PDB-6r28: Structure of peptide P7, which binds Cdc42 and inhibits effector ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6r28

タイトル

Structure of peptide P7, which binds Cdc42 and inhibits effector interactions.

要素

peptide P7

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Inhibitor / cyclic peptide / synthetic peptide.

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Murphy, N.P. / Mott, H.R. / Owen, D.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: The discovery and maturation of peptide biologics targeting the small G-protein Cdc42: A bioblockade for Ras-driven signaling.
著者: Tetley, G.J.N. / Murphy, N.P. / Bonetto, S. / Ivanova-Berndt, G. / Revell, J. / Mott, H.R. / Cooley, R.N. / Owen, D.

履歴

登録	2019年3月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2020年3月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 2.1	2024年3月6日	Group: Structure summary / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6r28.cif.gz	164.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6r28.ent.gz	114.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6r28.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6r28_validation.pdf.gz	434.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6r28_full_validation.pdf.gz	818.9 KB	表示
XML形式データ	6r28_validation.xml.gz	28.9 KB	表示
CIF形式データ	6r28_validation.cif.gz	40.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/6r28 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/6r28	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6xti-d 1ter-d 5gvo-d 5ug5-d 1sx1-d 1yz2-d 1mvi-d 1cnn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)
その他のデータベース	BMRB: 34380Structure of peptide P7, which binds Cdc42 and inhibits effector interactions.

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: peptide P7

2.07 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	35 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	peptide P7 分子量: 2070.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	TOCSY
1	2	1	isotropic	1	COSY
1	3	1	isotropic	1	NOESY

-
試料調製

詳細	タイプ: solution / 内容: 5 mg/mL peptide, 90% H2O/10% D2O / 詳細: 50mM sodium phosphate pH 7.0 / Label: unlabelled sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 5 mg/mL / 構成要素: peptide / Isotopic labeling: none
試料状態	イオン強度: 50 mM / Label: 1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CcpNmr Analysis	2	CCPN	chemical shift assignment
ARIA	1.2	Linge, O'Donoghue and Nilges	structure calculation
CNS		Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	structure calculation
CNS		Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 35

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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