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- PDB-6qyi: Structure of HPAB from E.coli in complex with FAD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qyi
タイトルStructure of HPAB from E.coli in complex with FAD
要素4-hydroxyphenylacetate 3-monooxygenase oxygenase component
キーワードOXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE MONOOXYGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxyphenylacetate 3-monooxygenase activity / 4-hydroxyphenylacetate 3-monooxygenase / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors / phenylacetate catabolic process / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
4-hydroxyphenylacetate 3-monooxygenase oxygenase component, gammaproteobacteria / 4-HPA 3-monooxygenase large component/Pyoverdin chromophore biosynthetic protein / HpaB/PvcC/4-BUDH / HpaB/PvcC/4-BUDH N-terminal / HpaB/PvcC/4-BUDH C-terminal / 4-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase C terminal / 4-hydroxyphenylacetate 3-hydroxylase N terminal / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal and middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase-like, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / 4-hydroxyphenylacetate 3-monooxygenase, oxygenase component / 4-hydroxyphenylacetate 3-monooxygenase oxygenase component
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Pecqueur, L. / Lombard, M. / Deng, Y. / Fontecave, M.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research Agency53311-LABX-0011 フランス
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2020
タイトル: Structural and Functional Characterization of 4-Hydroxyphenylacetate 3-Hydroxylase from Escherichia coli.
著者: Deng, Y. / Faivre, B. / Back, O. / Lombard, M. / Pecqueur, L. / Fontecave, M.
履歴
登録2019年3月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxyphenylacetate 3-monooxygenase oxygenase component
B: 4-hydroxyphenylacetate 3-monooxygenase oxygenase component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,85923
ポリマ－117,9192
非ポリマー3,94021
水13,043724
1
A: 4-hydroxyphenylacetate 3-monooxygenase oxygenase component
B: 4-hydroxyphenylacetate 3-monooxygenase oxygenase component
ヘテロ分子

A: 4-hydroxyphenylacetate 3-monooxygenase oxygenase component
B: 4-hydroxyphenylacetate 3-monooxygenase oxygenase component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,71846
ポリマ－235,8394
非ポリマー7,88042
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_654-x+y+1,y,-z-1/21
Buried area50490 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area57480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)188.160, 188.160, 162.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-514-

MET

21B-514-

MET

31A-810-

HOH

41A-1043-

HOH

51B-901-

HOH

61B-1033-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 4-hydroxyphenylacetate 3-monooxygenase oxygenase component / 4-hydroxyphenylacetate 3-monooxygenase / oxygenase component


分子量: 58959.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: hpaB, CR538_21835, DS732_04180, NCTC9045_04991, NCTC9117_05338
プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3
参照: UniProt: A0A2G8ZEZ1, UniProt: Q57160*PLUS, 4-hydroxyphenylacetate 3-monooxygenase

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非ポリマー , 5種, 745分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 724 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: HEPES 0.1M pH 7.5 PEG 400 30% (w/v) CaCl2 0.2 M MgCl2 0.1-0.2M

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→115.064 Å / Num. obs: 155091 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.78 % / Biso Wilson estimate: 32.58 Å2 / CC1/2: 0.9989 / Rmerge(I) obs: 0.164 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.17 / Net I/σ(I): 11.554
反射 シェル解像度: 1.801→1.832 Å / 冗長度: 14.6 % / Rmerge(I) obs: 3.926 / Mean I/σ(I) obs: 0.773 / Num. unique obs: 7637 / CC1/2: 0.348 / Rpim(I) all: 1.048 / Rrim(I) all: 4.065 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→26.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU R Cruickshank DPI: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.086 / SU Rfree Blow DPI: 0.077 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.076
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.172 2014 1.3 %RANDOM
Rwork0.165 ---
obs0.165 154901 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3303 Å20 Å20 Å2
2---0.3303 Å20 Å2
3---0.6606 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→26.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8199 0 262 724 9185
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018864HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9312013HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3123SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1590HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8864HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.59
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.99
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1104SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance2HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11713SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.81 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2968 -1.42 %
Rwork0.2619 3055 -
all0.2624 3099 -
obs--97.07 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.16610.0999-0.00810.55760.13860.27770.0856-0.0478-0.03830.1354-0.10560.0550.0508-0.02850.02010.0594-0.0424-0.0052-0.02850.0072-0.008288.9691-23.2727-22.0782
20.17270.00130.0320.4922-0.0610.2210.0526-0.02360.0190.0959-0.0588-0.1147-0.05230.05810.00620.0592-0.03330.0118-0.02660.0006-0.0069105.42588.7465-25.2033
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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