PDB-6r33: Aspergillus niger ferulic acid decarboxylase (Fdc)in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6r33

タイトル

Aspergillus niger ferulic acid decarboxylase (Fdc)in complex with the covalent adduct formed between prFMN cofactor and phenylpropiolic acid, following decarboxylation (Int3')

要素

Ferulic acid decarboxylase 1

キーワード

LYASE / (de)carboxylase / UbiD / prFMN binding

機能・相同性

機能・相同性情報

styrene metabolic process / aromatic amino acid family catabolic process / phenacrylate decarboxylase / ferulate metabolic process / cinnamic acid catabolic process / carboxy-lyase activity / manganese ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus niger (黒麹菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.01 Å

データ登録者

Bailey, S.S. / Leys, D.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Atomic description of an enzyme reaction dependent on reversible 1,3-dipolar cycloaddition
著者: Bailey, S.S. / Payne, K.A.P. / Saaret, A. / Marshall, S.A. / Gostimskaya, I. / Kosov, I. / Fisher, K. / Hay, S. / Leys, D.

履歴

登録	2019年3月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6r33.cif.gz	253.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6r33.ent.gz	199.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6r33.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6r33_validation.pdf.gz	788.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6r33_full_validation.pdf.gz	795.9 KB	表示
XML形式データ	6r33_validation.xml.gz	29.3 KB	表示
CIF形式データ	6r33_validation.cif.gz	47.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/6r33 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/6r33	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6r2pC 6r2rC 6r2tC 6r2zC 6r30C 6r32C 6r34C 6r3fC 6r3gC 6r3iC 6r3jC 6r3lC 6r3nC 6r3oC 4za9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4za7-1 6tij-1 6tib-1 6tin-1 6r3g-1 4zab-1 7abn-2 6ev7-1 4za9-1 6ev6-1 6r3f-1 6tie-1 7abn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ferulic acid decarboxylase 1

ヘテロ分子

57.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ferulic acid decarboxylase 1

ヘテロ分子

A: Ferulic acid decarboxylase 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry
114 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.890, 64.210, 87.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1018- HOH

#1: タンパク質	Ferulic acid decarboxylase 1 / Phenacrylate decarboxylase 分子量: 56335.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus niger (黒麹菌) / 遺伝子: fdc1, An03g06590 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2QHE5, phenacrylate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-JQH / prFMN cofactor and phenylpropiolic acid adduct 分子量: 626.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₃₅N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 800 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.59 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M POTASSIUM THIOCYANATE, BIS-TRIS PROPANE 6.5, 20 % W/V PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.01→39.83 Å / Num. obs: 270737 / % possible obs: 96.08 % / 冗長度: 4.1 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 1.01→1.046 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.07 / Num. unique obs: 22981 / CC_1/2: 0.536 / % possible all: 82.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0230	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4ZA9

4za9

解像度: 1.01→39.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.985 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.978 / SU B: 0.687 / SU ML: 0.015 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.019 / ESU R Free: 0.02 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.13646	13413	5 %	RANDOM
R_work	0.11703	-	-	-
obs	0.118	257321	96.08 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.879 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.22 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.01→39.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3846	0	47	800	4693

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.025	0.015	4293
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3771
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.021	1.658	5875
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.256	1.633	8876
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.556	5	559
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.838	22.136	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.221	15	687
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.787	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.391	0.2	560
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	4969
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	784
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.332	0.944	2156
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.333	0.945	2157
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.838	1.423	2741
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.841	1.424	2742
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.639	1.152	2136
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.638	1.152	2137
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.299	1.662	3135
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.002	13.82	5091
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.809	13.319	5025
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.705	3	8063
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	26.433	5	495
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	9.488	5	8222

LS精密化シェル

解像度: 1.01→1.036 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.287	798	-
R_work	0.283	15777	-
obs	-	-	80.17 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)