PDB-5wsa: Pyruvate kinase (PYK) from Mycobacterium tuberculosis in complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wsa

タイトル

Pyruvate kinase (PYK) from Mycobacterium tuberculosis in complex with Oxalate and allosteric activator Glucose 6-Phosphate

要素

Pyruvate kinase

キーワード

TRANSFERASE / pyruvate kinase / glycolysis / tetramer / allostery / synergism / phospho transferase

機能・相同性

機能・相同性情報

pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / potassium ion binding / glycolytic process / kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Zhong, W. / Cai, Q. / El Sahili, A. / Lescar, J. / Dedon, P.C.

資金援助

シンガポール, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Allosteric pyruvate kinase-based "logic gate" synergistically senses energy and sugar levels in Mycobacterium tuberculosis.
著者: Zhong, W. / Cui, L. / Goh, B.C. / Cai, Q. / Ho, P. / Chionh, Y.H. / Yuan, M. / Sahili, A.E. / Fothergill-Gilmore, L.A. / Walkinshaw, M.D. / Lescar, J. / Dedon, P.C.

履歴

登録	2016年12月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wsa.cif.gz	698 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wsa.ent.gz	581.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wsa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5wsa_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5wsa_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	5wsa_validation.xml.gz	68.8 KB	表示
CIF形式データ	5wsa_validation.cif.gz	93.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/5wsa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/5wsa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5wrpSC 5ws8C 5ws9C 5wsbC 5wscC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ito-d 5wsb-d 5wsc-d 5ws8-d 6qxl-1 6qxl-3 5ws9-d 6p0y-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (13)

登録構造単位

A: Pyruvate kinase

B: Pyruvate kinase

C: Pyruvate kinase

D: Pyruvate kinase

ヘテロ分子

206 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.420, 125.420, 144.192
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 472 / Label seq-ID: 5 - 475

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
2
1
3
4
5
6

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質

Pyruvate kinase / PK

分子量: 51014.336 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: pyk, pykA, Rv1617, MTCY01B2.09 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WKE5, pyruvate kinase

#2: 糖

ChemComp-G6P / 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / ALPHA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-alpha-D-glucose / 6-O-phosphono-D-glucose / 6-O-phosphono-glucose / グルコ-ス6-りん酸

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₃O₉P

-
非ポリマー , 4種, 184分子

#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン分子量: 88.019 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂O₄
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.67 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 12% PEG 8000, 20% glycerol, 50 mM triethanolamine-HCl (TEA) buffer pH 7.2, 100 mM KCl, 50 mM MgCl2, 5 mM oxalate, 5 mM ATP, 5 mM D-Glucose 6-Phosphate.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9537 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.278
1	1	-K, -H, -L	2	0.277
1	1	K, H, -L	3	0.218
1	1	-h,-k,l	4	0.227

反射

解像度: 2.85→62.71 Å / Num. obs: 59240 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.6 % / Net I/σ(I): 13.7

反射シェル

解像度: 2.85→2.93 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5WRP

5wrp

解像度: 2.85→62.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 14.765 / SU ML: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.061 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19534	3001	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15091	-	-	-
obs	0.15315	56202	99.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.492 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	32.82 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	32.82 Å²	0 Å²
3-	-	-	-65.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.85→62.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14172	0	112	172	14456

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	14472
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	14028
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.329	1.981	19664
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.649	3	32324
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.871	5	1880
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.314	23.243	592
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.307	15	2448
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.084	15	148
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	2364
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	16116
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2784
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.684	2.157	7532
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.683	2.156	7531
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.685	3.232	9408
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.685	3.233	9409
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.584	2.241	6940
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.533	2.236	6904
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.434	3.316	10209
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.203	41.23	60942
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.19	41.221	60871
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	29074	0.11
1	2	B	29074	0.11
2	1	A	28282	0.13
2	2	C	28282	0.13
3	1	A	28428	0.13
3	2	D	28428	0.13
4	1	B	28264	0.13
4	2	C	28264	0.13
5	1	B	28402	0.13
5	2	D	28402	0.13
6	1	C	29012	0.1
6	2	D	29012	0.1

LS精密化シェル

解像度: 2.85→2.924 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.324	262	-
R_work	0.295	4089	-
obs	-	-	99.89 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0579	-0.5535	-0.2085	1.8249	-0.9959	0.7012	-0.2607	-0.0816	-0.0822	-0.0609	0.2547	0.2597	0.1212	-0.1698	0.006	0.1368	0.0756	0.0646	0.2837	-0.0055	0.33	-38.6131	38.7997	31.2699
2	2.0854	0.0975	0.0967	1.3191	1.7165	3.2327	0.0466	0.1647	-0.0022	-0.0837	0.0653	0.0211	-0.197	-0.0121	-0.1119	0.1053	0.0689	-0.0078	0.1322	0.0017	0.3605	-48.9472	61.3069	9.0118
3	1.4239	-0.1103	0.0806	1.9142	0.3775	1.6109	-0.1144	-0.0065	0.1251	0.0103	0.1425	-0.0385	-0.0094	-0.072	-0.0282	0.0219	0.0431	0.0023	0.1586	0.0232	0.2314	-30.1719	45.8481	20.084
4	3.3493	0.3532	-0.7498	0.2372	0.1445	2.692	-0.0085	-0.3489	-0.0324	0.1421	0.0757	-0.0444	-0.0352	0.038	-0.0672	0.1201	0.0871	-0.0315	0.2276	-0.0157	0.3041	-12.2905	34.894	35.3981
5	2.0407	0.8915	0.7739	2.6719	-0.6647	1.7828	-0.1382	0.053	0.0778	-0.1241	0.0973	0.3348	-0.3789	-0.3219	0.0409	0.1932	-0.0057	-0.0487	0.3079	0.0264	0.2223	-38.6319	33.5846	-17.1813
6	1.4081	-0.302	0.9562	1.8751	0.4837	4.7166	-0.0557	-0.2786	0.0829	0.0992	0.0198	-0.0469	0.0197	-0.0041	0.0359	0.0971	-0.0645	-0.0093	0.1385	0.0454	0.3356	-48.8911	11.0607	5.0352
7	1.6659	0.1553	0.1824	1.0428	0.4199	1.8146	-0.0727	-0.014	-0.1354	0.0043	0.012	0.0129	-0.0025	0.0034	0.0607	0.0109	-0.0304	0.0186	0.1574	0.0291	0.2419	-30.1898	26.5913	-6.0668
8	3.4478	-0.1689	-0.0171	1.4125	-0.9684	1.6442	-0.0965	0.3624	0.0562	-0.1613	0.0403	-0.0657	-0.0858	-0.0379	0.0562	0.081	-0.0641	0.0094	0.1673	0.0156	0.275	-12.2795	37.5412	-21.3687
9	2.1632	-0.0441	0.8237	3.4771	0.1181	0.9006	-0.1447	0.0255	0.0796	0.2816	0.1263	-0.335	-0.1739	0.3303	0.0184	0.1645	0.0602	-0.005	0.3249	-0.0019	0.1502	37.4328	32.8984	31.2103
10	1.1366	1.2683	-0.2047	1.4776	0.265	5.0342	0.0353	-0.042	0.0197	0.0926	0.0206	0.0247	0.1735	0.2269	-0.0559	0.1727	0.0642	-0.035	0.2552	-0.0607	0.4574	48.7677	12.9392	8.7245
11	1.5369	0.1477	0.8631	0.8431	-0.2779	2.0531	-0.134	0.0096	-0.1359	-0.0031	0.1345	-0.1208	0.1937	0.1291	-0.0005	0.0939	0.0626	0.0834	0.1471	-0.0484	0.2967	29.0805	26.1802	19.9541
12	2.6995	-1.2159	-0.1495	1.6186	-0.0023	2.9709	-0.0262	-0.4542	0.1131	0.2223	0.0627	-0.0997	-0.1471	-0.0642	-0.0365	0.0784	0.0378	-0.0243	0.2052	-0.0175	0.309	11.1026	36.7339	35.4527
13	1.3766	1.5238	0.1954	3.1467	0.5448	1.1033	-0.1163	-0.1616	-0.0447	-0.0791	-0.0308	-0.3143	0.1084	0.4951	0.1471	0.1443	-0.0355	0.0049	0.3918	0.0308	0.2673	37.4968	39.468	-17.1609
14	0.4831	-0.9094	0.9813	1.8809	-1.5627	4.5389	0.0525	0.0534	0.0832	-0.2114	0.0969	-0.2213	-0.2998	0.1584	-0.1494	0.1826	-0.0397	0.0113	0.3145	-0.0848	0.4853	48.7053	59.5054	5.2741
15	1.3295	0.1587	-0.408	0.5213	-0.1033	1.6035	-0.0912	0.0209	0.0787	-0.0803	0.1187	-0.0468	-0.1146	0.1346	-0.0276	0.0817	-0.0848	-0.0314	0.1499	-0.0201	0.2832	29.0757	46.2249	-5.8903
16	2.8366	0.4808	-0.3156	1.1688	0.507	1.4396	0.0224	0.5285	-0.0532	-0.2826	0.1267	-0.071	0.0676	0.0078	-0.1491	0.1333	-0.0287	-0.0013	0.1841	0.0283	0.2996	11.1332	35.7475	-21.4176

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 70
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	71 - 167
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	168 - 344
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	345 - 467
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	2 - 70
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	71 - 167
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	168 - 344
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	345 - 467
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	2 - 70
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	71 - 167
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	168 - 344
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	345 - 467
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	2 - 70
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	71 - 167
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	168 - 344
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	345 - 467

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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