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万見
- PDB-6qzr: 14-3-3 sigma in complex with FOXO1 pT24 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qzr
タイトル14-3-3 sigma in complex with FOXO1 pT24 peptide
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • Forkhead box protein O1
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / protein binding / 14-3-3 / FOXO1
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to hyperoxia / regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / AKT-mediated inactivation of FOXO1A / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / AKT phosphorylates targets in the nucleus / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / regulation of neural precursor cell proliferation / neuronal stem cell population maintenance / response to fatty acid / negative regulation of stress-activated MAPK cascade ...cellular response to hyperoxia / regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / AKT-mediated inactivation of FOXO1A / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / AKT phosphorylates targets in the nucleus / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / regulation of neural precursor cell proliferation / neuronal stem cell population maintenance / response to fatty acid / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / regulation of reactive oxygen species metabolic process / cellular response to cold / FOXO-mediated transcription of cell death genes / temperature homeostasis / protein acetylation / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / negative regulation of fat cell differentiation / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / blood vessel development / keratinization / fat cell differentiation / intracellular glucose homeostasis / regulation of cell-cell adhesion / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / Regulation of gene expression in beta cells / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / negative regulation of keratinocyte proliferation / Activation of BAD and translocation to mitochondria / cellular response to nitric oxide / establishment of skin barrier / negative regulation of protein localization to plasma membrane / canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of insulin secretion / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / positive regulation of autophagy / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / positive regulation of protein localization / RHO GTPases activate PKNs / energy homeostasis / positive regulation of gluconeogenesis / negative regulation of innate immune response / protein sequestering activity / protein kinase A signaling / protein export from nucleus / cellular response to starvation / positive regulation of cell adhesion / release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / positive regulation of protein export from nucleus / stem cell proliferation / protein phosphatase 2A binding / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / promoter-specific chromatin binding / TP53 Regulates Metabolic Genes / negative regulation of protein kinase activity / MAPK6/MAPK4 signaling / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / chromatin DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / beta-catenin binding / cellular response to insulin stimulus / autophagy / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of protein catabolic process / protein localization / insulin receptor signaling pathway / regulation of protein localization / cellular response to oxidative stress / gene expression / positive regulation of cell growth / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / sequence-specific DNA binding / nucleic acid binding / regulation of cell cycle / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cadherin binding / positive regulation of apoptotic process / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / ubiquitin protein ligase binding / chromatin / negative regulation of apoptotic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / apoptotic process / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
: / FOXO protein, KIX-binding domain / KIX-binding domain of forkhead box O, CR2 / FOXO protein, transactivation domain / Transactivation domain of FOXO protein family / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 ...: / FOXO protein, KIX-binding domain / KIX-binding domain of forkhead box O, CR2 / FOXO protein, transactivation domain / Transactivation domain of FOXO protein family / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
14-3-3 protein sigma / Forkhead box protein O1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ottmann, C. / Wolter, M. / Lau, R.A.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
European Commission オランダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: AMPK and AKT protein kinases hierarchically phosphorylate the N-terminus of the FOXO1 transcription factor, modulating interactions with 14-3-3 proteins.
著者: Saline, M. / Badertscher, L. / Wolter, M. / Lau, R. / Gunnarsson, A. / Jacso, T. / Norris, T. / Ottmann, C. / Snijder, A.
履歴
登録2019年3月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
B: 14-3-3 protein sigma
C: 14-3-3 protein sigma
D: 14-3-3 protein sigma
E: 14-3-3 protein sigma
F: 14-3-3 protein sigma
H: 14-3-3 protein sigma
G: 14-3-3 protein sigma
R: Forkhead box protein O1
J: Forkhead box protein O1
M: Forkhead box protein O1
N: Forkhead box protein O1
O: Forkhead box protein O1
P: Forkhead box protein O1
T: Forkhead box protein O1
U: Forkhead box protein O1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)239,19927
ポリマ－237,42516
非ポリマー1,77411
水12,250680
1
A: 14-3-3 protein sigma
N: Forkhead box protein O1
ヘテロ分子

C: 14-3-3 protein sigma
O: Forkhead box protein O1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8237
ポリマ－59,3564
非ポリマー4673
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y+1/2,-z+11
Buried area4810 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area22420 Å2
手法PISA
2
B: 14-3-3 protein sigma
M: Forkhead box protein O1
ヘテロ分子

D: 14-3-3 protein sigma
P: Forkhead box protein O1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8237
ポリマ－59,3564
非ポリマー4673
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y+1/2,-z+11
Buried area4540 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area22020 Å2
手法PISA
3
H: 14-3-3 protein sigma
U: Forkhead box protein O1
ヘテロ分子

E: 14-3-3 protein sigma
J: Forkhead box protein O1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8237
ポリマ－59,3564
非ポリマー4673
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,y-1/2,-z1
Buried area4970 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area22670 Å2
手法PISA
4
F: 14-3-3 protein sigma
R: Forkhead box protein O1
ヘテロ分子

G: 14-3-3 protein sigma
T: Forkhead box protein O1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7316
ポリマ－59,3564
非ポリマー3742
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y+1/2,-z+21
Buried area4510 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area22590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.205, 62.806, 154.044
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.24, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 28226.518 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド
Forkhead box protein O1 / Forkhead box protein O1A / Forkhead in rhabdomyosarcoma


分子量: 1451.613 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q12778
#3: 化合物
ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル]


分子量: 282.334 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 680 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.69 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M Bis-Tris propane pH 7, 0.2M Sodium nitrate, 28% (w/v) PEG400, 5% (w/v) glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→118.81 Å / Num. obs: 124223 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.983 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 6125 / CC1/2: 0.943 / Rrim(I) all: 0.458 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MHR

3mhr


解像度: 2.3→118.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 6.46 / SU ML: 0.157 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.267 / ESU R Free: 0.224 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26668 6300 5.1 %RANDOM
Rwork0.2211 ---
obs0.22341 117909 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 39.532 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.45 Å2-0 Å2-0.29 Å2
2---0.17 Å2-0 Å2
3---1.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→118.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14378 0 118 680 15176
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01414698
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01713116
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5331.67219832
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9961.66130634
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.41551858
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.78222.304738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.134152494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3115103
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21945
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0216471
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022573
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.7264.1217510
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.7254.1217509
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.6096.1419342
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.6096.1429343
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0064.2787188
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.0054.2787188
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.1736.33910491
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.35748.52117040
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.3548.47316932
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 458 -
Rwork0.235 8616 -
obs--99.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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