PDB-6qya: Crystal structure of Enteroccocus faecalis thymidylate synthase (...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qya

タイトル

Crystal structure of Enteroccocus faecalis thymidylate synthase (EfTS) in complex with dUMP

要素

(Thymidylate synthase

) x 2

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / Enteroccocus faecalis thymidylate synthase / EfTS /

folate pathway (葉酸) / substrate / dUMP

機能・相同性

機能・相同性情報

thymidylate synthase /

thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process /

メチル化 /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus faecalis (乳酸球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Pozzi, C. / Mangani, M.

引用

ジャーナル: Molecules / 年: 2019
タイトル: Structural Comparison ofEnterococcus faecalisand Human Thymidylate Synthase Complexes with the Substrate dUMP and Its Analogue FdUMP Provides Hints about Enzyme Conformational Variabilities.
著者: Pozzi, C. / Ferrari, S. / Luciani, R. / Tassone, G. / Costi, M.P. / Mangani, S.

履歴

登録	2019年3月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月10日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.0	2019年11月20日	Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / pdbx_nonpoly_scheme Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
改定 3.0	2020年5月6日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_site Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id
改定 3.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qya.cif.gz	530.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qya.ent.gz	437 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qya.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/6qya ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qy/6qya	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6qxgC 6qxhC 6qxsC 3uwlS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4o7u-2 3s8g-d 4g7s-d 4g70-d 4gp5-d 4g72-d 3c0a-1 5ndc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thymidylate synthase

B: Thymidylate synthase

C: Thymidylate synthase

D: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

148 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Thymidylate synthase

B: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
74.3 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Thymidylate synthase

D: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.160, 95.101, 97.409
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.63, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質	Thymidylate synthase / / TSase 分子量: 36401.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 遺伝子: thyA, EF_1576 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q834R3, thymidylate synthase
#2: タンパク質	Thymidylate synthase / / TSase 分子量: 36462.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 遺伝子: thyA, EF_1576 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q834R3, thymidylate synthase

-
非ポリマー , 6種, 1478分子

#3: 化合物	ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP / デオキシウリジン一リン酸分子量: 308.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₈P
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-FFO / N-[4-({[(6S)-2-amino-5-formyl-4-oxo-3,4,5,6,7,8-hexahydropteridin-6-yl]methyl}amino)benzoyl]-L-glutamic acid / [6S]-5-FORMYL-TETRAHYDROFOLATE / 6S-FOLINIC ACID / l-ロイコボリン分子量: 473.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₃N₇O₇
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1459 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2.2-2.5 M ammonium sulfate and 0.1 M HEPES, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月13日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→73.01 Å / Num. obs: 125005 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 10.4 Å² / CC_1/2: 0.985 / R_merge(I) obs: 0.109 / R_pim(I) all: 0.072 / R_rim(I) all: 0.131 / Net I/σ(I): 6.9
反射シェル	解像度: 1.76→1.86 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.353 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 18480 / CC_1/2: 0.891 / R_pim(I) all: 0.233 / R_rim(I) all: 0.425 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3UWL

3uwl

解像度: 1.76→68.07 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 4.975 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.126

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2203	6295	5 %	RANDOM
R_work	0.18377	-	-	-
obs	0.18559	118686	94.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.674 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.15 Å²	0 Å²	-0.01 Å²
2-	-	-0.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→68.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9534	0	168	1459	11161

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.012	10382
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.271	1.635	14147
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.479	5	1298
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.161	22.978	554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.988	15	1685
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.136	15	47
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.176	0.2	1309
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.018	0.02	8101
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.716	0.854	4923
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.453	1.263	6168
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.362	0.983	5459
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.965	13.189	15399
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.76→1.806 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.258	471	-
R_work	0.23	8891	-
obs	-	-	96.44 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.733	-0.4825	-0.0305	1.9665	-2.4189	3.6168	0.0229	0.0922	-0.0437	-0.0678	0.008	0.0409	0.0924	-0.0739	-0.031	0.1225	-0.0034	-0.0084	0.1885	-0.0113	0.1502	18.6795	18.9476	13.2289
2	1.8134	-2.5294	-1.4763	3.5374	2.0637	1.2052	0.1724	0.1076	0.0869	-0.1834	-0.1327	-0.1092	-0.1139	-0.0791	-0.0396	0.2085	-0.0338	0.0397	0.1204	0.048	0.1588	14.8575	36.9091	12.379
3	0.0912	-0.1461	0.0206	0.2903	-0.0555	0.5967	0.0679	0.0328	-0.0055	-0.0562	-0.0095	0.0212	0.0432	0.1556	-0.0584	0.1195	0.0185	0.0114	0.1917	0.0087	0.1665	17.5387	20.0477	21.0973
4	2.9744	-1.9334	-2.5943	1.2636	1.7515	4.5672	0.0152	-0.1391	0.0032	-0.0257	0.1227	-0.0025	-0.0955	0.1019	-0.1379	0.0737	-0.0567	-0.0188	0.2515	0.0101	0.1294	23.4417	24.3726	37.6241
5	4.6034	5.4818	3.8933	6.5317	4.6363	3.2941	0.0732	-0.0609	0.0033	0.1011	-0.0527	0.0012	0.071	-0.0556	-0.0205	0.0445	-0.0186	-0.0433	0.2839	0.0372	0.2127	24.2015	33.1943	44.6407
6	0.807	-0.6442	-2.7721	1.462	1.0588	10.9694	0.0054	-0.0173	0.0792	-0.0342	0.0997	-0.1718	0.0718	-0.0561	-0.1051	0.1058	-0.0281	-0.0157	0.1649	-0.0031	0.1661	29.9875	30.4372	40.6987
7	0.0979	0.4654	1.0806	2.3506	5.4253	12.5315	0.0364	-0.0209	0.0553	0.0901	-0.2282	0.0545	0.2132	-0.5067	0.1918	0.1583	0.1085	0.0388	0.1431	0.1422	0.4616	27.1956	43.7187	38.1106
8	0.3379	0.6864	0.7362	1.4464	1.564	1.7088	0.1646	0.0195	-0.0573	0.2634	-0.001	-0.1774	0.2603	-0.0367	-0.1636	0.1771	0.0644	0.0304	0.1691	0.0571	0.2678	31.0144	41.8215	46.0524
9	5.438	8.1777	3.5617	12.4139	5.3251	2.4451	0.36	-0.0605	0.1636	0.6204	-0.2718	0.3119	0.2546	0.0313	-0.0882	0.1395	-0.0608	0.0073	0.3449	-0.1225	0.3496	25.2836	43.378	48.5648
10	9.001	2.4782	3.2569	0.6984	0.8969	1.1795	-0.3733	0.0711	1.1136	-0.078	-0.0307	0.3486	-0.1223	0.0274	0.404	0.2129	-0.0632	0.0079	0.1903	-0.0718	0.3292	15.3428	35.8711	39.2445
11	5.2945	-1.9618	-0.8633	0.7558	0.1066	1.7611	-0.0648	-0.0605	0.2181	0.0321	0.0202	-0.0923	-0.1243	0.0656	0.0446	0.1573	-0.0219	-0.02	0.1304	-0.0258	0.1788	5.5859	33.2826	43.8739
12	0.5942	0.3353	0.2926	3.3125	1.296	0.5545	0.0669	-0.1401	-0.0064	0.1294	-0.0429	-0.0735	0.0542	-0.0571	-0.024	0.1743	0.0036	-0.0014	0.1593	-0.0181	0.126	4.096	24.3	45.755
13	0.2422	0.2993	-0.0643	1.3332	-0.458	0.221	0.008	-0.066	0.0021	-0.0408	-0.0055	-0.078	-0.0008	0.029	-0.0026	0.1456	-0.0092	-0.0031	0.1423	-0.0108	0.1672	3.0239	27.5714	36.4433
14	1.2567	1.4667	-0.0291	2.6442	0.8357	0.8504	0.099	-0.0512	0.1192	0.0475	-0.0188	0.1183	-0.0284	-0.0022	-0.0802	0.125	-0.0059	-0.0127	0.1544	0.0074	0.1636	7.1458	22.033	32.5592
15	0.1484	-0.1163	-0.187	0.1753	-0.0234	0.6478	0.0554	-0.0492	0.0278	-0.0418	0.0184	0.0229	0.0059	0.1178	-0.0738	0.1301	-0.0172	-0.0005	0.1729	-0.008	0.1669	14.4985	21.8773	26.9534
16	0.4975	0.1165	-0.5708	0.1861	-0.4243	1.2526	0.0769	-0.0751	0.0378	-0.0256	-0.016	0.0413	0.0274	0.1753	-0.0609	0.1114	-0.0014	-0.0037	0.1765	0.0081	0.163	14.1123	18.0386	31.5558
17	0.3233	0.1198	-0.2294	0.5098	-0.7752	2.1493	0.0634	-0.0392	-0.0256	-0.0495	-0.0299	-0.0307	0.0837	0.4596	-0.0335	0.0724	0.0282	0.0014	0.2243	-0.0032	0.1405	27.4338	18.145	20.6379
18	2.0015	0.371	-0.5145	0.0967	0.0665	1.0977	-0.0422	-0.1725	-0.2386	-0.0052	-0.0358	-0.0334	-0.0084	0.037	0.078	0.1761	-0.0173	0.0172	0.193	0.0219	0.1256	19.9338	12.3204	49.7189
19	0.7524	0.1023	0.692	2.8449	-0.7691	0.8997	0.2658	0.1044	-0.0203	0.6393	-0.3428	-0.2809	0.0521	0.2053	0.077	0.2229	-0.052	-0.0454	0.2551	-0.0079	0.096	24.2392	17.544	45.156
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75	7.3432	-2.0464	-1.9128	2.255	-1.6549	3.3417	-0.0694	-0.2709	-0.0031	0.1806	-0.1949	-0.194	-0.1999	0.4104	0.2643	0.152	-0.0215	-0.0323	0.1899	0.0083	0.1456	2.972	-35.8399	41.732
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79	2.6201	-1.6712	1.5792	4.7181	0.5749	1.6433	-0.0028	-0.0566	-0.0109	0.2239	-0.059	0.1472	0.0896	-0.1086	0.0617	0.1687	-0.0043	0.031	0.1862	-0.0022	0.1091	-21.5184	-24.7363	40.068
80	0.6847	-0.497	-0.3868	0.3789	0.1482	3.6163	0.0046	0.0598	0.0121	-0.0053	0.0073	-0.0013	-0.1231	-0.3204	-0.0119	0.1354	-0.0072	0.0014	0.1494	-0.0007	0.1512	-20.5817	-13.041	26.1373

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 16
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	17 - 22
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	23 - 49
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	50 - 66
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	67 - 74
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	75 - 80
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	81 - 90
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	91 - 131
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	132 - 139
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	140 - 145
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	146 - 156
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	157 - 170
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	171 - 194
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	195 - 206
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	207 - 229
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	230 - 260
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	261 - 284
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	285 - 290
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	291 - 300
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	301 - 314
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	1 - 11
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	12 - 20
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	21 - 48
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	49 - 63
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26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	75 - 84
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	85 - 100
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	101 - 110
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	111 - 123
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	124 - 152
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35	X-RAY DIFFRACTION	35	B	205 - 213
36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	214 - 260
37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	261 - 271
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	272 - 300
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	301 - 305
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	306 - 315
41	X-RAY DIFFRACTION	41	C	1 - 17
42	X-RAY DIFFRACTION	42	C	18 - 51
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44	X-RAY DIFFRACTION	44	C	81 - 87
45	X-RAY DIFFRACTION	45	C	88 - 124
46	X-RAY DIFFRACTION	46	C	125 - 134
47	X-RAY DIFFRACTION	47	C	135 - 142
48	X-RAY DIFFRACTION	48	C	143 - 151
49	X-RAY DIFFRACTION	49	C	152 - 167
50	X-RAY DIFFRACTION	50	C	168 - 175
51	X-RAY DIFFRACTION	51	C	176 - 190
52	X-RAY DIFFRACTION	52	C	191 - 199
53	X-RAY DIFFRACTION	53	C	200 - 215
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55	X-RAY DIFFRACTION	55	C	241 - 246
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80	X-RAY DIFFRACTION	80	D	305 - 315

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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