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- PDB-6r17: Crystal structure of the SYCE2-TEX12 delta-Ctip 2:2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r17
タイトルCrystal structure of the SYCE2-TEX12 delta-Ctip 2:2 complex
要素
  • Synaptonemal complex central element protein 2
  • Testis-expressed protein 12
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Synaptonemal complex meiosis recombination coiled-coil self-assembly SYCE2 TEX12 STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


meiotic DNA repair synthesis / central element / synaptonemal complex assembly / Meiotic synapsis / chromosome / cell division / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Synaptonemal complex central element protein 2 / Testis-expressed sequence 12 protein / Testis-expressed 12
類似検索 - ドメイン・相同性
Synaptonemal complex central element protein 2 / Testis-expressed protein 12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.424 Å
データ登録者Dunce, J.M. / Salmon, L.J. / Davies, O.R.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust104158/Z/14/Z 英国
Royal SocietyRG170118 英国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Structural basis of meiotic chromosome synaptic elongation through hierarchical fibrous assembly of SYCE2-TEX12.
著者: Dunce, J.M. / Salmon, L.J. / Davies, O.R.
履歴
登録2019年3月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月15日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_refine_tls_group
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Synaptonemal complex central element protein 2
B: Synaptonemal complex central element protein 2
C: Testis-expressed protein 12
D: Testis-expressed protein 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2564
ポリマ－42,2564
非ポリマー00
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12030 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area18450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.520, 24.190, 88.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.74, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Synaptonemal complex central element protein 2 / Central element synaptonemal complex protein 1


分子量: 13180.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SYCE2, CESC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6PIF2
#2: タンパク質 Testis-expressed protein 12


分子量: 7947.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEX12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BXU0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 35 % MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→79.74 Å / Num. obs: 8501 / % possible obs: 63.2 % / 冗長度: 3.4 % / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.42→2.74 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 424 / Rpim(I) all: 0.914 / Rrim(I) all: 1.293

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3126: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
Arcimboldo位相決定
SHELXEモデル構築
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 18 amino-acid ideal helices

解像度: 2.424→79.739 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 46.33
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3296 871 10.27 %
Rwork0.2871 --
obs0.2915 8481 62.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.424→79.739 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2518 0 0 10 2528
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052550
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7883415
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8491612
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04393
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004438
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4176-2.5690.477380.46698X-RAY DIFFRACTION5
2.569-2.76740.3693410.3903351X-RAY DIFFRACTION18
2.7674-3.04590.41551300.36021045X-RAY DIFFRACTION52
3.0459-3.48670.36432250.33242003X-RAY DIFFRACTION100
3.4867-4.39280.31632230.25852036X-RAY DIFFRACTION99
4.3928-79.78190.31052440.27622077X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.9354 Å / Origin y: -4.9562 Å / Origin z: 19.656 Å
111213212223313233
T0.4999 Å2-0.0061 Å20.0052 Å2-0.4059 Å2-0.0283 Å2--0.383 Å2
L8.086 °21.9102 °2-2.7492 °2-0.5588 °2-0.6825 °2--1.6669 °2
S0.1958 Å °-0.467 Å °0.1412 Å °0.1022 Å °-0.1194 Å °0.0846 Å °0.0347 Å °-0.1389 Å °-0.0309 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A58 - 150
2X-RAY DIFFRACTION1B57 - 150
3X-RAY DIFFRACTION1C49 - 111
4X-RAY DIFFRACTION1D50 - 105

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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