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- PDB-6eb0: STRUCTURE OF 4-HYDROXYPHENYLACETATE 3-MONOOXYGENASE (HPAB), OXYGE... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6eb0 | ||||||
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Title | STRUCTURE OF 4-HYDROXYPHENYLACETATE 3-MONOOXYGENASE (HPAB), OXYGENASE COMPONENT FROM ESCHERICHIA COLI | ||||||
![]() | 4-hydroxyphenylacetate 3-monooxygenase, oxygenase subunit | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / PROTEIN ENGINEERING: 4-HYDROXYPHENYLACETATE 3-MONOOXYGENASE / OXYGENASE COMPONENT | ||||||
Function / homology | ![]() phenylacetate catabolic process / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / flavin adenine dinucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhou, D. / Kandavelu, P. / Zhang, H. / Wang, B.C. / Yan, Y. / Rose, J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural Insights into Catalytic Versatility of the Flavin-dependent Hydroxylase (HpaB) from Escherichia coli. Authors: Shen, X. / Zhou, D. / Lin, Y. / Wang, J. / Gao, S. / Kandavelu, P. / Zhang, H. / Zhang, R. / Wang, B.C. / Rose, J. / Yuan, Q. / Yan, Y. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 508.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 79.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 112.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6b1bC ![]() 2yygS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 59926.652 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: B / BL21-DE3 / Gene: ECBD_3674 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.54 Å3/Da / Density % sol: 51.66 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: microbatch / pH: 6.5 Details: MICRO BATCH UNDER OIL AT 291K USING 2 MICROLITER DROPS CONTAINING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN SODIUM CONCENTRATE AND A PRECIPITANT COCKTAIL CONTAINING 0.08 M CACODYLATE BUFFER CONTAINING 0.16 M ...Details: MICRO BATCH UNDER OIL AT 291K USING 2 MICROLITER DROPS CONTAINING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN SODIUM CONCENTRATE AND A PRECIPITANT COCKTAIL CONTAINING 0.08 M CACODYLATE BUFFER CONTAINING 0.16 M MAGNESIUM ACETATE TETRAHYDRATE, 16% POLYETHYLENE GLYCOL 8000, AND 20% V/V GLYCEROL, PH 6.0, MICROBATCH UNDER OIL PH range: 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Dec 3, 2013 / Details: Rosenbaum Optics |
Radiation | Monochromator: SI (111) CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.37→46.363 Å / Num. obs: 90432 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 15.81 |
Reflection shell | Resolution: 2.37→2.46 Å / Redundancy: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.475 / Mean I/σ(I) obs: 3.27 / % possible all: 93.5 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2YYG Resolution: 2.37→46.363 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 18.59
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.37→46.363 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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