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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6r6h | ||||||
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タイトル | Structural basis of Cullin-2 RING E3 ligase regulation by the COP9 signalosome | ||||||
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![]() | LIGASE / Cullin-Ring E3 Ligase COP9 Signalosome Neddylation | ||||||
機能・相同性 | ![]() nucleotide-excision repair factor 4 complex / COP9 signalosome assembly / trophectodermal cell proliferation / macrophage migration inhibitory factor binding / regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / global genome nucleotide-excision repair / exosomal secretion / GTPase inhibitor activity / deNEDDylase activity / protein deneddylation ...nucleotide-excision repair factor 4 complex / COP9 signalosome assembly / trophectodermal cell proliferation / macrophage migration inhibitory factor binding / regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / global genome nucleotide-excision repair / exosomal secretion / GTPase inhibitor activity / deNEDDylase activity / protein deneddylation / regulation of protein neddylation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / regulation of cellular response to hypoxia / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / RHOBTB3 ATPase cycle / NEDD8 transferase activity / COP9 signalosome / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / cullin-RING ubiquitin ligase complex / cellular response to chemical stress / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / target-directed miRNA degradation / transcription elongation factor activity / VCB complex / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / elongin complex / positive regulation of protein autoubiquitination / protein neddylation / regulation of JNK cascade / Replication of the SARS-CoV-1 genome / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / metal-dependent deubiquitinase activity / NEDD8 ligase activity / negative regulation of response to oxidative stress / RHOBTB1 GTPase cycle / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / SCF ubiquitin ligase complex / inner cell mass cell proliferation / intracellular membraneless organelle / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / negative regulation of type I interferon production / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / negative regulation of mitophagy / Prolactin receptor signaling / skeletal muscle cell differentiation / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / cullin family protein binding / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / response to light stimulus / protein monoubiquitination / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / negative regulation of signal transduction / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / protein K48-linked ubiquitination / response to UV / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / Formation of RNA Pol II elongation complex / JNK cascade / negative regulation of TORC1 signaling / protein serine/threonine kinase binding / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / translation initiation factor activity / regulation of cellular response to insulin stimulus / positive regulation of TORC1 signaling / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / post-translational protein modification / negative regulation of autophagy / intrinsic apoptotic signaling pathway / T cell activation / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Regulation of BACH1 activity / transcription corepressor binding / nucleotide-excision repair / positive regulation of cell differentiation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / cellular response to amino acid stimulus / Degradation of DVL / transcription elongation by RNA polymerase II / Degradation of GLI1 by the proteasome / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.4 Å | ||||||
![]() | Morris, E.P. / Faull, S.V. / Lau, A.M.C. / Politis, A. / Beuron, F. / Cronin, N. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of Cullin 2 RING E3 ligase regulation by the COP9 signalosome. 著者: Sarah V Faull / Andy M C Lau / Chloe Martens / Zainab Ahdash / Kjetil Hansen / Hugo Yebenes / Carla Schmidt / Fabienne Beuron / Nora B Cronin / Edward P Morris / Argyris Politis / ![]() ![]() ![]() 要旨: Cullin-Ring E3 Ligases (CRLs) regulate a multitude of cellular pathways through specific substrate receptors. The COP9 signalosome (CSN) deactivates CRLs by removing NEDD8 from activated Cullins. ...Cullin-Ring E3 Ligases (CRLs) regulate a multitude of cellular pathways through specific substrate receptors. The COP9 signalosome (CSN) deactivates CRLs by removing NEDD8 from activated Cullins. Here we present structures of the neddylated and deneddylated CSN-CRL2 complexes by combining single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) with chemical cross-linking mass spectrometry (XL-MS). These structures suggest a conserved mechanism of CSN activation, consisting of conformational clamping of the CRL2 substrate by CSN2/CSN4, release of the catalytic CSN5/CSN6 heterodimer and finally activation of the CSN5 deneddylation machinery. Using hydrogen-deuterium exchange (HDX)-MS we show that CRL2 activates CSN5/CSN6 in a neddylation-independent manner. The presence of NEDD8 is required to activate the CSN5 active site. Overall, by synergising cryo-EM with MS, we identify sensory regions of the CSN that mediate its stepwise activation and provide a framework for understanding the regulatory mechanism of other Cullin family members. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4736MC ![]() 4739C ![]() 4741C ![]() 4742C ![]() 4744C ![]() 6r7fC ![]() 6r7hC ![]() 6r7iC ![]() 6r7nC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-COP9 signalosome complex subunit ... , 8種, 8分子 ABCDEFHG
#1: タンパク質 | 分子量: 55606.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q13098 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 51664.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P61201 |
#3: タンパク質 | 分子量: 45808.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9UNS2 |
#4: タンパク質 | 分子量: 46322.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9BT78 |
#5: タンパク質 | 分子量: 37621.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q92905, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 |
#6: タンパク質 | 分子量: 34713.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q7L5N1 |
#7: タンパク質 | 分子量: 23245.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q99627 |
#13: タンパク質 | 分子量: 23228.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9H9Q2 |
-タンパク質 , 5種, 5分子 OPQRV
#8: タンパク質 | 分子量: 87098.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q13617 |
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#9: タンパク質 | 分子量: 11819.483 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q15370 |
#10: タンパク質 | 分子量: 11338.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q03071*PLUS |
#11: タンパク質 | 分子量: 10092.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P62877*PLUS |
#12: タンパク質 | 分子量: 17330.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P40337 |
-非ポリマー , 1種, 1分子 
#14: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Cullin-Ring E3 Ligases (CRLs) complexes with neddylated COP9 signalosome (CSN) タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#13 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() 細胞: sf9 |
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 15 mM Hepes pH 7.5 100 mM NaCl 0.5 mM DTT 1% glycerol |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: NITROGEN |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 47170 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 45 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 30 eV |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 8.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 24040 / 対称性のタイプ: POINT |