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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r5w
タイトルCrystal structure of the receptor binding protein (gp15) of Listeria phage PSA
要素Gp15 protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Listeria / homotrimeric / receptor binding protein / Bacteriophage
機能・相同性BppU, N-terminal / BppU N-terminal domain / ACETATE ION / : / Gp15 protein
機能・相同性情報
生物種Listeria phage PSA (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Dunne, M. / Ernst, P. / Pluckthun, A. / Loessner, M.J. / Kilcher, S.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science FoundationSNF_174108 スイス
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019
タイトル: Reprogramming Bacteriophage Host Range through Structure-Guided Design of Chimeric Receptor Binding Proteins.
著者: Dunne, M. / Rupf, B. / Tala, M. / Qabrati, X. / Ernst, P. / Shen, Y. / Sumrall, E. / Heeb, L. / Pluckthun, A. / Loessner, M.J. / Kilcher, S.
履歴
登録2019年3月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gp15 protein
B: Gp15 protein
C: Gp15 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,06316
ポリマ－54,4573
非ポリマー1,60613
水8,881493
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14890 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area20930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.700, 134.700, 79.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-650-

HOH

21C-614-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALATHRTHR(chain 'A' and (resid 203 through 228 or resid 230...AA203 - 2283 - 28
12TRPTRPLEULEU(chain 'A' and (resid 203 through 228 or resid 230...AA230 - 25630 - 56
13SERSERSERSER(chain 'A' and (resid 203 through 228 or resid 230...AA25858
14VALVALTYRTYR(chain 'A' and (resid 203 through 228 or resid 230...AA260 - 32460 - 124
15ALAALAGLUGLU(chain 'A' and (resid 203 through 228 or resid 230...AA326 - 370126 - 170
26ALAALATHRTHR(chain 'B' and (resid 203 through 228 or resid 230...BB203 - 2283 - 28
27TRPTRPLEULEU(chain 'B' and (resid 203 through 228 or resid 230...BB230 - 25630 - 56
28SERSERSERSER(chain 'B' and (resid 203 through 228 or resid 230...BB25858
29VALVALTYRTYR(chain 'B' and (resid 203 through 228 or resid 230...BB260 - 32460 - 124
210ALAALAGLUGLU(chain 'B' and (resid 203 through 228 or resid 230...BB326 - 370126 - 170
311ALAALATHRTHR(chain 'C' and (resid 203 through 228 or resid 230...CC203 - 2283 - 28
312TRPTRPLEULEU(chain 'C' and (resid 203 through 228 or resid 230...CC230 - 25630 - 56
313SERSERSERSER(chain 'C' and (resid 203 through 228 or resid 230...CC25858
314VALVALTYRTYR(chain 'C' and (resid 203 through 228 or resid 230...CC260 - 32460 - 124
315ALAALAGLUGLU(chain 'C' and (resid 203 through 228 or resid 230...CC326 - 370126 - 170

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要素

#1: タンパク質 Gp15 protein


分子量: 18152.275 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Listeria phage PSA (ファージ) / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8W5Z4
#2: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 493 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.44 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M Na Acetate, pH 4.6, 30% (v/v) PEG 400, and 0.1 M Cadmium Chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→44.09 Å / Num. obs: 91053 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 31.86 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07093 / Rpim(I) all: 0.02333 / Rrim(I) all: 0.07473 / Net I/σ(I): 17.76
反射 シェル解像度: 1.7→1.761 Å / Rmerge(I) obs: 2.323 / Mean I/σ(I) obs: 1.01 / Num. unique obs: 8999 / CC1/2: 0.386 / Rpim(I) all: 0.7629 / Rrim(I) all: 2.447 / % possible all: 99.98

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
PHENIX精密化
XDSデータスケーリング
SHELXDE位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→44.09 Å / SU ML: 0.2387 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 24.4971
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2108 8862 5 %4555
Rwork0.1907 ---
obs0.1917 177095 99.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 43.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→44.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3758 0 49 493 4300
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01653880
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2315278
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0776635
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0086677
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.76122304
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.720.38012960.34715602X-RAY DIFFRACTION99.95
1.72-1.740.34882960.34035552X-RAY DIFFRACTION99.93
1.74-1.760.34982880.32825629X-RAY DIFFRACTION100
1.76-1.780.34362970.34135588X-RAY DIFFRACTION99.98
1.78-1.810.34442970.33935629X-RAY DIFFRACTION99.85
1.81-1.830.33292960.32365594X-RAY DIFFRACTION99.92
1.83-1.860.33182980.30195588X-RAY DIFFRACTION99.24
1.86-1.890.29892880.28725677X-RAY DIFFRACTION100
1.89-1.910.29742970.26625517X-RAY DIFFRACTION100
1.91-1.950.25592960.25155660X-RAY DIFFRACTION99.95
1.95-1.980.27982960.24925651X-RAY DIFFRACTION100
1.98-2.020.26932880.23125539X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.050.25212950.23285649X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.10.25892980.22215611X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.140.24242960.21195655X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.190.22532930.20225570X-RAY DIFFRACTION99.97
2.19-2.250.24472910.19295574X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.310.20522950.1995627X-RAY DIFFRACTION99.98
2.31-2.380.2292950.19245624X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.450.24012970.19645630X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.540.21922990.18925621X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.640.20322970.18025584X-RAY DIFFRACTION99.59
2.64-2.760.18812930.17535592X-RAY DIFFRACTION100
2.76-2.910.22442950.19355589X-RAY DIFFRACTION100
2.91-3.090.20992940.18875594X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.330.19032990.18665634X-RAY DIFFRACTION100
3.33-3.660.16412970.16975621X-RAY DIFFRACTION100
3.66-4.190.17433000.15195630X-RAY DIFFRACTION100
4.19-5.280.15132930.13245593X-RAY DIFFRACTION99.93
5.28-47.020.22423020.20195609X-RAY DIFFRACTION99.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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