PDB-6r02: Psychrobacter arcticus ATP phosphoribosyltransferase bound to his...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6r02

タイトル

Psychrobacter arcticus ATP phosphoribosyltransferase bound to histidine and PRPP

要素

ATP phosphoribosyltransferase
ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit

キーワード

TRANSFERASE / ATPPRT / histidine / phosphoribosyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

ATP phosphoribosyltransferase / ATP phosphoribosyltransferase activity / histidine-tRNA ligase activity / histidyl-tRNA aminoacylation / L-histidine biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Psychrobacter arcticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Alphey, M.S. / da Silva, R.G. / Thomson, C.M.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Mapping the Structural Path for Allosteric Inhibition of a Short-Form ATP Phosphoribosyltransferase by Histidine.
著者: Thomson, C.M. / Alphey, M.S. / Fisher, G. / da Silva, R.G.

履歴

登録	2019年3月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6r02.cif.gz	893.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6r02.ent.gz	746.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6r02.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/6r02 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/6r02	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6fttS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6fua-1 6ftt-d 6fu2-1 5m8h-d 6jpl-d 6e2q-d 6jp6-d 3gut-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1) #151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit

B: ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit

C: ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit

D: ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit

E: ATP phosphoribosyltransferase

F: ATP phosphoribosyltransferase

G: ATP phosphoribosyltransferase

H: ATP phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

276 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.253, 147.310, 99.327
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.110, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	VAL	VAL	A	A	0 - 387	1 - 388
2	1	GLY	GLY	VAL	VAL	B	B	0 - 387	1 - 388
1	2	GLY	GLY	VAL	VAL	A	A	0 - 387	1 - 388
2	2	GLY	GLY	VAL	VAL	C	C	0 - 387	1 - 388
1	3	GLY	GLY	VAL	VAL	A	A	0 - 387	1 - 388
2	3	GLY	GLY	VAL	VAL	D	D	0 - 387	1 - 388
1	4	GLY	GLY	VAL	VAL	B	B	0 - 387	1 - 388
2	4	GLY	GLY	VAL	VAL	C	C	0 - 387	1 - 388
1	5	GLY	GLY	VAL	VAL	B	B	0 - 387	1 - 388
2	5	GLY	GLY	VAL	VAL	D	D	0 - 387	1 - 388
1	6	GLY	GLY	VAL	VAL	C	C	0 - 387	1 - 388
2	6	GLY	GLY	VAL	VAL	D	D	0 - 387	1 - 388
1	7	LEU	LEU	PHE	PHE	E	E	22 - 223	23 - 224
2	7	LEU	LEU	PHE	PHE	F	F	22 - 223	23 - 224
1	8	LEU	LEU	ILE	ILE	E	E	22 - 227	23 - 228
2	8	LEU	LEU	ILE	ILE	G	G	22 - 227	23 - 228
1	9	LEU	LEU	SER	SER	E	E	22 - 226	23 - 227
2	9	LEU	LEU	SER	SER	H	H	22 - 226	23 - 227
1	10	PHE	PHE	LYS	LYS	F	F	21 - 224	22 - 225
2	10	PHE	PHE	LYS	LYS	G	G	21 - 224	22 - 225
1	11	PHE	PHE	PHE	PHE	F	F	21 - 223	22 - 224
2	11	PHE	PHE	PHE	PHE	H	H	21 - 223	22 - 224
1	12	PHE	PHE	ASN	ASN	G	G	21 - 228	22 - 229
2	12	PHE	PHE	ASN	ASN	H	H	21 - 228	22 - 229

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

#1: タンパク質

ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit

分子量: 43129.039 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Loops missing in model due to flexibility
由来: (組換発現)

Psychrobacter arcticus (バクテリア)
遺伝子: hisZ, Psyc_0676 / プラスミド: pJexpress414 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4FTX3

#2: タンパク質

ATP phosphoribosyltransferase / ATP-PRTase

分子量: 25240.965 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Loops missing from model due to flexibility
由来: (組換発現)

Psychrobacter arcticus (バクテリア)
遺伝子: hisG, Psyc_1903 / プラスミド: pJexpress431 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4FQF7, ATP phosphoribosyltransferase

#3: 化合物

ChemComp-HIS / HISTIDINE / ヒスチジン-N^α,3-ジカチオン

タイプ: L-peptide linking / 分子量: 156.162 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₀N₃O₂

#4: 糖

ChemComp-PRP / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose / ALPHA-PHOSPHORIBOSYLPYROPHOSPHORIC ACID / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribose / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-D-ribose / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-ribose / PRPP

タイプ: D-saccharide / 分子量: 390.070 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₅H₁₃O₁₄P₃

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.39 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 8mg mL-1 protein (in 20mM Tris pH7, 50mM KCl, 10mM MgCl2, 2mM DTT, 0.5mM histidine) mixed in 1:1 ratio with precipitant solution (11% PEG3350, 100mM bicine pH8.5, 150mM SrCl2, 150mM KBr, 2% 1,6-hexanediol)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9686 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.65→77.31 Å / Num. obs: 75715 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.072 / R_pim(I) all: 0.047 / R_rim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 6.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
2.65-2.7	3.4	1.247	4488	0.456	0.794	1.482	99.8
13.25-77.31	2.9	0.03	610	0.996	0.021	0.037	95.4

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R rigid body: 0.457

	最高解像度	最低解像度
Rotation	77.31 Å	3.09 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	refmac_5.8.0238	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.7.3	データスケーリング
MOLREP		位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6FTT

6ftt

解像度: 2.65→77.31 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / Matrix type: sparse / SU B: 42.149 / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0 / ESU R Free: 0.365
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2701	3726	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2359	-	-	-
obs	0.2376	71962	99.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 175.02 Å² / B_iso mean: 75.679 Å² / B_iso min: 34.24 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.09 Å²	0 Å²	1.24 Å²
2-	-	-0.84 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.65→77.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17863	0	88	54	18005
B_iso mean	-	-	136.58	60.16	-
残基数	-	-	-	-	2330

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	18308
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	17161
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.286	1.638	24878
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.114	1.573	39655
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.649	5	2313
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.689	22.468	932
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.104	15	3052
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.982	15	118
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.043	0.2	2437
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	20489
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3673

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	11254	0.08
1	2	B	11254	0.08
2	1	A	11206	0.08
2	2	C	11206	0.08
3	1	A	11338	0.07
3	2	D	11338	0.07
4	1	B	11466	0.07
4	2	C	11466	0.07
5	1	B	11195	0.08
5	2	D	11195	0.08
6	1	C	11227	0.08
6	2	D	11227	0.08
7	1	E	5404	0.08
7	2	F	5404	0.08
8	1	E	5772	0.07
8	2	G	5772	0.07
9	1	E	5655	0.07
9	2	H	5655	0.07
10	1	F	5594	0.07
10	2	G	5594	0.07
11	1	F	5509	0.06
11	2	H	5509	0.06
12	1	G	5796	0.07
12	2	H	5796	0.07

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.65-2.719	0.386	249	0.388	5316	X-RAY DIFFRACTION	99.856
2.719-2.793	0.344	258	0.358	5200	X-RAY DIFFRACTION	99.927
2.793-2.874	0.356	266	0.328	4986	X-RAY DIFFRACTION	99.905
2.874-2.962	0.354	253	0.31	4903	X-RAY DIFFRACTION	99.884
2.962-3.06	0.312	217	0.292	4779	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.06-3.167	0.33	232	0.282	4584	X-RAY DIFFRACTION	99.855
3.167-3.286	0.312	222	0.261	4428	X-RAY DIFFRACTION	99.936
3.286-3.42	0.28	254	0.243	4235	X-RAY DIFFRACTION	99.978
3.42-3.572	0.258	206	0.226	4072	X-RAY DIFFRACTION	99.883
3.572-3.746	0.26	220	0.212	3890	X-RAY DIFFRACTION	99.976
3.746-3.949	0.256	175	0.219	3742	X-RAY DIFFRACTION	99.923
3.949-4.188	0.242	188	0.195	3506	X-RAY DIFFRACTION	99.838
4.188-4.476	0.208	181	0.182	3309	X-RAY DIFFRACTION	99.886
4.476-4.834	0.227	178	0.18	3051	X-RAY DIFFRACTION	100
4.834-5.294	0.221	167	0.185	2833	X-RAY DIFFRACTION	100
5.294-5.917	0.27	134	0.216	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
5.917-6.828	0.283	104	0.231	2295	X-RAY DIFFRACTION	100
6.828-8.352	0.279	107	0.215	1923	X-RAY DIFFRACTION	99.803
8.352-11.768	0.249	73	0.221	1507	X-RAY DIFFRACTION	99.496

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.751	-0.0968	0.6344	1.6441	-0.373	0.9353	-0.1124	0.1718	0.4728	-0.1416	0.0299	0.0384	-0.1657	-0.0605	0.0826	0.1582	-0.0458	0.0439	0.119	0.1082	0.3309	12.752	11.065	7.042
2	1.582	-0.0817	0.4004	1.4251	-0.3515	1.149	0.0831	-0.2101	-0.1543	0.1196	-0.0653	-0.1742	0.1334	-0.0774	-0.0178	0.0915	-0.0391	0.0404	0.0538	0.0515	0.2163	22.431	-11.741	21.267
3	1.8199	0.1383	0.357	1.2687	0.0644	1.382	0.0597	0.191	-0.0685	-0.1931	-0.1007	0.1468	0.2283	0.0561	0.041	0.111	0.0324	0.0503	0.0366	-0.0311	0.2013	-33.599	-11.61	27.214
4	1.6846	-0.1163	0.5701	1.449	0.1481	1.4071	-0.1142	-0.3137	0.5805	0.1834	0.0115	-0.1006	-0.2457	0.1629	0.1027	0.1492	0.0011	0.0463	0.1597	-0.151	0.4168	-24.207	9.782	43.237
5	3.7549	-0.9024	-1.9749	1.8415	0.9475	2.873	-0.038	-0.6137	0.395	0.2256	0.02	-0.1807	-0.0919	0.3312	0.0179	0.2948	-0.1273	-0.0536	0.5266	-0.1617	0.483	9.377	12.501	58.581
6	5.3147	-0.7095	-1.5659	1.0084	0.6672	1.6187	-0.1353	-0.9013	-0.3919	0.2648	0.0449	0.037	0.2837	0.1229	0.0903	0.3821	0.0033	0.0841	0.6288	0.148	0.3191	13.549	-13.301	57.032
7	2.9454	0.6897	-1.7063	1.8356	-0.9285	2.281	0.0012	0.1938	0.2432	-0.2076	0.0371	0.1478	-0.0537	-0.1799	-0.0382	0.3032	0.0475	-0.0438	0.2417	0.1204	0.4439	-20.144	15.201	-8.801
8	5.9252	0.2633	-0.6949	1.3653	-0.0834	2.0859	-0.1728	0.5344	-0.2854	-0.2223	0.0541	-0.0379	0.2781	-0.181	0.1187	0.4026	-0.042	0.0591	0.3081	0.0132	0.2063	-24.924	-10.687	-8.433

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 401
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 401
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	0 - 401
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	0 - 401
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	21 - 227
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	21 - 226
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	21 - 228
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	21 - 228

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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