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- PDB-6r27: Crystallographic superstructure of the photosensory core module (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r27
タイトルCrystallographic superstructure of the photosensory core module (PAS-GAF-PHY) of the bacterial phytochrome Agp1 (AtBphP1) locked in a Pr-like state
要素Bacteriophytochrome protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / photoreceptor / bilin protein / locked chromophore / crystallographic superstructure
機能・相同性
機能・相同性情報


red or far-red light photoreceptor activity / red, far-red light phototransduction / protein histidine kinase activity / osmosensory signaling via phosphorelay pathway / detection of visible light / phosphorelay response regulator activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / protein kinase activator activity / regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain ...: / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JQ2 / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium fabrum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Scheerer, P. / Michael, N. / Lamparter, T. / Krauss, N.
資金援助 ドイツ, 6件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB498-B2 ドイツ
German Research FoundationSFB1078-B6 ドイツ
German Research FoundationLA 799/18-1 ドイツ
German Research FoundationKR 2034/1-1 ドイツ
German Research FoundationDFG under Germanys Excellence Strategy - UniSysCat - 390540038 ドイツ
German Research FoundationDFG Cluster of Excellence - UniCat ドイツ
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures of the photosensory core module of bacteriophytochrome Agp1 reveal pronounced structural flexibility of this protein in the red-absorbing Pr state
著者: Scheerer, P. / Schmidt, A. / Nagano, S. / Qureshi, B. / Szczepek, M. / Sauthof, L. / Michael, N. / Inomata, K. / Lamparter, T. / Krauss, N.
#1: ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of the N-terminal photosensory module of phytochrome Agp1, a biliverdin-binding photoreceptor from Agrobacterium tumefaciens.
著者: Scheerer, P. / Michael, N. / Park, J.H. / Noack, S. / Foerster, C. / Hammam, M.A. / Inomata, K. / Choe, H.W. / Lamparter, T. / Krauss, N.
#2: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2016
タイトル: The Crystal Structures of the N-terminal Photosensory Core Module of Agrobacterium Phytochrome Agp1 as Parallel and Anti-parallel Dimers.
著者: Nagano, S. / Scheerer, P. / Zubow, K. / Michael, N. / Inomata, K. / Lamparter, T. / Krauss, N.
履歴
登録2019年3月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Bacteriophytochrome protein
B: Bacteriophytochrome protein
C: Bacteriophytochrome protein
D: Bacteriophytochrome protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,2478
ポリマ－225,8524
非ポリマー2,3954
水00
1
A: Bacteriophytochrome protein
B: Bacteriophytochrome protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,1234
ポリマ－112,9262
非ポリマー1,1972
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3080 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area39810 Å2
手法PISA
2
C: Bacteriophytochrome protein
D: Bacteriophytochrome protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,1234
ポリマ－112,9262
非ポリマー1,1972
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3110 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area41130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)240.218, 240.218, 160.515
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11CYSCYSLEULEUAA20 - 49920 - 499
21CYSCYSLEULEUBB20 - 49920 - 499
12SERSERVALVALAA19 - 49819 - 498
22SERSERVALVALCC19 - 49819 - 498
13CYSCYSLEULEUAA20 - 49920 - 499
23CYSCYSLEULEUDD20 - 49920 - 499
14CYSCYSLEULEUBB20 - 49920 - 499
24CYSCYSLEULEUCC20 - 49920 - 499
15CYSCYSLEULEUBB20 - 49920 - 499
25CYSCYSLEULEUDD20 - 49920 - 499
16CYSCYSGLUGLUCC20 - 50320 - 503
26CYSCYSGLUGLUDD20 - 50320 - 503

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Bacteriophytochrome protein


分子量: 56463.027 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium fabrum (strain C58 / ATCC 33970) (バクテリア)
株: C58 / ATCC 33970 / 遺伝子: Atu1990 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Xl1blue / 参照: UniProt: Q7CY45
#2: 化合物
ChemComp-JQ2 / 3-[2-[(~{Z})-[12-ethyl-6-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-13-methyl-11-oxidanylidene-4,10-diazatricyclo[8.3.0.0^{3,7}]trideca-1,3,6,12-tetraen-5-ylidene]methyl]-5-[(~{Z})-(3-ethyl-4-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-4-methyl-1~{H}-pyrrol-3-yl]propanoic acid


分子量: 598.689 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H38N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.65 % / 解説: tetragonal prism
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 20-23% PEG 3350, 50 mM NaCl and 100 mM Tris/Cl, in 20% Sucrose as cryoprotectant

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→47.89 Å / Num. obs: 32444 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 68.9 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.079 / Rrim(I) all: 0.128 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 3.4→3.58 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.438 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 4659 / CC1/2: 0.87 / Rpim(I) all: 0.341 / Rrim(I) all: 0.557 / Χ2: 0.94 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSNov 1, 2016データ削減
Aimless0.7.2データスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
Coot0.8.9.1モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HSQ

5hsq


解像度: 3.4→47.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.866 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.859 / SU B: 86.901 / SU ML: 0.613 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.717 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29701 1578 5 %RANDOM
Rwork0.25497 ---
obs0.25713 29735 96.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 79.097 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.65 Å20 Å2-0 Å2
2---0.65 Å20 Å2
3---1.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→47.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13946 0 176 0 14122
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01314439
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01713158
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4431.64719685
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1041.5830276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.95151863
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.53621.642676
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.801152019
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9041596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0450.21877
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0216537
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023067
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2434.2557491
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2434.2557490
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2216.3759341
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2216.3759342
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9924.3486948
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.9924.3496949
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.7876.50210345
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.78349.86315687
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.78249.86815688
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A138280.07
12B138280.07
21A138240.08
22C138240.08
31A131980.07
32D131980.07
41B132270.09
42C132270.09
51B130520.08
52D130520.08
61C129820.08
62D129820.08
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 127 -
Rwork0.33 2208 -
obs--98.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.37842.30170.82013.0702-0.52125.7348-0.29730.20950.3105-0.28610.04140.1708-0.29370.23680.2560.55120.0791-0.03490.2021-0.04230.193646.452820.128982.1156
21.87150.13420.68662.1341-0.85811.92930.004-0.21760.29350.1446-0.15360.03040.0508-0.11770.14960.7224-0.00440.11440.3899-0.13480.11443.59996.6987100.1665
33.2539-0.6917-0.45044.25440.46680.559-0.0407-0.2256-0.2955-0.183-0.098-0.29270.051-0.22830.13870.5880.0380.13640.470.05650.126842.5355-29.7649106.4847
45.9651-4.2861-0.13277.5759-1.09713.7194-0.1269-0.05360.73210.885-0.1585-0.499-0.60150.22670.28540.648-0.3537-0.18920.28050.02790.240679.412619.2594117.3789
52.01770.45010.39662.84091.40322.0188-0.06790.11020.03480.2792-0.2692-0.1273-0.17380.23460.33710.623-0.2828-0.14860.48450.2040.141479.38855.712499.6874
64.64020.2968-0.88715.2696-1.1710.5525-0.13030.47-0.30580.4497-0.00710.18590.05550.09910.13740.559-0.03930.17340.549-0.06610.147579.0322-30.207594.7436
74.15672.15151.08314.01621.54975.668-0.1020.2555-0.44440.0134-0.1526-0.14380.4015-0.02010.25460.51270.05520.02150.25260.01460.123873.6594-20.0947123.1004
81.3178-0.502-0.73843.18230.82621.628-0.0169-0.0852-0.03160.5827-0.18610.0057-0.1890.25270.20310.6697-0.1426-0.14480.30550.04990.050575.4941-5.8672141.0552
94.018-2.0071-0.22172.97060.96110.6759-0.4282-0.22790.1645-0.22040.19090.5269-0.07890.19820.23730.87250.0716-0.38240.4051-0.08860.290270.404931.6283152.424
103.3515-2.35991.36434.01871.4284.58-0.2989-0.1955-0.01080.1607-0.02860.03791.0006-0.63760.32740.8964-0.36960.21480.4488-0.04260.06538.5141-18.1221156.9861
111.16040.7862-1.50613.22-0.36343.2299-0.38380.1166-0.0452-0.56310.2289-0.26270.3465-0.74740.15490.7449-0.35820.00630.6812-0.1170.051539.9831-4.4059139.3382
123.30431.66690.59113.4126-0.0670.9987-0.23660.5690.17380.49720.2771-0.7010.1244-0.2817-0.04050.8243-0.065-0.40850.40960.08970.330148.731533.4437129.2636
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A18 - 123
2X-RAY DIFFRACTION2A124 - 308
3X-RAY DIFFRACTION3A309 - 499
4X-RAY DIFFRACTION4B20 - 123
5X-RAY DIFFRACTION5B124 - 308
6X-RAY DIFFRACTION6B309 - 499
7X-RAY DIFFRACTION7C19 - 123
8X-RAY DIFFRACTION8C124 - 308
9X-RAY DIFFRACTION9C309 - 503
10X-RAY DIFFRACTION10D20 - 123
11X-RAY DIFFRACTION11D124 - 308
12X-RAY DIFFRACTION12D309 - 503

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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