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- PDB-6qz4: Structure of MHETase from Ideonella sakaiensis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qz4
タイトルStructure of MHETase from Ideonella sakaiensis
要素Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase
キーワードHYDROLASE / MHETase / PET degradation / STRUCTURAL GENOMICS / plastic-binding protein
機能・相同性mono(ethylene terephthalate) hydrolase / Tannase/feruloyl esterase / Tannase and feruloyl esterase / carboxylic ester hydrolase activity / xenobiotic catabolic process / cell outer membrane / Alpha/Beta hydrolase fold / metal ion binding / Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase
機能・相同性情報
生物種Ideonella sakaiensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Allen, M.D. / Johnson, C.W. / Knott, B.C. / Beckham, G.T. / McGeehan, J.E.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/P011918/1 英国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Characterization and engineering of a two-enzyme system for plastics depolymerization.
著者: Knott, B.C. / Erickson, E. / Allen, M.D. / Gado, J.E. / Graham, R. / Kearns, F.L. / Pardo, I. / Topuzlu, E. / Anderson, J.J. / Austin, H.P. / Dominick, G. / Johnson, C.W. / Rorrer, N.A. / ...著者: Knott, B.C. / Erickson, E. / Allen, M.D. / Gado, J.E. / Graham, R. / Kearns, F.L. / Pardo, I. / Topuzlu, E. / Anderson, J.J. / Austin, H.P. / Dominick, G. / Johnson, C.W. / Rorrer, N.A. / Szostkiewicz, C.J. / Copie, V. / Payne, C.M. / Woodcock, H.L. / Donohoe, B.S. / Beckham, G.T. / McGeehan, J.E.
履歴
登録2019年3月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年10月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32020年10月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase
B: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,7166
ポリマ－128,4432
非ポリマー2724
水25,3471407
1
A: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3583
ポリマ－64,2221
非ポリマー1362
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3583
ポリマ－64,2221
非ポリマー1362
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.212, 92.804, 159.991
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase / MHETase


分子量: 64221.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ideonella sakaiensis (バクテリア)
遺伝子: ISF6_0224 / プラスミド: pCJ136 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41
参照: UniProt: A0A0K8P8E7, mono(ethylene terephthalate) hydrolase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.82 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: ammonium acetate (pH 4.5), 22.5% PEG 10000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→46.24 Å / Num. obs: 122377 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 17402 / CC1/2: 0.914 / Rpim(I) all: 0.231 / Rrim(I) all: 0.598 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6QZ1

6qz1


解像度: 1.8→46.239 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.2 / 位相誤差: 23.44
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2051 11726 4.99 %
Rwork0.1824 --
obs0.1836 122208 97.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→46.239 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8386 0 12 1407 9805
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038679
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60711851
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.7826873
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421242
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041591
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.82050.2843870.27347152X-RAY DIFFRACTION94
1.8205-1.84190.26623550.25597439X-RAY DIFFRACTION98
1.8419-1.86440.28574230.24517287X-RAY DIFFRACTION97
1.8644-1.8880.26323590.24157500X-RAY DIFFRACTION97
1.888-1.91280.25593640.23867430X-RAY DIFFRACTION97
1.9128-1.9390.25323920.23557348X-RAY DIFFRACTION97
1.939-1.96670.24984140.22447433X-RAY DIFFRACTION98
1.9667-1.99610.26343740.22117469X-RAY DIFFRACTION98
1.9961-2.02730.25363740.21747447X-RAY DIFFRACTION97
2.0273-2.06050.24134450.21497354X-RAY DIFFRACTION97
2.0605-2.0960.25644100.20467358X-RAY DIFFRACTION98
2.096-2.13420.2354140.20387440X-RAY DIFFRACTION98
2.1342-2.17520.25413480.27478X-RAY DIFFRACTION98
2.1752-2.21960.23063430.19387538X-RAY DIFFRACTION98
2.2196-2.26790.22093790.19537536X-RAY DIFFRACTION98
2.2679-2.32060.21463240.19427446X-RAY DIFFRACTION98
2.3206-2.37860.25434140.19467427X-RAY DIFFRACTION98
2.3786-2.4430.21433420.1887537X-RAY DIFFRACTION98
2.443-2.51480.21734430.18797462X-RAY DIFFRACTION99
2.5148-2.5960.19473740.18287489X-RAY DIFFRACTION98
2.596-2.68880.22373950.19057477X-RAY DIFFRACTION99
2.6888-2.79640.20394320.18297452X-RAY DIFFRACTION98
2.7964-2.92370.18534710.18747445X-RAY DIFFRACTION99
2.9237-3.07780.20744300.17517529X-RAY DIFFRACTION99
3.0778-3.27060.20624020.17827498X-RAY DIFFRACTION99
3.2706-3.5230.18453460.17217536X-RAY DIFFRACTION98
3.523-3.87740.18344660.16437433X-RAY DIFFRACTION98
3.8774-4.43810.16713320.14877576X-RAY DIFFRACTION99
4.4381-5.590.1753880.14797575X-RAY DIFFRACTION99
5.59-46.25450.15633860.16357395X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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