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- PDB-6r5g: C-SH2 domain of SHP-2 in complex with phospho-ITSM of PD-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r5g
タイトルC-SH2 domain of SHP-2 in complex with phospho-ITSM of PD-1
要素
  • ITSM
  • Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / SHP-2 C-SH2 ITSM SH2 domain PD-1 phosphotyrosine
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / negative regulation of cortisol secretion / intestinal epithelial cell migration / microvillus organization / negative regulation of growth hormone secretion / negative regulation of immune response / genitalia development / atrioventricular canal development / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell ...negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / negative regulation of cortisol secretion / intestinal epithelial cell migration / microvillus organization / negative regulation of growth hormone secretion / negative regulation of immune response / genitalia development / atrioventricular canal development / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of T cell activation / STAT5 Activation / Co-inhibition by BTLA / Netrin mediated repulsion signals / negative regulation of neutrophil activation / cerebellar cortex formation / positive regulation of T cell apoptotic process / positive regulation of hormone secretion / B cell apoptotic process / regulation of protein export from nucleus / Interleukin-37 signaling / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of ossification / Signaling by Leptin / MET activates PTPN11 / hormone metabolic process / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / negative regulation of chondrocyte differentiation / Signal regulatory protein family interactions / face morphogenesis / ERBB signaling pathway / platelet formation / triglyceride metabolic process / negative regulation of B cell apoptotic process / organ growth / megakaryocyte development / Interleukin-20 family signaling / negative regulation of type I interferon production / Interleukin-6 signaling / PI-3K cascade:FGFR3 / Co-inhibition by CTLA4 / Platelet sensitization by LDL / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / PI-3K cascade:FGFR2 / peptide hormone receptor binding / PI-3K cascade:FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR1 / MAPK3 (ERK1) activation / Prolactin receptor signaling / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / regulation of cell adhesion mediated by integrin / regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / MAPK1 (ERK2) activation / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / PECAM1 interactions / Bergmann glial cell differentiation / inner ear development / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / humoral immune response / phosphoprotein phosphatase activity / positive regulation of intracellular signal transduction / Regulation of IFNA/IFNB signaling / RET signaling / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / PI3K Cascade / Co-inhibition by PD-1 / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / GAB1 signalosome / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / ephrin receptor signaling pathway / regulation of immune response / regulation of protein-containing complex assembly / Regulation of IFNG signaling / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / GPVI-mediated activation cascade / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / cell adhesion molecule binding / negative regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / hormone-mediated signaling pathway / FRS-mediated FGFR1 signaling / Tie2 Signaling / phosphotyrosine residue binding / protein-tyrosine-phosphatase / FLT3 Signaling / Downstream signal transduction / homeostasis of number of cells within a tissue / positive regulation of mitotic cell cycle / axonogenesis / protein tyrosine phosphatase activity / positive regulation of interferon-beta production / protein tyrosine kinase binding / cellular response to epidermal growth factor stimulus / DNA damage checkpoint signaling
類似検索 - 分子機能
Programmed cell death protein 1 / Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type-6, -11 / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif ...Programmed cell death protein 1 / Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type-6, -11 / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Protein-tyrosine phosphatase-like / SH2 domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11 / Programmed cell death protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing-molecular dynamics
データ登録者Marasco, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationCA294/20-1 ドイツ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Molecular mechanism of SHP2 activation by PD-1 stimulation.
著者: Marasco, M. / Berteotti, A. / Weyershaeuser, J. / Thorausch, N. / Sikorska, J. / Krausze, J. / Brandt, H.J. / Kirkpatrick, J. / Rios, P. / Schamel, W.W. / Kohn, M. / Carlomagno, T.
履歴
登録2019年3月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11
B: ITSM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6792
ポリマ－14,6792
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, 1:1 binding with Kd=13nM
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1420 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area7200 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 150structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11 / Protein-tyrosine phosphatase 1D / PTP-1D / Protein-tyrosine phosphatase 2C / PTP-2C / SH-PTP2 / Shp2 / SH-PTP3


分子量: 13301.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPN11, PTP2C, SHPTP2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06124, protein-tyrosine-phosphatase
#2: タンパク質・ペプチド ITSM


分子量: 1377.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15116*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
113isotropic22D 1H-15N HSQC
123isotropic23D HNCO
133isotropic23D HN(CA)CB
143isotropic23D HN(COCA)CB
153isotropic23D (H)CCH-TOCSY
163isotropic22D 1H-13C HSQC
173isotropic13D NOESY-13C HSQC
183isotropic23D 13C/15N-filtered NOESY-13C HSQC
194isotropic22D 13C/15N-filtered 1H-1H NOESY
1104isotropic22D 13C/15N-filtered 1H-1H TOCSY
1113isotropic13D NOESY-15N HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution3800 uM [U-13C; U-15N] C-SH2 domain of SHP-2, 1000 uM ITSM, 90% H2O/10% D2Opeptide_excess90% H2O/10% D2O
solution4800 uM [U-13C; U-15N] C-SH2 domain of SHP-2, 640 uM ITSM, 90% H2O/10% D2Oprotein_excess90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
800 uMC-SH2 domain of SHP-2[U-13C; U-15N]3
1000 uMITSMnatural abundance3
800 uMC-SH2 domain of SHP-2[U-13C; U-15N]4
640 uMITSMnatural abundance4
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: NMR_sample / pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD8501
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化
手法ソフトェア番号詳細
simulated annealing-molecular dynamics5ARIA and CNS were used in combination
simulated annealing-molecular dynamics6ARIA and CNS were used in combination
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 150 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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