PDB-6r16: Crystal structure of the SUN1-KASH4 6:6 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6r16

タイトル

Crystal structure of the SUN1-KASH4 6:6 complex

要素

Nesprin-4
SUN domain-containing protein 1

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / SUN1 KASH4 NESPRIN-4 SYNE4 LINC complex Nucleoskeleton Cytoskeleton Nuclear envelope

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleokinesis involved in cell motility in cerebral cortex radial glia guided migration / nuclear matrix anchoring at nuclear membrane / cytoskeleton-nuclear membrane anchor activity / meiotic attachment of telomere to nuclear envelope / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / homologous chromosome pairing at meiosis / lamin binding / establishment of epithelial cell apical/basal polarity / nuclear inner membrane / centrosome localization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Gurusaran, M. / Davies, O.R.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: A molecular mechanism for LINC complex branching by structurally diverse SUN-KASH 6:6 assemblies.
著者: Gurusaran, M. / Davies, O.R.

履歴

登録	2019年3月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月3日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6r16.ent.gz	455.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6r16.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6r16_validation.pdf.gz	527.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6r16_full_validation.pdf.gz	537.1 KB	表示
XML形式データ	6r16_validation.xml.gz	45.7 KB	表示
CIF形式データ	6r16_validation.cif.gz	61 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/6r16 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/6r16	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6r15SC 6r2iC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5jwg-d 5jxf-2 6j1h-d 3gv5-d 6r15-1 3c66-d 5uk7-d 5tsg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SUN domain-containing protein 1

B: SUN domain-containing protein 1

C: SUN domain-containing protein 1

D: SUN domain-containing protein 1

E: SUN domain-containing protein 1

F: SUN domain-containing protein 1

G: Nesprin-4

H: Nesprin-4

I: Nesprin-4

J: Nesprin-4

K: Nesprin-4

L: Nesprin-4

ヘテロ分子

156 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS, light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.370, 117.210, 138.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質	SUN domain-containing protein 1 / Protein unc-84 homolog A / Sad1/unc-84 protein-like 1 分子量: 22530.379 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUN1, KIAA0810, UNC84A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O94901
#2: タンパク質・ペプチド	Nesprin-4 / KASH domain-containing protein 4 / KASH4 / Nuclear envelope spectrin repeat protein 4 分子量: 3303.856 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SYNE4, C19orf46 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N205

-
非ポリマー , 4種, 102分子

#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION 分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.96 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.06M MgCl2; 0.06M CaCl2; 0.1M Imidazole pH 6.5; 0.1M MES (acid) pH 6.5 + 18% Ethylene glycol; 18% PEG 8K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→48.83 Å / Num. obs: 44728 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.095 / R_pim(I) all: 0.056 / R_rim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 15.4
反射シェル	解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 1.124 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4500 / R_pim(I) all: 0.741 / R_rim(I) all: 1.355 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6R15

6r15

解像度: 2.75→48.83 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 27.73

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2549	4269	5.04 %
R_work	0.219	-	-
obs	0.2208	44658	99.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→48.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10390	0	21	90	10501

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	10748
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.445	14613
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.358	3927
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	1574
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1898

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.75-2.7813	0.3979	128	0.3593	2408	X-RAY DIFFRACTION	90
2.7813-2.814	0.3539	134	0.3348	2553	X-RAY DIFFRACTION	95
2.814-2.8483	0.3415	139	0.3281	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8483-2.8844	0.3076	175	0.3189	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8844-2.9223	0.3417	113	0.3176	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9223-2.9623	0.3867	150	0.35	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9623-3.0047	0.3433	155	0.3277	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0047-3.0495	0.3905	140	0.3156	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0495-3.0971	0.3147	140	0.3092	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0971-3.1479	0.3137	138	0.2856	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1479-3.2022	0.3004	154	0.2739	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2022-3.2604	0.2755	126	0.2616	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2604-3.3231	0.2857	159	0.2627	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3231-3.3909	0.2769	117	0.262	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3909-3.4646	0.3096	164	0.2485	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4646-3.5452	0.3175	131	0.2422	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5452-3.6338	0.2687	123	0.2391	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6338-3.732	0.2601	107	0.2343	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
3.732-3.8418	0.255	185	0.2069	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8418-3.9658	0.2459	138	0.2082	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9658-4.1074	0.2347	128	0.1914	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1074-4.2718	0.2066	125	0.1826	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2718-4.4661	0.1942	161	0.1732	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4661-4.7014	0.1925	171	0.171	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7014-4.9957	0.1863	145	0.1585	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9957-5.3809	0.2083	173	0.1688	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3809-5.9216	0.2103	129	0.1865	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9216-6.7765	0.2739	168	0.1925	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7765-8.5303	0.2592	135	0.1924	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
8.5303-48.8378	0.2447	118	0.2074	2701	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6635	2.1676	-0.7772	7.0128	3.0611	3.9653	-0.0903	-0.3859	-0.3833	0.3242	0.0027	-0.2481	0.2961	0.1649	-0.0371	0.4415	0.108	-0.0464	0.3373	0.0291	0.6028	70.9345	31.8512	79.7612
2	0.8488	0.3001	-0.1622	7.0058	-1.3447	2.7009	0.1119	-0.1221	0.0916	0.0365	0.1639	-0.8834	-0.4263	0.6693	-0.2701	0.7431	-0.1291	0.0058	0.6948	-0.147	0.5906	86.1131	56.3475	75.5574
3	0.2314	0.6471	-0.6443	5.9929	1.0828	4.1727	-0.0708	-0.3512	-0.0484	-0.3203	0.129	-0.4365	-0.6526	0.2402	-0.0864	0.5038	-0.0481	0.0176	0.7244	0.009	0.5216	86.2225	43.7624	75.9254
4	2.5776	-0.0196	0.0928	1.6677	-0.5955	8.1477	0.0842	-0.2881	-0.5549	0.0341	0.0277	-0.3087	0.5816	1.134	-0.1374	0.3959	0.1702	-0.0281	0.5983	0.0039	0.6971	87.3796	34.1924	83.2628
5	5.389	-3.1369	-3.2653	3.8309	4.5807	7.3921	-0.1179	-1.2499	-0.0668	0.8545	0.1398	0.0528	0.8133	-0.1712	-0.0145	0.2496	0.2554	-0.3043	1.0024	0.2759	0.5735	86.9819	30.5174	94.7673
6	5.7868	3.6753	-1.1563	7.6012	-4.4264	2.9122	0.2576	-0.5144	-0.1606	-0.3441	-0.6592	-0.7059	0.3021	1.102	0.2523	0.4273	0.1295	0.0213	0.614	-0.0617	0.5432	87.03	36.5756	81.0379
7	8.9802	6.9266	-2.6632	6.3825	-3.4374	5.1157	-0.1506	0.3677	-0.5326	-0.4014	0.5253	0.3276	0.6667	0.1711	-0.3667	0.8349	0.0985	-0.1265	0.354	-0.0455	0.736	70.9248	22.4712	65.2801
8	8.1872	-3.0728	-0.556	7.234	0.4105	6.7898	0.1973	-0.2659	0.7629	-0.4107	-0.2055	-1.1709	-0.5068	0.3319	0.0089	0.5081	-0.0477	0.0918	0.5298	-0.0453	0.3439	78.7301	48.3575	60.4419
9	2.0269	-0.9333	-2.6943	4.1144	5.0769	7.4993	0.1638	0.2615	0.3184	-0.2494	0.2476	0.1781	-0.4049	-0.1834	-0.4949	0.6383	-0.0862	0.0569	0.38	-0.0235	0.5509	65.4006	63.5361	69.6327
10	8.7684	0.824	-3.4166	5.9591	2.1767	2.3882	0.2492	-0.3384	0.2778	-0.1777	-0.1853	-0.2919	-0.1186	0.4236	-0.0606	0.5933	-0	-0.056	0.3763	-0.0749	0.3641	65.2305	54.0731	61.2352
11	4.0014	-2.1939	1.3009	5.6915	4.3064	7.7482	-0.6765	-0.3715	0.9603	-0.4997	0.7647	-0.4886	-0.7444	0.7097	0.0519	0.6997	-0.1949	0.1656	0.4966	-0.0323	0.558	81.0282	54.1638	55.0708
12	3.1688	3.3228	-1.8203	4.1967	-0.8943	2.3344	-0.028	0.5214	-0.8113	-0.3467	0.1721	-0.0796	0.3384	-0.0686	-0.1766	0.7598	0.0204	-0.0975	0.4158	-0.0357	0.3549	69.2784	44.4683	55.5505
13	3.6141	0.751	-2.274	3.5223	-1.9683	2.7647	-0.2367	0.2568	-0.071	-0.6517	0.1749	-0.1119	-0.0443	-0.1299	-0.0051	0.8427	-0.0329	-0.0122	0.5592	0.0331	0.4221	69.4935	50.1376	49.5893
14	6.5437	3.4485	2.5419	2.9806	0.0641	4.1358	0.4614	1.7915	-0.2937	-1.4549	-0.251	-1.1434	0.6239	0.8759	-0.1402	1.1278	0.0145	0.2594	0.8825	0.0028	0.4506	81.8016	50.1929	45.614
15	8.2329	-2.2512	-2.4701	1.1397	0.9658	3.3095	0.025	0.9068	0.409	-0.4395	0.0137	-0.1013	-0.2576	-0.4922	-0.058	0.7461	-0.0741	-0.0639	0.453	0.0011	0.3824	67.8916	50.9297	54.4013
16	3.7206	-1.344	-0.262	3.8771	-0.1313	1.0142	-0.0796	0.2853	0.0395	-0.0641	0.1253	-0.2773	0.5917	0.1299	0.0736	0.6952	-0.022	-0.0808	0.4326	-0.039	0.3735	58.2015	38.9432	68.731
17	4.1698	1.1224	5.3188	0.3952	1.2434	7.0555	-0.5238	-1.251	1.2029	0.2164	0.3652	0.198	-1.0315	-0.201	0.3743	0.6159	0.0058	0.0667	0.5832	-0.1823	0.7975	62.7131	53.3525	94.9937
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精密化 TLSグループ

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43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'I' and (resid 390 through 394 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'I' and (resid 395 through 404 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'J' and (resid 378 through 392 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'J' and (resid 393 through 404 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'K' and (resid 382 through 391 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'K' and (resid 392 through 404 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'L' and (resid 382 through 386 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'L' and (resid 387 through 391 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'L' and (resid 392 through 396 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'L' and (resid 397 through 404 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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