PDB-5ws9: Pyruvate kinase (PYK) from Mycobacterium tuberculosis in complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ws9

タイトル

Pyruvate kinase (PYK) from Mycobacterium tuberculosis in complex with Oxalate, ATP and allosteric activator AMP

要素

Pyruvate kinase

キーワード

TRANSFERASE / pyruvate kinase / glycolysis / tetramer / allostery / synergism / phospho transferase

機能・相同性

機能・相同性情報

pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / potassium ion binding / glycolytic process / kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Zhong, W. / Cai, Q. / El Sahili, A. / Lescar, J. / Dedon, P.C.

資金援助

シンガポール, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Allosteric pyruvate kinase-based "logic gate" synergistically senses energy and sugar levels in Mycobacterium tuberculosis.
著者: Zhong, W. / Cui, L. / Goh, B.C. / Cai, Q. / Ho, P. / Chionh, Y.H. / Yuan, M. / Sahili, A.E. / Fothergill-Gilmore, L.A. / Walkinshaw, M.D. / Lescar, J. / Dedon, P.C.

履歴

登録	2016年12月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ws9.cif.gz	747.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ws9.ent.gz	616.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ws9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ws9_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ws9_full_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示
XML形式データ	5ws9_validation.xml.gz	81.6 KB	表示
CIF形式データ	5ws9_validation.cif.gz	119.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/5ws9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/5ws9	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5wrpSC 5ws8C 5wsaC 5wsbC 5wscC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5wsb-d 5wsc-d 6ito-d 3gg8-d 1pky-d 5wsa-d 5ws8-d 4l28-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (13) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (13)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyruvate kinase

B: Pyruvate kinase

C: Pyruvate kinase

D: Pyruvate kinase

ヘテロ分子

208 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.190, 127.190, 144.924
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 472 / Label seq-ID: 5 - 475

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Pyruvate kinase / PK 分子量: 51014.336 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: pyk, pykA, Rv1617, MTCY01B2.09 / プラスミド: pYUB28b-TEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WKE5, pyruvate kinase

#1: タンパク質

Pyruvate kinase / PK

分子量: 51014.336 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: pyk, pykA, Rv1617, MTCY01B2.09 / プラスミド: pYUB28b-TEV / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WKE5, pyruvate kinase

-
非ポリマー , 7種, 1465分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-OXL / OXALATE ION 分子量: 88.019 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂O₄
#4: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE 分子量: 347.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / コメント: AMP*YM
#5: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION 分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE 分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1440 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 13% PEG 8000, 20% glycerol, 50 mM triethanolamine-HCl (TEA) buffer pH 7.2, 100 mM KCl, 50 mM MgCl2, 5 mM oxalate, 5 mM ATP, 5 mM AMP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00004 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→60.54 Å / Num. obs: 206700 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.8 % / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5WRP

5wrp

解像度: 1.9→60.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 7.347 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.123 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22292	10685	5.2 %	RANDOM
R_work	0.19676	-	-	-
obs	0.19812	195933	99.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.261 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.75 Å²	0.37 Å²	0 Å²
2-	-	0.75 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.9→60.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14172	0	269	1440	15881

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	14684
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	14118
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.264	1.994	19993
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.691	3	32527
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.082	5	1888
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.268	23.227	595
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.543	15	2458
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.8	15	149
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	2380
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	16292
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2845
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.704	1.843	7552
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.702	1.843	7551
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.359	2.753	9440
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.36	2.754	9441
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.111	2.243	7132
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.609	2.235	7117
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.756	3.248	10530
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.15	37.988	63820
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.15	37.988	63821
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	29510	0.08
1	2	B	29510	0.08
2	1	A	28912	0.1
2	2	C	28912	0.1
3	1	A	28924	0.1
3	2	D	28924	0.1
4	1	B	28794	0.1
4	2	C	28794	0.1
5	1	B	28912	0.1
5	2	D	28912	0.1
6	1	C	29102	0.1
6	2	D	29102	0.1

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.342	820	-
R_work	0.328	14533	-
obs	-	-	99.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0551	-0.6314	-0.491	1.0193	0.3323	2.217	-0.0941	0.2236	0.4324	-0.1044	-0.0164	-0.047	-0.2297	-0.0748	0.1105	0.1517	0.0772	-0.0362	0.119	0.0662	0.1217	73.796	87.6821	-18.0595
2	1.265	0.6836	-0.0968	2.3794	0.1489	5.5625	0.0188	0.0792	-0.0071	0.1015	-0.0357	-0.0803	0.0273	-0.2048	0.0169	0.1003	0.0143	0.0172	0.1374	0.0149	0.1384	48.7281	85.632	4.1887
3	1.2964	0.0903	0.4196	0.9941	0.2562	1.9902	0.0308	0.0879	-0.0493	0.0145	-0.0844	0.1191	0.1789	-0.0679	0.0535	0.1245	0.0655	0.0206	0.0645	-0.0055	0.0205	71.7387	76.9239	-6.9309
4	2.702	-1.7146	0.7386	2.9686	-0.0345	2.3861	0.1326	0.249	0.0726	-0.178	-0.1362	-0.1096	0.067	0.1327	0.0035	0.1574	0.1416	0.0128	0.1398	0.0114	0.0044	90.2382	66.4151	-22.0726
5	1.279	0.5011	-0.0137	2.6738	-0.5168	2.2717	0.0414	-0.1142	0.1696	0.1362	-0.091	0.3548	-0.1826	-0.173	0.0496	0.17	0.0564	0.0302	0.0585	-0.0267	0.0645	77.9434	90.0775	30.4167
6	2.7699	-0.0118	0.306	1.2751	0.0284	5.8666	0.0784	0.0908	-0.1	0.1103	-0.0628	0.0447	-0.1708	0.1237	-0.0157	0.1356	-0.0117	0.0232	0.0941	0.0038	0.126	92.2331	110.7634	8.1795
7	1.1973	0.1618	0.3564	1.2109	0.2763	1.9761	-0.0117	0.0527	0.0783	0.1098	-0.0265	-0.1001	0.0273	0.1924	0.0382	0.1325	0.0562	0.0067	0.05	0.0187	0.0187	88.2652	86.4642	19.3268
8	1.285	-0.8739	0.2959	3.77	0.4124	2.3517	-0.0321	-0.0866	-0.0633	0.2968	0.0401	0.0934	0.1208	-0.0101	-0.008	0.2443	0.0718	0.0127	0.0392	0.0046	0.0186	88.1337	65.1761	34.4448
9	1.9064	-0.3484	0.579	1.4576	-0.1541	3.2431	0.034	0.1586	-0.3745	-0.0376	-0.0336	-0.0592	0.5391	0.334	-0.0004	0.223	0.157	-0.0022	0.1621	-0.0338	0.0914	117.1286	23.8637	-18.0963
10	2.884	1.0621	-0.6224	2.2376	-1.3482	5.3483	0.1684	0.4957	0.1507	-0.217	0.0002	0.0359	-0.1286	-0.1035	-0.1686	0.2752	0.0944	-0.0525	0.2699	-0.0687	0.2082	140.2528	24.0016	4.631
11	1.2757	-0.0395	-0.0951	1.2431	-0.3278	2.7006	0.1009	0.1042	0.1015	0.0072	-0.1173	-0.1883	-0.0379	0.3725	0.0164	0.1109	0.083	-0.0173	0.1398	-0.0003	0.0426	118.8672	34.3744	-6.709
12	2.7353	-1.717	-0.5	2.9361	-0.039	2.2385	0.1297	0.1719	-0.059	-0.2115	-0.124	0.0803	-0.0741	-0.134	-0.0057	0.1673	0.1285	-0.0088	0.1214	-0.0137	0.0059	100.743	45.1414	-22.1899
13	0.8904	0.2806	0.0958	2.7846	0.6603	3.5206	0.0117	-0.0098	-0.2051	0.2163	-0.0341	-0.3183	0.5781	0.2469	0.0224	0.2898	0.099	-0.0292	0.0696	0.009	0.0774	111.5366	20.6373	30.4896
14	2.9755	0.6972	-1.4744	1.8451	-0.0401	5.4438	0.1742	-0.2434	0.0889	0.4772	-0.0016	0.1439	-0.2234	-0.0526	-0.1726	0.3569	0.0451	-0.0758	0.2114	-0.0177	0.202	99.8803	0.692	7.7208
15	1.2183	0.0353	-0.3577	1.3124	0.0069	2.5719	-0.0094	0.0534	-0.0855	0.1642	0.0046	0.1698	0.3231	-0.2133	0.0048	0.208	0.0258	-0.0119	0.0487	-0.0126	0.0355	101.5726	24.3797	19.1155
16	1.418	-0.7474	-0.5101	3.9175	-0.5325	2.3725	-0.0407	-0.1094	0.0368	0.252	0.0592	-0.0471	-0.1509	-0.0001	-0.0185	0.2302	0.0786	-0.0189	0.0436	0.0032	0.0223	101.2902	45.45	34.537

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 70
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	71 - 167
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	168 - 344
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	345 - 467
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	2 - 70
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	71 - 167
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	168 - 344
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	345 - 467
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	2 - 70
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	71 - 167
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	168 - 344
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	345 - 467
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	2 - 70
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	71 - 167
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	168 - 344
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	345 - 467

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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