PDB-6qz2: Structure of MHETase from Ideonella sakaiensis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qz2

タイトル

Structure of MHETase from Ideonella sakaiensis

要素

Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

キーワード

HYDROLASE / MHETase / PET degradation / STRUCTURAL GENOMICS / plastic-binding protein

機能・相同性

mono(ethylene terephthalate) hydrolase / Tannase/feruloyl esterase / Tannase and feruloyl esterase / carboxylic ester hydrolase activity / xenobiotic catabolic process / cell outer membrane / Alpha/Beta hydrolase fold / metal ion binding / Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

機能・相同性情報

生物種

Ideonella sakaiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Allen, M.D. / Johnson, C.W. / Knott, B.C. / Beckham, G.T. / McGeehan, J.E.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Characterization and engineering of a two-enzyme system for plastics depolymerization.
著者: Knott, B.C. / Erickson, E. / Allen, M.D. / Gado, J.E. / Graham, R. / Kearns, F.L. / Pardo, I. / Topuzlu, E. / Anderson, J.J. / Austin, H.P. / Dominick, G. / Johnson, C.W. / Rorrer, N.A. / ...

履歴

登録	2019年3月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年9月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年10月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年10月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / reflns_shell Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _reflns_shell.d_res_high / _reflns_shell.d_res_low
改定 1.3	2020年10月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.4	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qz2.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qz2.ent.gz	938.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qz2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6qz2_validation.pdf.gz	518.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qz2_full_validation.pdf.gz	567.5 KB	表示
XML形式データ	6qz2_validation.xml.gz	243.6 KB	表示
CIF形式データ	6qz2_validation.cif.gz	366.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qz/6qz2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qz/6qz2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6qz1SC 6qz3C 6qz4C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6jtu-2 6qga-1 6qga-6 6qz1-d 6qz4-2 6jtt-2 6qga-2 6qgb-5 6qg9-10 6qgb-4 6jtt-1 6qg9-4 6qg9-9 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

B: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

C: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

D: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

E: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

F: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

G: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

H: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

I: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

J: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

ヘテロ分子

643 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
64.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
64.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
64.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
64.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
64.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

F: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
64.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

7

G: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
64.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

8

H: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
64.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

9

I: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
64.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

10

J: Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
64.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.490, 135.630, 138.150
Angle α, β, γ (deg.)	83.09, 67.91, 67.57
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase / MHETase 分子量: 64221.742 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ideonella sakaiensis (バクテリア) 遺伝子: ISF6_0224 / プラスミド: pCJ136 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 参照: UniProt: A0A0K8P8E7, mono(ethylene terephthalate) hydrolase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.44 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M sodium citrate (pH 5.5), 1.0 M ammonium phosphate monobasic

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→95.3 Å / Num. obs: 506864 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.057 / R_pim(I) all: 0.057 / R_rim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 7.1
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / R_merge(I) obs: 0.254 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 73069 / R_pim(I) all: 0.254 / R_rim(I) all: 0.359

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6QZ1

6qz1

解像度: 1.9→57.619 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 21.11

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2054	24886	4.91 %
R_work	0.1854	-	-
obs	0.1864	506771	93.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→57.619 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	41414	0	10	6125	47549

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	42546
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.576	57971
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.955	24792
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	6082
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	7761

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9216	0.2976	774	0.2647	15727	X-RAY DIFFRACTION	92
1.9216-1.9442	0.2734	808	0.2499	15823	X-RAY DIFFRACTION	92
1.9442-1.9679	0.2795	801	0.2439	16026	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9679-1.9928	0.2605	827	0.232	15725	X-RAY DIFFRACTION	92
1.9928-2.019	0.2519	800	0.2267	15986	X-RAY DIFFRACTION	93
2.019-2.0467	0.2658	848	0.2277	16000	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0467-2.076	0.2585	810	0.2252	15766	X-RAY DIFFRACTION	92
2.076-2.1069	0.252	852	0.2154	15728	X-RAY DIFFRACTION	92
2.1069-2.1399	0.2339	844	0.2094	15839	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1399-2.1749	0.2308	831	0.2053	15907	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1749-2.2125	0.231	814	0.2044	16056	X-RAY DIFFRACTION	93
2.2125-2.2527	0.2262	860	0.1962	15995	X-RAY DIFFRACTION	93
2.2527-2.296	0.2226	853	0.1961	15878	X-RAY DIFFRACTION	93
2.296-2.3429	0.2258	831	0.1983	15878	X-RAY DIFFRACTION	92
2.3429-2.3938	0.2201	824	0.1945	15907	X-RAY DIFFRACTION	93
2.3938-2.4495	0.2262	814	0.1938	15861	X-RAY DIFFRACTION	93
2.4495-2.5108	0.2242	920	0.1907	16014	X-RAY DIFFRACTION	93
2.5108-2.5787	0.2188	840	0.1905	16068	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5787-2.6545	0.2136	671	0.192	16428	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6545-2.7402	0.217	817	0.1937	16207	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7402-2.8381	0.2134	889	0.1875	16386	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8381-2.9518	0.2133	828	0.1885	16392	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9518-3.0861	0.1925	839	0.179	16187	X-RAY DIFFRACTION	95
3.0861-3.2488	0.207	775	0.1835	16450	X-RAY DIFFRACTION	95
3.2488-3.4523	0.1866	798	0.1776	16318	X-RAY DIFFRACTION	95
3.4523-3.7188	0.1867	771	0.1703	16409	X-RAY DIFFRACTION	95
3.7188-4.093	0.1695	867	0.1625	16286	X-RAY DIFFRACTION	95
4.093-4.685	0.1597	892	0.1466	16157	X-RAY DIFFRACTION	95
4.685-5.9017	0.1792	924	0.1611	16053	X-RAY DIFFRACTION	94
5.9017-57.6459	0.1717	864	0.1686	16428	X-RAY DIFFRACTION	96

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)