PDB-6r1o: Crystal structure of E. coli seryl-tRNA synthetase complexed to a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6r1o

タイトル

Crystal structure of E. coli seryl-tRNA synthetase complexed to a seryl sulfamoyl adenosine derivative

要素

Serine--tRNA ligase

キーワード

LIGASE / aminoacyl-tRNA synthetase / class II / protein synthesis / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

: / selenocysteine biosynthetic process / seryl-tRNA aminoacylation / serine-tRNA ligase / serine-tRNA ligase activity / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Salimraj, R. / Cain, R. / Roper, D.I.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structure-Guided Enhancement of Selectivity of Chemical Probe Inhibitors Targeting Bacterial Seryl-tRNA Synthetase.
著者: Cain, R. / Salimraj, R. / Punekar, A.S. / Bellini, D. / Fishwick, C.W.G. / Czaplewski, L. / Scott, D.J. / Harris, G. / Dowson, C.G. / Lloyd, A.J. / Roper, D.I.

履歴

登録	2019年3月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月10日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6r1o.cif.gz	189.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6r1o.ent.gz	149.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6r1o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6r1o_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6r1o_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	6r1o_validation.xml.gz	19 KB	表示
CIF形式データ	6r1o_validation.cif.gz	27 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/6r1o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/6r1o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6r1mC 6r1nC 2dq3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6r1m-d 3qo5-1 3qne-1 1sry-d 3qo8-1 2dq3-d 1ses-d 1set-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (13)

登録構造単位

A: Serine--tRNA ligase

ヘテロ分子

51.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Serine--tRNA ligase

ヘテロ分子

A: Serine--tRNA ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
104 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.410, 85.410, 317.716
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Serine--tRNA ligase / Seryl-tRNA synthetase / SerRS / Seryl-tRNA(Ser/Sec) synthetase 分子量: 49257.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: serS, ECVG_02257 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1X3JK72, UniProt: P0A8L1*PLUS, serine-tRNA ligase

-
非ポリマー , 7種, 149分子

#2: 化合物	ChemComp-JPE / [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-azanyl-2-pyridin-3-yl-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl ~{N}-[(2~{S})-2-azanyl-3-oxidanyl-propanoyl]sulfamate 分子量: 510.481 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₂N₈O₈S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.78 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M sodium citrate pH 5.5 0.8 M lithium sulfate 0.05 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.596→158.858 Å / Num. obs: 22345 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 28.5 % / B_iso Wilson estimate: 69.36 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.4
反射シェル	解像度: 2.596→2.641 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XDS		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2DQ3

2dq3

解像度: 2.6→27.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU R Cruickshank DPI: 0.318 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.36 / SU R_free Blow DPI: 0.23 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.224

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.215	1075	4.84 %	RANDOM
R_work	0.182	-	-	-
obs	0.184	22215	100 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.41 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-11.7789 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-11.7789 Å²	0 Å²
3-	-	-	23.5579 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.29 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.6→27.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3251	0	143	131	3525

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	3507	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.09	4750	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1232	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		662	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		3507	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.38
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	17.69
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		447	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies		6	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		4165	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.62 Å / Total num. of bins used: 50

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2527	-	4.94 %
R_work	0.2182	423	-
all	0.22	445	-
obs	-	-	97.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.2346	-1.9136	0.5925	5.7764	0.8626	1.2535	-0.1133	0.4257	0.485	0.0991	-0.0688	0.2034	-0.4357	-0.3338	0.1821	0.1174	0.2451	-0.051	-0.1432	0.0853	-0.1005	-9.4498	34.6929	-6.8173
2	3.8922	-2.5682	2.2599	3.2477	1.9066	0.5858	0.2305	-0.2217	-0.1199	0.4897	-0.3596	-0.133	-0.0012	-0.0001	0.1292	0.0853	0.0175	-0.0346	-0.2858	0.1555	-0.0636	-28.9582	38.3542	14.765
3	2.4688	-0.7454	1.5428	2.258	1.8874	0	0.2665	-0.2102	-0.4079	0.4176	-0.3835	0.0379	0.6777	-0.1423	0.117	0.1378	-0.0187	0.0538	-0.1916	0.1851	-0.0496	-29.8446	30.9308	15.107
4	0.3832	-0.2193	-0.2246	1.3931	0.137	1.7491	-0.0732	0.21	0.029	-0.2717	0.036	0.1379	-0.2237	0.0937	0.0371	-0.086	-0.0397	-0.0485	0.0256	0.028	-0.0349	8.2701	8.2868	-11.1671
5	1.1313	0.3787	-0.0758	2.6049	0.1304	2.1873	-0.0409	-0.0997	0.0444	0.0038	0.0034	0.3831	-0.2833	-0.1673	0.0375	-0.1647	0.0237	-0.0125	-0.0215	0.0312	0.0196	-0.1814	10.3751	1.4583
6	0.9628	-0.4333	-0.4846	1.9747	0.4528	2.0355	0.0538	0.1361	0.1448	-0.1613	-0.0358	0.0437	-0.558	0.0534	-0.018	-0.0078	-0.0518	-0.0383	-0.0554	0.0272	-0.0919	9.1043	19.6357	-7.5734
7	0.8276	-0.7731	-0.168	4.909	1.7653	1.9132	-0.0774	0.1884	-0.2499	-0.3538	0.0759	-0.5985	0.3921	0.4093	0.0015	-0.1429	-0.0093	0.0618	0.2188	-0.0286	-0.0796	25.6537	-2.0136	-15.6106

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|1 - 26}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|27 - 64}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|65 - 102}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|103 - 216}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|217 - 285}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|286 - 405}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{A\|406 - 431}

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