[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-6r60: asymmetric antiparallel assembly of two 5-bladed beta-propeller f... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6r60 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | asymmetric antiparallel assembly of two 5-bladed beta-propeller fragments | ||||||
![]() | WD-40 repeat protein | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / Repeat Protein / Fragment Amplification / Protein Evolution / Protein Design / WD40 | ||||||
Function / homology | ![]() microtubule organizing center organization / microtubule plus-end binding / retrograde axonal transport / microtubule associated complex / dynein complex binding / cytoplasmic microtubule / kinetochore / neuron projection / neuronal cell body / membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Afanasieva, E. / Lupas, A.N. / Hartmann, M.D. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural diversity of oligomeric beta-propellers with different numbers of identical blades. Authors: Afanasieva, E. / Chaudhuri, I. / Martin, J. / Hertle, E. / Ursinus, A. / Alva, V. / Hartmann, M.D. / Lupas, A.N. #1: ![]() Title: 8-bladed beta-propeller formed by four 2-bladed fragments Authors: Hartmann, M.D. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 301.3 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 247.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 444.2 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 448.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 34.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 51.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6r5xC ![]() 6r5yC ![]() 6r5zC ![]() 2ymuS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Refine code: _
NCS ensembles :
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 22133.252 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.16 Å3/Da / Density % sol: 42.96 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M Magnesium chloride, 0.1 M HEPES pH 7, 15%(w/v) PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 10, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→37.2 Å / Num. obs: 74436 / % possible obs: 98.1 % / Redundancy: 3.31 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 9.17 |
Reflection shell | Resolution: 1.75→1.85 Å / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.454 / Mean I/σ(I) obs: 1.92 / Num. unique obs: 11645 / CC1/2: 0.848 / % possible all: 95.3 |
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2YMU Resolution: 1.75→37.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 7.231 / SU ML: 0.114 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.128 / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.931 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→37.2 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|