PDB-6r5y: 8-bladed beta-propeller formed by two 4-bladed fragments

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6r5y

タイトル

8-bladed beta-propeller formed by two 4-bladed fragments

要素

WD-40 repeat protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Repeat Protein / Fragment Amplification / Protein Evolution / Protein Design

機能・相同性

機能・相同性情報

microtubule organizing center organization / microtubule plus-end binding / retrograde axonal transport / microtubule associated complex / dynein complex binding / cytoplasmic microtubule / kinetochore / neuron projection / neuronal cell body / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Nostoc punctiforme (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Martin, J. / Lupas, A.N. / Hartmann, M.D.

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Structural diversity of oligomeric beta-propellers with different numbers of identical blades.
著者: Afanasieva, E. / Chaudhuri, I. / Martin, J. / Hertle, E. / Ursinus, A. / Alva, V. / Hartmann, M.D. / Lupas, A.N.

履歴

登録	2019年3月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6r5y.cif.gz	380.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6r5y.ent.gz	313.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6r5y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6r5y_validation.pdf.gz	467.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6r5y_full_validation.pdf.gz	480.5 KB	表示
XML形式データ	6r5y_validation.xml.gz	37.7 KB	表示
CIF形式データ	6r5y_validation.cif.gz	53.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/6r5y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/6r5y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6r5xC 6r5zC 6r60C 2ymuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xzw-2 6n31-1 3brc-d 5naf-4 4ee6-2 6g6o-3 7kqq-1 3p97-2 3n13-d 6g6q-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: WD-40 repeat protein

B: WD-40 repeat protein

C: WD-40 repeat protein

D: WD-40 repeat protein

E: WD-40 repeat protein

F: WD-40 repeat protein

ヘテロ分子

107 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: WD-40 repeat protein

B: WD-40 repeat protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
35.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: WD-40 repeat protein

D: WD-40 repeat protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: WD-40 repeat protein

F: WD-40 repeat protein

登録者が定義した集合体
35.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.721, 127.167, 72.958
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-302- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	GLY	GLY	A	A	5 - 165	7 - 167
2	1	SER	SER	GLY	GLY	B	B	5 - 165	7 - 167
1	2	SER	SER	GLY	GLY	A	A	5 - 165	7 - 167
2	2	SER	SER	GLY	GLY	C	C	5 - 165	7 - 167
1	3	SER	SER	LEU	LEU	A	A	5 - 163	7 - 165
2	3	SER	SER	LEU	LEU	D	D	5 - 163	7 - 165
1	4	SER	SER	LEU	LEU	A	A	5 - 163	7 - 165
2	4	SER	SER	LEU	LEU	E	E	5 - 163	7 - 165
1	5	ALA	ALA	HIS	HIS	A	A	0 - 166	2 - 168
2	5	ALA	ALA	HIS	HIS	F	F	0 - 166	2 - 168
1	6	SER	SER	HIS	HIS	B	B	5 - 166	7 - 168
2	6	SER	SER	HIS	HIS	C	C	5 - 166	7 - 168
1	7	SER	SER	LEU	LEU	B	B	5 - 163	7 - 165
2	7	SER	SER	LEU	LEU	D	D	5 - 163	7 - 165
1	8	SER	SER	LEU	LEU	B	B	5 - 163	7 - 165
2	8	SER	SER	LEU	LEU	E	E	5 - 163	7 - 165
1	9	SER	SER	GLY	GLY	B	B	5 - 165	7 - 167
2	9	SER	SER	GLY	GLY	F	F	5 - 165	7 - 167
1	10	SER	SER	LEU	LEU	C	C	5 - 163	7 - 165
2	10	SER	SER	LEU	LEU	D	D	5 - 163	7 - 165
1	11	SER	SER	LEU	LEU	C	C	5 - 163	7 - 165
2	11	SER	SER	LEU	LEU	E	E	5 - 163	7 - 165
1	12	SER	SER	GLY	GLY	C	C	5 - 165	7 - 167
2	12	SER	SER	GLY	GLY	F	F	5 - 165	7 - 167
1	13	SER	SER	THR	THR	D	D	5 - 164	7 - 166
2	13	SER	SER	THR	THR	E	E	5 - 164	7 - 166
1	14	SER	SER	LEU	LEU	D	D	5 - 163	7 - 165
2	14	SER	SER	LEU	LEU	F	F	5 - 163	7 - 165
1	15	SER	SER	LEU	LEU	E	E	5 - 163	7 - 165
2	15	SER	SER	LEU	LEU	F	F	5 - 163	7 - 165

NCSアンサンブル:

ID
6
1
2
3
4
5
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	WD-40 repeat protein / 8-bladed beta-propeller formed by two 4-bladed fragments 分子量: 17773.471 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nostoc punctiforme (バクテリア) / 遺伝子: Npun_R6612 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2J0I0
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.13 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.01M Zinc chloride 0.1M Hepes pH 7 20% w/v PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→38.7 Å / Num. obs: 49886 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 10.1
反射シェル	解像度: 2.15→2.28 Å / 冗長度: 3.51 % / R_merge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 1.94 / Num. unique obs: 7918 / CC_1/2: 0.726 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2YMU

2ymu

解像度: 2.15→38.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 15.751 / SU ML: 0.193 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.332 / ESU R Free: 0.224 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25368	2485	5 %	RANDOM
R_work	0.2229	-	-	-
obs	0.22445	47400	99.35 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.028 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.36 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.15→38.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7350	0	6	330	7686

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	7510
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.02	6894
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.514	1.908	10246
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.467	3	15835
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.974	5	972
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.101	25.419	310
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.636	15	1168
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.566	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	1170
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	8752
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	1780
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.674	1.433	3906
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.674	1.433	3905
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.132	2.148	4872
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.132	2.148	4873
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.735	1.525	3603
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.735	1.525	3603
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.187	2.253	5373
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.582	12.223	8442
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.545	12.05	8373
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	8622	0.13
1	2	B	8622	0.13
2	1	A	8635	0.13
2	2	C	8635	0.13
3	1	A	8576	0.14
3	2	D	8576	0.14
4	1	A	8595	0.14
4	2	E	8595	0.14
5	1	A	8974	0.14
5	2	F	8974	0.14
6	1	B	8981	0.11
6	2	C	8981	0.11
7	1	B	8932	0.11
7	2	D	8932	0.11
8	1	B	8951	0.1
8	2	E	8951	0.1
9	1	B	8667	0.12
9	2	F	8667	0.12
10	1	C	9081	0.1
10	2	D	9081	0.1
11	1	C	8966	0.09
11	2	E	8966	0.09
12	1	C	8718	0.12
12	2	F	8718	0.12
13	1	D	9011	0.1
13	2	E	9011	0.1
14	1	D	8639	0.13
14	2	F	8639	0.13
15	1	E	8674	0.12
15	2	F	8674	0.12

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.379	184	-
R_work	0.333	3410	-
obs	-	-	98.28 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4807	1.954	-1.3148	8.0904	-5.3863	3.8448	-0.0495	-0.0048	0.0492	-0.2067	0.0903	0.345	0.3099	-0.1123	-0.0408	0.1722	-0.0131	0.0444	0.2091	-0.0116	0.2711	28.8126	75.4651	26.8014
2	6.723	-0.3785	0.0452	1.3238	1.7064	4.2123	0.1204	-0.6657	0.0159	0.2557	0.0271	0.1614	0.203	-0.2994	-0.1475	0.1251	0.0336	0.0061	0.1214	0.0069	0.2476	33.7371	84.8373	39.0566
3	6.8155	1.5017	-0.9765	3.5012	0.6565	5.9029	0.0059	-0.4472	-0.0759	0.2456	-0.0528	0.1366	0.1261	0.0147	0.0469	0.0195	0.0024	0.0126	0.0336	-0.0168	0.2089	42.6342	79.5515	32.4654
4	4.2548	0.7774	-0.8759	4.6844	-0.6038	3.2598	-0.1294	0.1155	-0.1736	0.0193	0.189	-0.2908	0.1631	0.1944	-0.0596	0.0116	0.0091	0.0072	0.0275	-0.022	0.1611	43.0873	73.4003	22.224
5	2.2363	1.5535	0.4613	3.5935	2.2987	5.6511	-0.115	0.2948	-0.1031	-0.3304	-0.0592	0.0522	0.1711	0.1796	0.1742	0.071	0.0434	0.0232	0.093	-0.016	0.271	34.6165	71.83	13.4104
6	4.0032	-0.7865	0.8216	2.0845	-0.2472	2.9605	0.1249	0.3055	-0.1661	-0.3132	-0.1274	0.1065	0.1227	-0.0641	0.0025	0.0812	0.0117	-0.025	0.0329	-0.0043	0.2023	22.4091	69.6176	12.2826
7	3.9963	-0.9701	1.1705	4.1035	-1.6963	4.8472	0.0237	0.1324	-0.3664	-0.3988	0.0995	0.3101	0.277	-0.241	-0.1231	0.0445	-0.0198	-0.0268	0.0224	-0.0097	0.2203	12.6993	75.1762	16.0234
8	4.3461	0.2215	0.3619	3.0491	-0.2113	4.4341	-0.0661	0.0092	-0.1481	-0.0175	0.0212	0.3303	0.1255	-0.4333	0.045	0.0069	-0.013	0.017	0.0433	-0.0108	0.2005	12.2487	82.732	25.4302
9	1.5401	0.6453	1.9689	3.5703	2.8647	3.7783	-0.0132	-0.0307	0.0357	0.2737	0.0208	-0.0841	0.1584	-0.017	-0.0076	0.0492	0.0181	0.0142	0.0097	0.0079	0.2649	21.534	86.9781	32.81
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13	3.2456	0.5083	-2.2541	8.312	0.5406	1.6942	-0.2498	-0.0251	-0.3128	0.5159	0.0916	-0.1607	0.3004	-0.0127	0.1582	0.2044	-0.0412	-0.0817	0.1259	0.0006	0.2832	34.0219	26.8059	8.2573
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20	4.2599	0.7645	-0.31	3.9084	0.7949	1.6823	0.066	0.1442	0.0009	0.0976	-0.0432	-0.2575	-0.0416	0.1016	-0.0228	0.0093	-0.0065	-0.0373	0.0184	0.0239	0.2329	36.2725	46.2178	35.6933
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22	0.0852	0.9068	-0.5542	10.6052	-6.4528	3.9276	0.01	0.028	-0.0259	0.4192	-0.3281	-0.5407	-0.2609	0.1766	0.3181	0.4544	-0.0417	-0.0446	0.5342	0.051	0.4691	22.7164	57.6371	41.2419
23	3.8301	3.4286	0.3323	6.599	4.2008	4.7152	-0.498	0.2699	-0.6239	-0.3775	0.6839	-0.9687	-0.3606	0.7391	-0.1859	0.7185	-0.0545	-0.1161	0.4129	0.1078	0.6575	29.9969	62.8043	54.1833
24	9.1446	4.4855	2.2734	8.4072	1.9303	3.8712	-0.3286	0.5023	0.4805	0.3196	0.3216	0.2227	-0.1287	0.1957	0.007	0.3184	0.0609	0.0929	0.1552	0.0393	0.2842	17.8199	64.3471	54.3076
25	6.1878	4.5341	-0.1168	7.5635	0.7295	4.9244	-0.2775	0.1386	0.7598	0.2536	0.0026	1.0905	-0.3244	-0.0569	0.275	0.1642	-0.0181	0.0587	0.1586	0.0435	0.4688	8.99	60.5044	47.2766
26	3.6082	0.9801	-0.8819	3.6626	2.5007	9.5214	-0.1948	0.3434	-0.1309	-0.195	-0.2144	0.6993	0.1217	-0.2124	0.4092	0.2031	-0.016	0.0719	0.3363	-0.0096	0.4023	9.3786	51.8366	38.2329

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-10 - 9
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	10 - 42
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	43 - 83
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	84 - 124
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	125 - 9999
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	-10 - 42
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	43 - 83
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	84 - 124
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	125 - 9999
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	-10 - 42
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	43 - 83
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	84 - 124
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	125 - 9999
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	-10 - 42
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	43 - 83
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	84 - 124
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	125 - 9999
18	X-RAY DIFFRACTION	18	E	-10 - 42
19	X-RAY DIFFRACTION	19	E	43 - 83
20	X-RAY DIFFRACTION	20	E	84 - 124
21	X-RAY DIFFRACTION	21	E	125 - 9999
22	X-RAY DIFFRACTION	22	F	-10 - 9
23	X-RAY DIFFRACTION	23	F	10 - 42
24	X-RAY DIFFRACTION	24	F	43 - 83
25	X-RAY DIFFRACTION	25	F	84 - 124
26	X-RAY DIFFRACTION	26	F	125 - 9999

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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