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- PDB-6r5m: Crystal structure of toxin MT9 from mamba venom -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r5m
タイトルCrystal structure of toxin MT9 from mamba venom
要素Dendroaspis polylepis MT9
キーワードTOXIN / mamba venom / aminergic toxin
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Snake toxin, conserved site / CD59 / CD59 / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL GROUP / S-1,2-PROPANEDIOL / Dendroaspis polylepis MT9
類似検索 - 構成要素
生物種Dendroaspis polylepis (コブラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Stura, E.A. / Tepshi, L. / Ciolek, J. / Triquigneaux, M. / Zoukimian, C. / De Waard, M. / Beroud, R. / Servent, D. / Gilles, N. / Legrand, P. / Ciccone, L.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-11-RPIB-022-04 venompicoscreen フランス
引用ジャーナル: Biomed Pharmacother / 年: 2022
タイトル: MT9, a natural peptide from black mamba venom antagonizes the muscarinic type 2 receptor and reverses the M2R-agonist-induced relaxation in rat and human arteries
著者: Ciolek, J. / Zoukimian, C. / Dhot, J. / Burban, M. / Triquigneaux, M. / Lauzier, B. / Guimbert, C. / Boturyn, D. / Ferron, M. / Ciccone, L. / Tepshi, L. / Stura, E. / Legrand, P. / Robin, P. ...著者: Ciolek, J. / Zoukimian, C. / Dhot, J. / Burban, M. / Triquigneaux, M. / Lauzier, B. / Guimbert, C. / Boturyn, D. / Ferron, M. / Ciccone, L. / Tepshi, L. / Stura, E. / Legrand, P. / Robin, P. / Mourier, G. / Schaack, B. / Fellah, I. / Blanchet, G. / Gauthier-Erfanian, C. / Beroud, R. / Servent, D. / De Waard, M. / Gilles, N.
履歴
登録2019年3月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2020年2月12日ID: 6F21
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dendroaspis polylepis MT9
B: Dendroaspis polylepis MT9
C: Dendroaspis polylepis MT9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,27616
ポリマ－19,1233
非ポリマー1,15313
水2,792155
1
A: Dendroaspis polylepis MT9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7195
ポリマ－6,3741
非ポリマー3444
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dendroaspis polylepis MT9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6594
ポリマ－6,3741
非ポリマー2843
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Dendroaspis polylepis MT9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8997
ポリマ－6,3741
非ポリマー5246
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.550, 93.640, 62.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-102-

SO4

21C-220-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Dendroaspis polylepis MT9


分子量: 6374.473 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Dendroaspis polylepis (コブラ) / 参照: UniProt: A0A4P1LYC9*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 168分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-ACE / ACETYL GROUP / アセトアルデヒド


分子量: 44.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1.05 M A.S 0.06 M sodium citrate, pH 5.5 with 35 mM NaSCN.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.980097 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月20日 / 詳細: KB Mirrors
放射モノクロメーター: [111]Si Cut monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.980097 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→47 Å / Num. obs: 16308 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 34.42 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.177 / Rpim(I) all: 0.078 / Rrim(I) all: 0.199 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル最高解像度: 1.9 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→19.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU R Cruickshank DPI: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.192 / SU Rfree Blow DPI: 0.156 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.146
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 813 4.99 %RANDOM
Rwork0.231 ---
obs0.232 16290 99.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 40.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3759 Å20 Å20 Å2
2---6.944 Å20 Å2
3---7.3199 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1314 0 64 155 1533
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0081422HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.131922HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d498SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes228HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1422HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.14
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.36
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion188SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1706SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.92 Å / Total num. of bins used: 40
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3805 -4.9 %
Rwork0.3258 388 -
all0.3283 408 -
obs--95.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3588-0.8352-0.56981.78610.09644.4385-0.0626-0.11390.0994-0.10040.06290.0118-0.4547-0.0944-0.00030.02910.0413-0.0015-0.0727-0.01130.0242-8.24524.625526.1374
20.61340.02690.67474.25181.75173.91370.0448-0.0025-0.0623-0.4136-0.0507-0.03880.09260.22570.006-0.0014-0.00250.0201-0.0122-0.0077-0.01294.33378.208418.7235
35.3306-1.80421.60091.97910.2694.00110.03390.45570.0286-0.0142-0.10.0804-0.021-0.04630.06620.11450.06960.002-0.01610.0272-0.052-10.77717.08451.2508
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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