+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6r6t | ||||||
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Title | Crystal structure of mouse cis-aconitate decarboxylase | ||||||
Components | Cis-aconitate decarboxylase | ||||||
Keywords | LYASE / Immunity / Inflammatory response / Innate immunity / Antimicrobial / Decarboxylase / cis-Aconitate / Itaconate | ||||||
Function / homology | Function and homology information cis-aconitate decarboxylase / positive regulation of antimicrobial humoral response / aconitate decarboxylase activity / tolerance induction to lipopolysaccharide / cellular response to molecule of bacterial origin / negative regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / cellular response to progesterone stimulus / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / negative regulation of type I interferon production ...cis-aconitate decarboxylase / positive regulation of antimicrobial humoral response / aconitate decarboxylase activity / tolerance induction to lipopolysaccharide / cellular response to molecule of bacterial origin / negative regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / cellular response to progesterone stimulus / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / negative regulation of type I interferon production / cellular response to interleukin-1 / cellular response to interferon-beta / negative regulation of innate immune response / embryo implantation / response to bacterium / cellular response to type II interferon / defense response / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to virus / response to lipopolysaccharide / inflammatory response / protein homodimerization activity / mitochondrion Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.535 Å | ||||||
Authors | Lukat, P. / Chen, F. / Saile, K. / Buessow, K. / Pessler, F. / Blankenfeldt, W. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2019 Title: Crystal structure ofcis-aconitate decarboxylase reveals the impact of naturally occurring human mutations on itaconate synthesis. Authors: Chen, F. / Lukat, P. / Iqbal, A.A. / Saile, K. / Kaever, V. / van den Heuvel, J. / Blankenfeldt, W. / Bussow, K. / Pessler, F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6r6t.cif.gz | 504.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6r6t.ent.gz | 427 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6r6t.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6r6t_validation.pdf.gz | 437.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6r6t_full_validation.pdf.gz | 442.9 KB | Display | |
Data in XML | 6r6t_validation.xml.gz | 30.6 KB | Display | |
Data in CIF | 6r6t_validation.cif.gz | 41.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/6r6t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/6r6t | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6r6uC 2hp3S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 57871.586 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Acod1, Irg1 / Plasmid: pCAD09 / Details (production host): transient gene expression / Cell line (production host): High Five / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: A0A0R4J027, UniProt: P54987*PLUS #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 2 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.73 Å3/Da / Density % sol: 54.87 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: Condition 29 (60% tacsimate pH 7.0) of the INDEX sparse matrix screen (Hampton Research). |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.2 / Wavelength: 0.9184 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 11, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.535→123.089 Å / Num. obs: 36057 / % possible obs: 97.3 % / Redundancy: 14.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.127 / Rsym value: 0.122 / Net I/σ(I): 18 / Num. measured all: 527814 |
Reflection shell | Resolution: 2.535→2.578 Å / Redundancy: 15.3 % / Rmerge(I) obs: 1.583 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. measured all: 71632 / Num. unique obs: 4757 / CC1/2: 0.655 / Rpim(I) all: 0.37 / Rrim(I) all: 1.444 / Rsym value: 1.583 / Net I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2HP3 Resolution: 2.535→77.848 Å / SU ML: 0.34 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 25.11 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 140.41 Å2 / Biso mean: 68.543 Å2 / Biso min: 33.98 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.535→77.848 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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