PDB-6r34: Aspergillus niger ferulic acid decarboxylase (Fdc) in complex wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6r34

タイトル

Aspergillus niger ferulic acid decarboxylase (Fdc) in complex with the covalent adduct formed between prFMN cofactor and phenyl acetylene (Int3')

要素

Ferulic acid decarboxylase 1

キーワード

LYASE / (de)carboxylase / UbiD / prFMN binding

機能・相同性

機能・相同性情報

styrene metabolic process / aromatic amino acid family catabolic process / phenacrylate decarboxylase / ferulate metabolic process / cinnamic acid catabolic process / carboxy-lyase activity / manganese ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus niger (黒麹菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Bailey, S.S. / Leys, D.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Atomic description of an enzyme reaction dependent on reversible 1,3-dipolar cycloaddition
著者: Bailey, S.S. / Payne, K.A.P. / Saaret, A. / Marshall, S.A. / Gostimskaya, I. / Kosov, I. / Fisher, K. / Hay, S. / Leys, D.

履歴

登録	2019年3月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6r34.cif.gz	251.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6r34.ent.gz	198.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6r34.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6r34_validation.pdf.gz	790.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6r34_full_validation.pdf.gz	796.7 KB	表示
XML形式データ	6r34_validation.xml.gz	28.3 KB	表示
CIF形式データ	6r34_validation.cif.gz	45.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/6r34 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/6r34	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6r2pC 6r2rC 6r2tC 6r2zC 6r30C 6r32C 6r33C 6r3fC 6r3gC 6r3iC 6r3jC 6r3lC 6r3nC 6r3oC 4za9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6r2r-1 6r3j-1 6ev4-1 6r2t-1 6tic-1 6r3i-1 6ev9-1 4za5-1 6tih-1 6evd-1 6r2p-1 6ev5-1 4zaa-1 6ev7-1 6tio-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ferulic acid decarboxylase 1

ヘテロ分子

57.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ferulic acid decarboxylase 1

ヘテロ分子

A: Ferulic acid decarboxylase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry
114 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.000, 63.960, 87.720
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Ferulic acid decarboxylase 1 / Phenacrylate decarboxylase 分子量: 56335.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus niger (黒麹菌) / 遺伝子: fdc1, An03g06590 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2QHE5, phenacrylate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-JQH / prFMN cofactor and phenylpropiolic acid adduct 分子量: 626.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₃₅N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 733 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.54 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M POTASSIUM THIOCYANATE, BIS-TRIS PROPANE 6.5, 20 % W/V PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.1→45.51 Å / Num. obs: 211213 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 4 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.72
反射シェル	解像度: 1.1→1.139 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.44 / Num. unique obs: 16681 / CC_1/2: 0.552 / % possible all: 77.13

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0230	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4ZA9

4za9

解像度: 1.1→45.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.984 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.979 / SU B: 0.811 / SU ML: 0.017 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.023 / ESU R Free: 0.025 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.14059	10639	5 %	RANDOM
R_work	0.11608	-	-	-
obs	0.11731	200575	96.71 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.647 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.33 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.41 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.1→45.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3852	0	47	733	4632

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.025	0.015	4310
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	3802
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.011	1.658	5900
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.223	1.632	8954
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.561	5	563
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.707	22.098	205
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.625	15	699
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.976	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.391	0.2	560
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	4993
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	788
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.378	1.012	2163
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.378	1.013	2164
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.704	1.528	2755
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.707	1.529	2756
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.615	1.237	2146
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.614	1.236	2147
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.773	1.778	3146
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.464	14.53	5064
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.372	14.18	5022
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.78	3	8111
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	26.435	5	467
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	8.433	5	8227

LS精密化シェル

解像度: 1.1→1.129 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.302	637	-
R_work	0.296	11399	-
obs	-	-	75.26 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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