PDB-6r2f: Crystal structure of TEX12 F102A F109E V116A in an alternative co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6r2f

タイトル

Crystal structure of TEX12 F102A F109E V116A in an alternative conformation

要素

Testis-expressed protein 12

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Synaptonemal complex / meiosis / recombination / coiled-coil / self-assembly / TEX12

機能・相同性

Testis-expressed sequence 12 protein / Testis-expressed 12 / meiotic DNA repair synthesis / central element / synaptonemal complex assembly / Meiotic synapsis / chromosome / Testis-expressed protein 12

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.29 Å

データ登録者

Dunce, J.M. / Davies, O.R.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Coiled-coil structure of meiosis protein TEX12 and conformational regulation by its C-terminal tip.
著者: Dunce, J.M. / Salmon, L.J. / Davies, O.R.

履歴

登録	2019年3月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年4月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年12月4日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6r2f.cif.gz	121.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6r2f.ent.gz	97 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6r2f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6r2f_validation.pdf.gz	468.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6r2f_full_validation.pdf.gz	472.7 KB	表示
XML形式データ	6r2f_validation.xml.gz	13.7 KB	表示
CIF形式データ	6r2f_validation.cif.gz	18.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/6r2f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/6r2f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6hk8C 6hk9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2q6q-d 2xu6-d 4cuf-d 4cue-d 4jzl-1 6hk8-d 4cud-d 4w7y-d 2vj3-d 2xdj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Testis-expressed protein 12

B: Testis-expressed protein 12

C: Testis-expressed protein 12

D: Testis-expressed protein 12

ヘテロ分子

37.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Testis-expressed protein 12

B: Testis-expressed protein 12

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS, light scattering
18.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Testis-expressed protein 12

D: Testis-expressed protein 12

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS, light scattering
18.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.860, 104.510, 127.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	24
Space group name H-M	I2₁2₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-117- ILE

#1: タンパク質	Testis-expressed protein 12 分子量: 8981.099 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEX12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BXU0
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 分子量: 118.174 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.69 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M lithum nitrate, 40 % MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.29→40.41 Å / Num. obs: 18314 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.134 / R_pim(I) all: 0.053 / R_rim(I) all: 0.144 / Net I/σ(I): 8.7
反射シェル	解像度: 2.29→2.37 Å / R_merge(I) obs: 1.419 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1770 / R_pim(I) all: 0.552 / R_rim(I) all: 1.525

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
AMPLE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Ab initio models

解像度: 2.29→40.41 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 31.02

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2621	1634	4.73 %
R_work	0.2378	-	-
obs	0.239	18283	99.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 1 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.29→40.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1983	0	90	145	2218

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2080
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.941	2798
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	24.533	800
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	326
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	350

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.29-2.3574	0.3711	164	0.3483	2694	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3574-2.4335	0.3283	145	0.3314	2734	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4335-2.5205	0.3014	145	0.284	2700	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5205-2.6214	0.3202	114	0.2968	2780	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6214-2.7406	0.2859	141	0.285	2750	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7406-2.8851	0.3001	120	0.2444	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8851-3.0658	0.2797	118	0.2344	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0658-3.3024	0.2416	111	0.2389	2772	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3024-3.6345	0.2357	162	0.2083	2723	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6345-4.16	0.2373	148	0.1977	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
4.16-5.2394	0.192	119	0.1821	2745	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2394-40.4209	0.2867	147	0.2553	2716	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.9328	6.8776	3.4173	8.9005	1.0544	4.5116	0.3244	-2.4911	-0.2854	0.2264	-1.0929	-1.6062	2.1123	0.8835	-0.0065	0.544	0.3753	-0.0334	1.1126	0.1313	0.4033	39.3652	74.6672	99.6915
2	1.1648	0.0617	2.0362	5.0663	6.3869	9.7323	-0.1137	0.1496	-0.374	-0.1015	0.8604	-0.4452	-0.2298	0.9019	-0.6471	0.4286	0.1156	0.1242	0.6221	-0.0143	0.5065	38.5633	64.4844	76.7732
3	1.7106	0.3402	-0.3788	5.6584	4.8225	5.278	-0.3006	-0.7561	0.3626	-0.4944	0.0588	0.7351	-1.7047	0.5507	0.2113	0.6773	0.319	-0.0395	0.7119	-0.0636	0.5568	35.5397	47.7181	48.5695
4	3.8908	2.5174	3.3234	6.8478	4.4226	3.744	-0.7057	1.1865	0.3604	-0.6292	0.3814	0.3052	-1.4481	-0.2717	0.313	0.6299	0.1876	0.0344	0.5857	-0.0136	0.3818	29.6255	34.8261	31.1485
5	7.9653	0.0399	2.7864	8.5375	4.9409	4.8756	-0.5737	0.6333	0.3389	-0.2232	0.4504	0.1277	0.0146	2.2917	0.0591	0.4476	0.131	0.0061	0.4707	0.0207	0.3626	39.2614	32.7795	37.6278
6	0.4106	-2.1351	-1.7063	7.317	5.8133	4.2807	0.0374	-0.0407	0.1522	0.4725	0.7353	-0.3753	0.3601	0.5277	-0.7912	0.572	0.2671	-0.0267	0.7354	-0.0864	0.5952	37.6871	47.8092	66.8516
7	4.4762	-3.0486	-0.0046	3.4556	2.0841	3.8504	-0.4415	0.4332	-1.8194	1.305	0.017	0.2334	1.8713	-0.9992	0.5441	0.6016	0.1462	0.083	0.6401	0.0033	0.4961	32.4298	61.196	88.1261
8	3.2341	-1.9399	-2.7602	7.8357	5.0019	3.928	-0.5385	0.1907	0.3295	0.8541	0.3443	-0.13	0.9131	0.4067	0.0147	0.4012	0.1733	0.0177	0.5498	0.0978	0.438	29.1943	71.2093	99.4214
9	8.4915	5.3406	8.189	6.1465	6.0082	8.2085	-0.7129	1.0999	1.067	-3.6227	-0.0329	-1.7668	-3.132	0.97	-0.2851	1.3252	0.2653	0.217	0.5721	-0.0565	0.6042	36.8623	75.6667	70.6355
10	1.9825	1.7434	-2.8076	1.5279	-2.0831	7.4404	0.1401	0.41	-0.0443	-0.0534	0.1883	0.0814	0.0273	-0.7786	-0.3666	0.3937	0.2025	0.0279	0.4372	-0.01	0.3269	26.2676	73.565	87.3986
11	6.5311	1.3174	-5.7617	1.5647	0.1086	6.6726	-0.1563	-1.9504	-0.5969	0.2455	-0.9461	-0.5658	0.2439	1.515	0.8772	0.4751	0.3203	-0.0375	0.7338	0.1511	0.4995	10.9344	70.4743	110.6405
12	6.198	2.721	-2.1489	7.6543	-5.5524	5.0485	1.4998	-1.0393	-0.4249	1.0017	-1.368	0.3657	-2.3177	0.9224	-0.1432	0.9093	0.1758	0.1872	0.7399	0.119	0.5827	-3.4203	66.5366	128.9489
13	7.8422	6.4721	-2.7513	5.5346	-3.1043	6.037	-0.5283	-3.2498	0.2867	1.526	-0.5572	0.7726	0.3296	-1.0169	1.1747	0.9731	0.338	0.1249	1.0323	-0.2083	0.4518	-6.2707	75.9118	122.0405
14	2.1538	1.208	-3.36	1.5262	-0.8163	6.3494	-0.1589	0.1543	-0.0266	0.3373	-0.0552	0.0254	-0.1148	-0.0693	0.2412	0.415	0.2376	-0.0165	0.5998	0.0242	0.36	4.8775	73.1145	104.2263
15	9.5299	-0.0192	-6.5335	1.9458	-0.4736	4.5312	0.2872	1.3479	-0.4525	-0.1923	-0.1827	-0.0349	-0.3578	-1.2877	0.0575	0.4059	0.185	-0.033	0.6382	-0.0706	0.3769	19.4122	70.4331	81.5417
16	9.5902	-1.5325	-5.8442	6.7355	3.2522	2.0561	0.1678	0.4666	-0.1925	-0.9318	-0.5938	1.0375	-2.0007	-1.7786	0.2502	0.8627	0.0366	0.0657	0.5866	-0.0799	0.4276	33.9403	66.3584	63.9686

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 54:58)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 59:87)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 88:103)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 104:117)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 54:70)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 71:96)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 97:105)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 106:117)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 58:65)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain C and resid 66:84)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 85:103)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain C and resid 104:115)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain D and resid 58:66)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain D and resid 67:85)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain D and resid 86:103)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 104:116)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)