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万見
- PDB-6r6t: Crystal structure of mouse cis-aconitate decarboxylase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r6t
タイトルCrystal structure of mouse cis-aconitate decarboxylase
要素Cis-aconitate decarboxylase
キーワードLYASE / Immunity / Inflammatory response / Innate immunity / Antimicrobial / Decarboxylase / cis-Aconitate / Itaconate
機能・相同性
機能・相同性情報


cis-aconitate decarboxylase / positive regulation of antimicrobial humoral response / aconitate decarboxylase activity / tolerance induction to lipopolysaccharide / cellular response to molecule of bacterial origin / negative regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / cellular response to progesterone stimulus / negative regulation of type I interferon production / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity ...cis-aconitate decarboxylase / positive regulation of antimicrobial humoral response / aconitate decarboxylase activity / tolerance induction to lipopolysaccharide / cellular response to molecule of bacterial origin / negative regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / cellular response to progesterone stimulus / negative regulation of type I interferon production / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cellular response to interleukin-1 / cellular response to interferon-beta / negative regulation of innate immune response / embryo implantation / response to bacterium / cellular response to type II interferon / defense response / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to virus / response to lipopolysaccharide / inflammatory response / protein homodimerization activity / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
MmgE/PrpD, N-terminal / MmgE/PrpD, C-terminal / MmgE/PrpD / MmgE/PrpD superfamily / MmgE/PrpD superfamily, domain 1 / MmgE/PrpD superfamily, domain 2 / MmgE/PrpD N-terminal domain / MmgE/PrpD C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Cis-aconitate decarboxylase / Cis-aconitate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.535 Å
データ登録者Lukat, P. / Chen, F. / Saile, K. / Buessow, K. / Pessler, F. / Blankenfeldt, W.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Crystal structure ofcis-aconitate decarboxylase reveals the impact of naturally occurring human mutations on itaconate synthesis.
著者: Chen, F. / Lukat, P. / Iqbal, A.A. / Saile, K. / Kaever, V. / van den Heuvel, J. / Blankenfeldt, W. / Bussow, K. / Pessler, F.
履歴
登録2019年3月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_diffrn_id / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cis-aconitate decarboxylase
B: Cis-aconitate decarboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,7432
ポリマ－115,7432
非ポリマー00
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3980 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area30760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)174.074, 174.074, 71.512
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Cis-aconitate decarboxylase


分子量: 57871.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Acod1, Irg1 / プラスミド: pCAD09 / 詳細 (発現宿主): transient gene expression / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A0R4J027, UniProt: P54987*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Condition 29 (60% tacsimate pH 7.0) of the INDEX sparse matrix screen (Hampton Research).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.535→123.089 Å / Num. obs: 36057 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 14.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.127 / Rsym value: 0.122 / Net I/σ(I): 18 / Num. measured all: 527814
反射 シェル解像度: 2.535→2.578 Å / 冗長度: 15.3 % / Rmerge(I) obs: 1.583 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. measured all: 71632 / Num. unique obs: 4757 / CC1/2: 0.655 / Rpim(I) all: 0.37 / Rrim(I) all: 1.444 / Rsym value: 1.583 / Net I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
autoPROC(Version 1.0.5)データ収集
XDS(VERSION Nov 1データ削減
autoPROC(Version 1.0.5)データスケーリング
pointlessデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
BALBES位相決定
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HP3

2hp3


解像度: 2.535→77.848 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2466 1864 5.17 %
Rwork0.2107 34186 -
obs0.2125 36050 97.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 140.41 Å2 / Biso mean: 68.543 Å2 / Biso min: 33.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.535→77.848 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6946 0 0 47 6993
Biso mean---49.63 -
残基数----901
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5345-2.60310.31991520.319526302782100
2.6031-2.67970.3207930.31411880197399
2.6797-2.76620.33521260.299225432669100
2.7662-2.8650.32581240.300926652789100
2.865-2.97980.32831380.282226802818100
2.9798-3.11540.27991320.267226832815100
3.1154-3.27960.2931610.250926502811100
3.2796-3.48510.25231680.234326712839100
3.4851-3.75420.24081560.208726832839100
3.7542-4.1320.22321440.184127142858100
4.132-4.72980.22231480.166327252873100
4.7298-5.95870.2261580.179427602918100
5.9587-77.8850.20791640.175129023066100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.129-0.00870.65051.5061-1.11061.3009-0.0003-0.1311-0.05880.616-0.0421-0.28320.3175-0.00110.00010.62-0.0881-0.03390.44190.11560.5178136.216277.810242.1468
20.11440.0552-0.09950.22740.26540.5774-0.3695-0.1362-0.4695-0.02440.1732-1.26270.08871.0280.00280.5359-0.0088-0.03920.7750.17560.9427147.014176.431631.9092
30.5684-0.4839-0.89573.1515-1.08072.6117-0.0088-0.17390.00930.6284-0.04140.0747-0.09470.1964-0.00010.6202-0.0291-0.04230.46390.09160.4389131.794679.494741.7183
40.7210.2559-0.16092.7544-0.42531.66350.0568-0.0263-0.03290.4561-0.0814-0.0228-0.1962-0.069-00.5196-0.0310.02090.44960.08970.4162127.903385.057638.6143
50.3769-0.54380.02030.765-0.09060.5503-0.18590.1877-0.21790.16130.01310.57490.325-0.0485-0.00010.57730.0493-0.01820.44980.03920.6706118.891544.717939.0127
60.77840.2069-0.42480.70850.61481.0343-0.02040.72260.1074-0.7808-0.05880.2326-0.3433-0.06710.00010.61650.0714-0.03310.51750.17170.6531121.435756.587229.8138
71.88310.68050.37560.8788-0.71621.22160.20340.5983-0.2296-0.0238-0.24650.22130.2393-0.05590.00010.56750.11460.06410.62820.06360.5879120.19653.773433.025
80.7157-0.1393-0.34392.2346-0.20561.63940.23160.037-0.36710.5221-0.22380.1210.0476-0.0368-0.00010.69310.05660.04250.49330.09110.6095126.021855.196744.8022
90.60760.40240.43670.52170.26590.4277-0.1373-0.1840.05430.4101-0.0841-0.48430.46690.3137-0.00570.71290.0367-0.2840.70060.21380.744148.989770.593349.6016
100.7707-0.19290.02473.33730.42311.8696-0.0820.00180.0334-0.5465-0.0699-0.1641-0.1190.05340.00010.5572-0.0490.05760.47540.10540.4697135.959593.874312.8911
110.60781.10640.62333.487-0.47482.6522-0.057-0.0666-0.0816-0.71010.0129-0.2386-0.0046-0.10290.00010.6739-0.01110.04860.3720.0720.4488131.473988.06689.9669
121.14360.1844-0.22552.019-0.61862.2746-0.17750.0701-0.123-0.24640.16510.17710.1484-0.118200.4423-0.02540.03680.36650.05320.4889127.324382.245117.6961
131.1268-0.1253-0.20811.1821-0.61210.70360.0665-0.08540.1768-0.5246-0.37240.64360.0854-0.22430.00020.5963-0.0429-0.13450.4748-0.03680.5321120.4529115.007311.3315
140.73760.07480.33830.13580.20930.79270.2354-1.0245-0.09880.5181-0.5910.19330.6243-0.20250.00010.729-0.16530.07010.8632-0.01970.7196121.9183114.054224.3966
151.4611-0.388-0.81131.5152-0.45611.38020.2772-0.55410.35970.0237-0.20060.355-0.3827-0.06770.00020.6022-0.0556-0.03770.6413-0.08960.571120.2753116.78721.3126
161.50770.21680.89832.41980.31771.01930.09530.27380.0213-0.8374-0.24060.5525-0.1925-0.18650.00330.7154-0.166-0.06860.42940.08770.5795124.1666115.57819.0849
170.13380.06640.05730.34970.13570.34820.00520.4552-0.0375-0.6450.0707-0.5688-0.0419-0.00580.00571.0456-0.11190.36610.71410.09410.6859146.067999.79361.0327
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 59 )A3 - 59
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 60 through 88 )A60 - 88
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 89 through 175 )A89 - 175
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 176 through 276 )A176 - 276
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 277 through 312 )A277 - 312
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 313 through 344 )A313 - 344
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 345 through 385 )A345 - 385
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 386 through 431 )A386 - 431
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 432 through 460 )A432 - 460
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 1 through 107 )B1 - 107
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 108 through 175 )B108 - 175
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 176 through 255 )B176 - 255
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 256 through 312 )B256 - 312
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 313 through 344 )B313 - 344
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 345 through 385 )B345 - 385
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 386 through 431 )B386 - 431
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 432 through 459 )B432 - 459

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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