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- PDB-6qxl: Crystal Structure of Pyruvate Kinase II (PykA) from Pseudomonas a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qxl
タイトルCrystal Structure of Pyruvate Kinase II (PykA) from Pseudomonas aeruginosa in complex with sodium malonate, magnesium and glucose-6-phosphate
要素Pyruvate kinase
キーワードTRANSFERASE / Pyruvate kinase / PykA / homotetramer / polypeptide / G6P-bound / PykA-MLI-Mg complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / potassium ion binding / glycolytic process / kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily ...Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / MALONATE ION / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Abdelhamid, Y. / Brear, P. / Welch, M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Yousef Jameel Scholarship 英国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Evolutionary plasticity in the allosteric regulator-binding site of pyruvate kinase isoform PykA fromPseudomonas aeruginosa.
著者: Abdelhamid, Y. / Brear, P. / Greenhalgh, J. / Chee, X. / Rahman, T. / Welch, M.
履歴
登録2019年3月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate kinase
B: Pyruvate kinase
C: Pyruvate kinase
D: Pyruvate kinase
E: Pyruvate kinase
F: Pyruvate kinase
G: Pyruvate kinase
H: Pyruvate kinase
I: Pyruvate kinase
J: Pyruvate kinase
K: Pyruvate kinase
L: Pyruvate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)632,82551
ポリマ－627,91112
非ポリマー4,91439
水40,8582268
1
A: Pyruvate kinase
E: Pyruvate kinase
G: Pyruvate kinase
H: Pyruvate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,94217
ポリマ－209,3044
非ポリマー1,63813
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Pyruvate kinase
D: Pyruvate kinase
F: Pyruvate kinase
J: Pyruvate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,03418
ポリマ－209,3044
非ポリマー1,73014
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Pyruvate kinase
I: Pyruvate kinase
K: Pyruvate kinase
L: Pyruvate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,85016
ポリマ－209,3044
非ポリマー1,54612
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)182.477, 182.477, 405.044
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 24分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
Pyruvate kinase


分子量: 52325.930 Da / 分子数: 12 / 断片: Polypeptide / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: pykA, pyk, pykA_1, C8257_26620, CAZ10_21690, DZ940_08845, NCTC13719_04679, PAERUG_E15_London_28_01_14_03018, PAMH19_3832, RW109_RW109_05666
プラスミド: pET19m / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A069PYA5, UniProt: Q9HW72*PLUS, pyruvate kinase
#2: 糖
ChemComp-G6P / 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / ALPHA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-alpha-D-glucose / 6-O-phosphono-D-glucose / 6-O-phosphono-glucose / グルコ-ス6-りん酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
a-D-Glcp6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 4種, 2295分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.33 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20 % PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.5, 0.2 M disodium malonate, 20 mM MgCl2, 2 mM G6P and 2 mM PEP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→405.44 Å / Num. obs: 292996 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.7 % / Biso Wilson estimate: 45.23 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.148 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 4318494 / Scaling rejects: 4029
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs
2.43-2.4910.52.21226510214770.6420.712.3241.1
10.87-405.4414.90.03353910361710.0090.03438

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HYV

4hyv


解像度: 2.43→158.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU R Cruickshank DPI: 0.364 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.37 / SU Rfree Blow DPI: 0.242 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.243
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 14331 4.95 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.228 289310 98.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 235.94 Å2 / Biso mean: 55.44 Å2 / Biso min: 19.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2314 Å20 Å20 Å2
2--0.2314 Å20 Å2
3----0.4629 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.43→158.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数43331 0 306 2268 45905
Biso mean--62.51 50.59 -
残基数----5716
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d15855SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes1026HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes6547HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it44269HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd10SEMIHARMONIC0
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion5949SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact51243SEMIHARMONIC0
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d44269HARMONIC20.014
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg59874HARMONIC21.62
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion5.07
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.8
LS精密化 シェル解像度: 2.43→2.49 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3146 1071 5.05 %
Rwork0.2967 20138 -
all0.2976 21209 -
obs--98.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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