.3827	10.485	35.1239	-12.6577
8	0.9021	0.0067	0.3233	1.0461	-0.0895	0.6943	0.0379	0.087	-0.0717	-0.0194	-0.0278	-0.0917	0.0481	0.0233	-0	0.1592	0.0132	-0.0038	0.1826	-0.0242	0.1778	-20.1493	3.8766	-25.6755
9	1.4005	0.0424	0.5051	0.313	-0.0338	0.4184	0.0331	-0.0463	-0.1011	0.0354	-0.0077	-0.0227	0.049	-0.0054	0.0005	0.1728	0.0061	0.0029	0.1519	-0.0083	0.1589	-25.3812	5.5507	-18.0218
10	0.763	0.2291	-0.5899	0.9536	-0.2408	0.4657	0.0134	0.2413	0.08	-0.1496	0.0262	0.223	-0.0392	-0.1556	-0	0.2579	0.0122	-0.003	0.2588	-0.0052	0.2578	-51.1215	19.8984	-28.6089
11	0.2914	-0.211	0.2128	0.2936	-0.0733	0.3564	0.0214	0.1565	0.0186	-0.0149	-0.0023	-0.0736	-0.0426	0.1575	0	0.1874	0.0094	0.0053	0.2343	0.0102	0.1728	-41.5478	19.7543	-34.5775
12	0.9947	-0.1781	-0.0485	0.7141	-0.1056	0.4651	0.0354	0.1507	-0.0681	-0.0379	-0.0007	0.0119	-0.0174	0.0322	-0	0.1834	-0.0018	-0.0169	0.2155	-0.0209	0.1621	-38.4209	5.5772	-32.9119

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 77 )	A	4 - 77
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 78 through 104 )	A	78 - 104
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 105 through 227 )	A	105 - 227
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 228 through 296 )	A	228 - 296
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 297 through 385 )	A	297 - 385
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 386 through 426 )	A	386 - 426
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 427 through 461 )	A	427 - 461
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 5 through 177 )	B	5 - 177
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 178 through 295 )	B	178 - 295
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 296 through 326 )	B	296 - 326
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 327 through 359 )	B	327 - 359
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 360 through 461 )	B	360 - 461

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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