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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6r0a | ||||||
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タイトル | T. cruzi FPPS in complex with 3-((4-(benzo[d]thiazol-2-yl)piperazin-1-yl)methyl)-1H-indol-5-ol | ||||||
![]() | Farnesyl diphosphate synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / farnesyl diphosphate synthase / sterol biosynthesis / farnesyl pyrophosphate / homodimer | ||||||
機能・相同性 | ![]() farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / geranyltranstransferase activity / membrane / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Petrick, J.K. / Muenzker, L. / Schleberger, C. / Jahnke, W. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Targeting farnesyl pyrophosphate synthase of Trypanosoma cruzi by fragment-based lead discovery 著者: Petrick, J.K. / Jahnke, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 167.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 129.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 947.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 953.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 41359.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Termini not resolved 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 369分子 ![](data/chem/img/JMT.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ACT / | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.42 % / Mosaicity: 0.04 ° |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 80 mM MES: 4 mM ZnSO4: 12.36 % PEG MME 550: 11.57 % glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00003 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.318→65.982 Å / Num. obs: 95142 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 18.7 % / Biso Wilson estimate: 22.15 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.077 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 16.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.318→1.34 Å / 冗長度: 19 % / Rmerge(I) obs: 4.58 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 4654 / CC1/2: 0.337 / Rpim(I) all: 1.056 / Rrim(I) all: 4.703 / Rsym value: 4.58 / % possible all: 99.6 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | ||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_TRA
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4DWG 解像度: 1.32→65.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU R Cruickshank DPI: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.057 / SU Rfree Blow DPI: 0.056 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.053
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原子変位パラメータ | Biso max: 102.71 Å2 / Biso mean: 28.56 Å2 / Biso min: 13.87 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.19 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.32→65.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.32→1.33 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -8.9491 Å / Origin y: -17.4975 Å / Origin z: -20.0527 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: { A|* } |