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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qzf | ||||||||||||
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タイトル | The cryo-EM structure of the collar complex and tail axis in genome emptied bacteriophage phi29 | ||||||||||||
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![]() | VIRUS / bacteriophage / phi29 / genome emptied virion | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() virus tail, tube / viral portal complex / viral procapsid / symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / virus tail, fiber / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / viral DNA genome packaging / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / virion attachment to host cell / RNA binding ...virus tail, tube / viral portal complex / viral procapsid / symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / virus tail, fiber / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / viral DNA genome packaging / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / virion attachment to host cell / RNA binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||||||||
![]() | Xu, J. / Wang, D. / Gui, M. / Xiang, Y. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural assembly of the tailed bacteriophage ϕ29. 著者: Jingwei Xu / Dianhong Wang / Miao Gui / Ye Xiang / ![]() ![]() ![]() 要旨: The mature virion of the tailed bacteriophage ϕ29 is an ~33 MDa complex that contains more than 450 subunits of seven structural proteins assembling into a prolate head and a short non-contractile ...The mature virion of the tailed bacteriophage ϕ29 is an ~33 MDa complex that contains more than 450 subunits of seven structural proteins assembling into a prolate head and a short non-contractile tail. Here, we report the near-atomic structures of the ϕ29 pre-genome packaging head (prohead), the mature virion and the genome-emptied virion. Structural comparisons suggest local rotation or oscillation of the head-tail connector upon DNA packaging and release. Termination of the DNA packaging occurs through pressure-dependent correlative positional and conformational changes in the connector. The funnel-shaped tail lower collar attaches the expanded narrow end of the connector and has a 180-Å long, 24-strand β barrel narrow stem tube that undergoes conformational changes upon genome release. The appendages form an interlocked assembly attaching the tail around the collar. The membrane active long loops at the distal end of the tail knob exit during the late stage of infection and form the cone-shaped tip of a largely hydrophobic helix barrel, prepared for membrane penetration. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 190.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 268.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4685MC ![]() 4655C ![]() 4662C ![]() 4677C ![]() 4678C ![]() 4679C ![]() 4680C ![]() 4681C ![]() 4682C ![]() 4683C ![]() 4684C ![]() 6qvkC ![]() 6qx7C ![]() 6qydC ![]() 6qyjC ![]() 6qymC ![]() 6qyyC ![]() 6qyzC ![]() 6qz0C ![]() 6qz9C C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35917.293 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 33839.086 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 詳細: the residues from 170 to 191 are assigned poly-alanine due to poor quality of map 由来: (天然) ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 92193.523 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Bacillus phage phi29 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: PRION |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY |
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3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 31478 / 対称性のタイプ: POINT |