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- PDB-6r3k: Structure of human Programmed cell death 1 ligand 1 (PD-L1) with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r3k
タイトルStructure of human Programmed cell death 1 ligand 1 (PD-L1) with low molecular mass inhibitor
要素Programmed cell death 1 ligand 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / PD-L1 / PD-1 / immune checkpoint
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / negative regulation of type II interferon production ...negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / negative regulation of type II interferon production / positive regulation of interleukin-10 production / Co-inhibition by PD-1 / positive regulation of T cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / response to cytokine / recycling endosome membrane / actin cytoskeleton / cellular response to lipopolysaccharide / early endosome membrane / adaptive immune response / transcription coactivator activity / cell surface receptor signaling pathway / immune response / positive regulation of cell migration / receptor ligand activity / external side of plasma membrane / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily ...: / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JQT / Programmed cell death 1 ligand 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zak, K.M. / Grudnik, P. / Skalniak, L. / Dubin, G. / Holak, T.A.
資金援助 ポーランド, 8件
組織認可番号国
Polish National Science Centre ポーランド
Polish National Science CentreUMO-2012/06/A/ST5/00224 ポーランド
Polish National Science CentreUMO-2014/12/W/NZ1/00457 ポーランド
Polish National Science CentreUMO-2011/01/D/NZ1/01169 ポーランド
Polish National Science CentreUMO-2012/07/E/NZ1/01907 ポーランド
Polish National Science Centre2015/19/N/ST5/00347 ポーランド
Polish National Science CentreUMO-2016/20/T/NZ1/00519 ポーランド
Polish National Science CentreUMO-2015/19/D/NZ1/02009 ポーランド
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Terphenyl-Based Small-Molecule Inhibitors of Programmed Cell Death-1/Programmed Death-Ligand 1 Protein-Protein Interaction.
著者: Muszak, D. / Surmiak, E. / Plewka, J. / Magiera-Mularz, K. / Kocik-Krol, J. / Musielak, B. / Sala, D. / Kitel, R. / Stec, M. / Weglarczyk, K. / Siedlar, M. / Domling, A. / Skalniak, L. / Holak, T.A.
履歴
登録2019年3月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2019年4月3日ID: 5NIX
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.22021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Programmed cell death 1 ligand 1
B: Programmed cell death 1 ligand 1
C: Programmed cell death 1 ligand 1
D: Programmed cell death 1 ligand 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1218
ポリマ－58,7154
非ポリマー1,4064
水4,468248
1
A: Programmed cell death 1 ligand 1
B: Programmed cell death 1 ligand 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0614
ポリマ－29,3582
非ポリマー7032
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Programmed cell death 1 ligand 1
D: Programmed cell death 1 ligand 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0614
ポリマ－29,3582
非ポリマー7032
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.527, 84.609, 164.116
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Programmed cell death 1 ligand 1 / Programmed death ligand 1 / B7 homolog 1 / B7-H1


分子量: 14678.759 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD274, B7H1, PDCD1L1, PDCD1LG1, PDL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NZQ7
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-JQT / (2~{S},4~{R})-1-[[5-chloranyl-2-[(3-cyanophenyl)methoxy]-4-[[3-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-yl)-2-methyl-phenyl]methoxy]phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxylic acid


分子量: 641.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H33ClN2O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.67 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.01 M Tris pH 8.4 containing 0.28 M sodium chloride and 27% (w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91842 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91842 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→45.99 Å / Num. obs: 29563 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 2.2→2.279 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Num. unique obs: 2926 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15rc3_3435: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5C3T

5c3t


解像度: 2.2→45.939 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.47
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 1462 4.95 %
Rwork0.2145 --
obs0.2167 29563 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→45.939 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3859 0 100 248 4207
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0224049
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.8525506
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.6921410
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.143616
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007693
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.27870.34761450.2722780X-RAY DIFFRACTION100
2.2787-2.36990.29041480.25082738X-RAY DIFFRACTION100
2.3699-2.47770.27851480.24422743X-RAY DIFFRACTION100
2.4777-2.60840.34531500.25512776X-RAY DIFFRACTION100
2.6084-2.77180.28931460.25122781X-RAY DIFFRACTION100
2.7718-2.98570.30991530.24192767X-RAY DIFFRACTION100
2.9857-3.28610.291200.23152835X-RAY DIFFRACTION100
3.2861-3.76140.26491520.20862819X-RAY DIFFRACTION100
3.7614-4.73820.20081460.17222856X-RAY DIFFRACTION100
4.7382-45.94930.21581540.19353006X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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