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- PDB-6r2i: Crystal structure of the SUN1-KASH5 6:6 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r2i
タイトルCrystal structure of the SUN1-KASH5 6:6 complex
要素
  • KASH5
  • SUN domain-containing protein 1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / SUN1 / KASH5 / LINC complex / Nucleoskeleton / Cytoskeleton / Nuclear envelope
機能・相同性
機能・相同性情報


telomere localization / chromosome localization to nuclear envelope involved in homologous chromosome segregation / nucleokinesis involved in cell motility in cerebral cortex radial glia guided migration / nuclear matrix anchoring at nuclear membrane / cytoskeleton-nuclear membrane anchor activity / spindle localization / meiotic attachment of telomere to nuclear envelope / meiotic spindle pole / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / meiotic telomere clustering ...telomere localization / chromosome localization to nuclear envelope involved in homologous chromosome segregation / nucleokinesis involved in cell motility in cerebral cortex radial glia guided migration / nuclear matrix anchoring at nuclear membrane / cytoskeleton-nuclear membrane anchor activity / spindle localization / meiotic attachment of telomere to nuclear envelope / meiotic spindle pole / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / meiotic telomere clustering / homologous chromosome pairing at meiosis / lamin binding / lateral element / nuclear inner membrane / centrosome localization / oogenesis / dynein complex binding / nuclear outer membrane / response to mechanical stimulus / spindle assembly / protein-membrane adaptor activity / Meiotic synapsis / ossification / actin filament organization / double-strand break repair via homologous recombination / nuclear envelope / spermatogenesis / nuclear membrane / chromosome, telomeric region / intracellular membrane-bounded organelle / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
KASH5-like coiled-coil domain / Protein KASH5 / Protein KASH5, EF-hand-like domain / EF-hand domain / Coiled-coil region of CCDC155 or KASH / SUN domain-containing protein 1, N-terminal / Mitochondrial RNA binding protein MRP / SUN coiled coil domain 2 / SUN2 helix-turn-helix domain / SUN domain-containing protein 1-5 ...KASH5-like coiled-coil domain / Protein KASH5 / Protein KASH5, EF-hand-like domain / EF-hand domain / Coiled-coil region of CCDC155 or KASH / SUN domain-containing protein 1, N-terminal / Mitochondrial RNA binding protein MRP / SUN coiled coil domain 2 / SUN2 helix-turn-helix domain / SUN domain-containing protein 1-5 / SUN domain profile. / SUN domain / Sad1 / UNC-like C-terminal / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
: / SUN domain-containing protein 1 / Protein KASH5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.541 Å
データ登録者Gurusaran, M. / Davies, O.R.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust104158/Z/14/Z 英国
Royal SocietyRG170118 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: A molecular mechanism for LINC complex branching by structurally diverse SUN-KASH 6:6 assemblies.
著者: Gurusaran, M. / Davies, O.R.
履歴
登録2019年3月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月3日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation / software
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _software.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SUN domain-containing protein 1
B: KASH5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9063
ポリマ－25,8672
非ポリマー391
水5,567309
1
A: SUN domain-containing protein 1
B: KASH5
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,43718
ポリマ－155,20312
非ポリマー2356
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/21
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z+1/21
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/21
Buried area32330 Å2
ΔGint-245 kcal/mol
Surface area56180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.163, 80.163, 177.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1155-

HOH

21A-1265-

HOH

31A-1287-

HOH

41A-1300-

HOH

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要素

#1: タンパク質 SUN domain-containing protein 1 / Protein unc-84 homolog A / Sad1/unc-84 protein-like 1


分子量: 22530.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUN1, KIAA0810, UNC84A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O94901
#2: タンパク質・ペプチド KASH5


分子量: 3336.728 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N6L0*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.12M 1,6-Hexanediol; 0.12M 1-Butanol 1,2-Propanediol (racemic); 0.12M 2-Propanol; 0.12M 1,4-Butanediol; 0.12M 1,3-Propanediol; 0.1M Imidazole pH 6.5 ; 0.1M MES (acid) pH 6.5; 18% Glycerol; 18% PEG 4K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→88.81 Å / Num. obs: 49458 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 21.3 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 23.5
反射 シェル解像度: 1.54→1.57 Å / Rmerge(I) obs: 1.515 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 7234 / Rpim(I) all: 0.329 / Rrim(I) all: 1.551 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6R15

6r15


解像度: 1.541→23.989 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 14.66
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1683 2462 4.99 %
Rwork0.1495 --
obs0.1505 49373 97.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.541→23.989 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1717 0 1 309 2027
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111878
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0762574
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6121120
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066275
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008341
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5411-1.57070.23871490.19022602X-RAY DIFFRACTION100
1.5707-1.60280.17531500.16822595X-RAY DIFFRACTION100
1.6028-1.63760.21431500.14972604X-RAY DIFFRACTION100
1.6376-1.67570.17891430.14112615X-RAY DIFFRACTION100
1.6757-1.71760.18231410.12842607X-RAY DIFFRACTION100
1.7176-1.7640.18041200.12782644X-RAY DIFFRACTION100
1.764-1.81590.16271430.11942628X-RAY DIFFRACTION100
1.8159-1.87450.17461480.12132641X-RAY DIFFRACTION100
1.8745-1.94150.17931140.13352327X-RAY DIFFRACTION99
1.9415-2.01920.166790.13111792X-RAY DIFFRACTION100
2.0192-2.1110.18261370.1352658X-RAY DIFFRACTION100
2.111-2.22230.17161320.1352664X-RAY DIFFRACTION100
2.2223-2.36140.14361520.13842666X-RAY DIFFRACTION100
2.3614-2.54350.14891340.13722678X-RAY DIFFRACTION100
2.5435-2.79910.15941380.14452703X-RAY DIFFRACTION100
2.7991-3.20340.16491470.14932738X-RAY DIFFRACTION100
3.2034-4.03280.16011280.14352788X-RAY DIFFRACTION100
4.0328-23.99210.17791570.18232961X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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