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- PDB-6r2o: Hemoglobin structure from serial crystallography with a 3D-printe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r2o
タイトルHemoglobin structure from serial crystallography with a 3D-printed nozzle.
要素(Hemoglobin subunit ...) x 2
キーワードOXYGEN TRANSPORT / Hemoglobin / Serial Crystallography / LCLS
機能・相同性
機能・相同性情報


hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / oxygen binding / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Hemoglobin subunit alpha / Hemoglobin subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Oberthuer, D. / Yefanov, O. / Sarrou, I.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Ultracompact 3D microfluidics for time-resolved structural biology.
著者: Knoska, J. / Adriano, L. / Awel, S. / Beyerlein, K.R. / Yefanov, O. / Oberthuer, D. / Pena Murillo, G.E. / Roth, N. / Sarrou, I. / Villanueva-Perez, P. / Wiedorn, M.O. / Wilde, F. / Bajt, S. ...著者: Knoska, J. / Adriano, L. / Awel, S. / Beyerlein, K.R. / Yefanov, O. / Oberthuer, D. / Pena Murillo, G.E. / Roth, N. / Sarrou, I. / Villanueva-Perez, P. / Wiedorn, M.O. / Wilde, F. / Bajt, S. / Chapman, H.N. / Heymann, M.
履歴
登録2019年3月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_related_exp_data_set / pdbx_struct_conn_angle / refine / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _refine.pdbx_diffrn_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.32024年1月24日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
C: Hemoglobin subunit alpha
D: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,71812
ポリマ－62,0654
非ポリマー2,6548
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11790 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area23810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.500, 80.800, 110.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain 'A' and (resid 1 through 7 or resid 9...A1 - 7
121(chain 'A' and (resid 1 through 7 or resid 9...A9 - 81
131(chain 'A' and (resid 1 through 7 or resid 9...A83 - 87
141(chain 'A' and (resid 1 through 7 or resid 9...A90 - 91
151(chain 'A' and (resid 1 through 7 or resid 9...A93 - 104
161(chain 'A' and (resid 1 through 7 or resid 9...A106
171(chain 'A' and (resid 1 through 7 or resid 9...A108 - 115
181(chain 'A' and (resid 1 through 7 or resid 9...A117 - 140
191(chain 'A' and (resid 1 through 7 or resid 9...A142
2101(chain 'C' and (resid 1 through 7 or resid 9...C1 - 7
2111(chain 'C' and (resid 1 through 7 or resid 9...C9 - 81
2121(chain 'C' and (resid 1 through 7 or resid 9...C83 - 87
2131(chain 'C' and (resid 1 through 7 or resid 9...C90 - 91
2141(chain 'C' and (resid 1 through 7 or resid 9...C93 - 104
2151(chain 'C' and (resid 1 through 7 or resid 9...C106
2161(chain 'C' and (resid 1 through 7 or resid 9...C108 - 115
2171(chain 'C' and (resid 1 through 7 or resid 9...C117 - 140
2181(chain 'C' and (resid 1 through 7 or resid 9...C142
1192(chain 'B' and (resid 1 through 7 or resid 9...B1 - 7
1202(chain 'B' and (resid 1 through 7 or resid 9...B9 - 15
1212(chain 'B' and (resid 1 through 7 or resid 9...B17 - 19
1222(chain 'B' and (resid 1 through 7 or resid 9...B21 - 71
1232(chain 'B' and (resid 1 through 7 or resid 9...B74 - 78
1242(chain 'B' and (resid 1 through 7 or resid 9...B80 - 81
1252(chain 'B' and (resid 1 through 7 or resid 9...B83 - 88
1262(chain 'B' and (resid 1 through 7 or resid 9...B90 - 91
1272(chain 'B' and (resid 1 through 7 or resid 9...B94
1282(chain 'B' and (resid 1 through 7 or resid 9...B96 - 103
1292(chain 'B' and (resid 1 through 7 or resid 9...B106
1302(chain 'B' and (resid 1 through 7 or resid 9...B108 - 137
1312(chain 'B' and (resid 1 through 7 or resid 9...B140 - 141
1322(chain 'B' and (resid 1 through 7 or resid 9...B144 - 145
1332(chain 'B' and (resid 1 through 7 or resid 9...B147
2342(chain 'D' and (resid 1 through 7 or resid 9...D1 - 7
2352(chain 'D' and (resid 1 through 7 or resid 9...D9 - 15
2362(chain 'D' and (resid 1 through 7 or resid 9...D17 - 19
2372(chain 'D' and (resid 1 through 7 or resid 9...D21 - 71
2382(chain 'D' and (resid 1 through 7 or resid 9...D74 - 78
2392(chain 'D' and (resid 1 through 7 or resid 9...D80 - 81
2402(chain 'D' and (resid 1 through 7 or resid 9...D83 - 88
2412(chain 'D' and (resid 1 through 7 or resid 9...D90 - 91
2422(chain 'D' and (resid 1 through 7 or resid 9...D94
2432(chain 'D' and (resid 1 through 7 or resid 9...D96 - 103
2442(chain 'D' and (resid 1 through 7 or resid 9...D106
2452(chain 'D' and (resid 1 through 7 or resid 9...D108 - 137
2462(chain 'D' and (resid 1 through 7 or resid 9...D140 - 141
2472(chain 'D' and (resid 1 through 7 or resid 9...D144 - 145
2482(chain 'D' and (resid 1 through 7 or resid 9...D147

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
Hemoglobin subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Hemoglobin subunit alpha / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain


分子量: 15138.280 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P01958
#2: タンパク質 Hemoglobin subunit beta / Beta-globin / Hemoglobin beta chain


分子量: 15894.128 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P02062

-
非ポリマー , 5種, 66分子

#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C34H32FeN4O4 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ)
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode
詳細: in 26% PEG3350,10mM Hepes pH7.5, ratio 1:2, Stirring, O.D 10

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: MFX / 波長: 1.734 Å
検出器タイプ: CS-PAD XPP / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.734 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.46→20 Å / Num. obs: 21072 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 1059 % / Biso Wilson estimate: 40.7 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 15.11
反射 シェル解像度: 2.46→2.5 Å / 冗長度: 99.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / Num. unique obs: 2074 / CC1/2: 0.7 / R split: 0.538 / % possible all: 100
Serial crystallography measurementPulse duration: 10 fsec. / Pulse photon energy: 7150 keV / XFEL pulse repetition rate: 120 Hz
Serial crystallography sample delivery解説: 3DP-DFFN in air / 手法: injection
Serial crystallography sample delivery injectionCarrier solvent: Proteinbuffer / 解説: 3DP-DFFN / Filter size: 20 µm / Flow rate: 7 µL/min / Injector nozzle: 3DP-DFFN / Injector temperature: 293 K / Power by: Elveflow
Serial crystallography data reductionCrystal hits: 140443 / Frames indexed: 114958

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
CrystFEL0.6.3+39640b93cddf9ab9272351cc7917fc158cd4d010データ削減
CrystFEL0.7.0+7754d197データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Y8K

1y8k


解像度: 2.46→19.87 Å / SU ML: 0.2516 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.2563 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.212 1868 8.91 %
Rwork0.1657 19099 -
obs0.1698 20967 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.46→19.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4386 0 182 58 4626
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00334894
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.61996722
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036710
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032860
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.99382790
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.46-2.530.29351420.25131449X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.60.26321420.23221445X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.680.26171420.20661447X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.780.27171390.19891435X-RAY DIFFRACTION100
2.78-2.890.22891420.19461449X-RAY DIFFRACTION100
2.89-3.020.25321440.1971461X-RAY DIFFRACTION100
3.02-3.180.23961400.19111442X-RAY DIFFRACTION100
3.18-3.380.22351440.18161474X-RAY DIFFRACTION100
3.38-3.640.22991430.15891460X-RAY DIFFRACTION100
3.64-40.18561440.13571468X-RAY DIFFRACTION100
4-4.580.1741450.12391485X-RAY DIFFRACTION100
4.58-5.740.17071470.14231507X-RAY DIFFRACTION100
5.74-19.870.20161540.16421577X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.944630293373.26770777645-3.144704895964.53218669253-1.629784476154.498395091440.1667297341590.3504439411050.50817811847-0.102690548540.3466539846360.355261687372-0.146922460576-0.334977867302-0.484241862330.2874762949610.02179497072010.01571068918110.3541576786560.05316787341320.4432457675553.8674003563587.11160215233.4726199042
26.759283370260.0829776402182-1.711739881532.2522649128-0.7458937726166.561577820440.04506887592150.882690202220.402299669531-0.240686935990.4542359368750.135167098708-0.0254052041911-0.555318893577-0.5049098171370.326463892524-0.0101385982945-0.05689325969560.5628180230420.02509496634690.3870322154327.548375288585.727850108123.7711204007
36.392236906110.386086432785-3.223756152922.33970397563-0.4543434710617.07755084830.1119734653640.3326371474970.233424563961-0.1814539218370.002868272511260.2200044752150.3028358098470.0529818088264-0.07131008582410.2068274773850.0175790673859-0.06909332215770.275090006641-0.02180710499130.2787873809568.6510206526882.94696678134.1102051671
47.286051667334.73363507153-1.510235730836.53372120938-2.135204072033.12326094832-0.2372760066680.0817833643752-0.003204437189630.04099022009070.170845783578-0.471498813073-0.4683392733090.3278939913770.01892940286180.898386562054-0.2214128025390.3638119058960.523086789031-0.2461350689830.91469424884111.0693103171106.08572031949.6989956266
52.644376968120.2327697257631.319138812594.31384002836-1.806687630915.050705384080.285775707421-0.4033393292050.4075419532350.8488517356260.0666640126880.495299200871-0.0921299335651-0.0425224408037-0.3904888409430.407132741197-0.0221352751990.1468521262530.403494911792-0.050307533460.4302268312834.3323702571781.667760662555.9612582821
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 42 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 43 through 88 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 89 through 141 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 16 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 17 through 57 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 58 through 76 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 77 through 100 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 101 through 121 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 122 through 145 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 1 through 43 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 44 through 88 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 89 through 141 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 1 through 45 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 46 through 75 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 76 through 146 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る