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- PDB-6qx4: Structure of the Bacillus anthracis Sap S-layer assembly domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qx4
タイトルStructure of the Bacillus anthracis Sap S-layer assembly domain
要素
  • Nanobody NbAF683
  • Nanobody NbAF694
  • S-layer protein sap
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / S-layer / exoskeleton / bacterial cell surface
機能・相同性
機能・相同性情報


S-layer / extracellular region
類似検索 - 分子機能
SbsA, Ig-like domain / Bacterial Ig-like domain / : / Immunoglobulin-like - #1220 / S-layer homology domain / S-layer homology domain / S-layer homology (SLH) domain profile. / Copper resistance protein CopC/internalin, immunoglobulin-like / Bacterial Ig-like domain (group 2) / Bacterial Ig-like domain 2 ...SbsA, Ig-like domain / Bacterial Ig-like domain / : / Immunoglobulin-like - #1220 / S-layer homology domain / S-layer homology domain / S-layer homology (SLH) domain profile. / Copper resistance protein CopC/internalin, immunoglobulin-like / Bacterial Ig-like domain (group 2) / Bacterial Ig-like domain 2 / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Bacterial Ig-like domain, group 2 / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-layer protein sap
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.27 Å
データ登録者Remaut, H. / Fioravanti, A.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Research Foundation - FlandersG028113N ベルギー
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019
タイトル: Structure of S-layer protein Sap reveals a mechanism for therapeutic intervention in anthrax.
著者: Fioravanti, A. / Van Hauwermeiren, F. / Van der Verren, S.E. / Jonckheere, W. / Goncalves, A. / Pardon, E. / Steyaert, J. / De Greve, H. / Lamkanfi, M. / Remaut, H.
履歴
登録2019年3月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-layer protein sap
B: S-layer protein sap
C: Nanobody NbAF683
D: Nanobody NbAF694
E: Nanobody NbAF683
H: Nanobody NbAF694


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,6716
ポリマ－187,6716
非ポリマー00
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: scanning transmission electron microscopy, TEM confirms 2D lattice formation of the isolated Sap assembly domain, SAXS, SAXS confirms monomeric state of deposited complex, light scattering, ...根拠: scanning transmission electron microscopy, TEM confirms 2D lattice formation of the isolated Sap assembly domain, SAXS, SAXS confirms monomeric state of deposited complex, light scattering, DLS show high MW polymer formation of the isolated Sap protein (chain A, B), and stabilization as monomeric unit when in complex with nanobodies NbAF694 and Nb683
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10170 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area80680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.230, 79.910, 81.230
Angle α, β, γ (deg.)88.660, 82.000, 85.590
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 S-layer protein sap / Surface array protein / Surface layer protein


分子量: 64771.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Protein fragment corresponding to the S-layer assembly domain of the B. anthracis surface array protein Sap
由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: sap, BA_0885, GBAA_0885, BAS0841 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P49051
#2: 抗体 Nanobody NbAF683


分子量: 14150.650 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): WK6
#3: 抗体 Nanobody NbAF694


分子量: 14913.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): WK6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M SPG (2-Amino-2-(hydroxymethyl) propane-1,3-diol) buffer at pH 6.0, and 25 % w/v polyethylene glycol 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96858 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96858 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.27→80.44 Å / Num. obs: 26634 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 72.64 Å2 / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.206 / Rpim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 4.4
反射 シェル解像度: 3.27→3.37 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.518 / Num. unique obs: 2339 / CC1/2: 0.74 / Rpim(I) all: 0.392 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSJan 26, 2018 (BUILT 20180808)データ削減
autoPROC1.0.5データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6HHU

6hhu


解像度: 3.27→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.474
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 1312 4.93 %RANDOM
Rwork0.173 ---
obs0.175 26634 93.6 %-
原子変位パラメータBiso max: 198.37 Å2 / Biso mean: 76.73 Å2 / Biso min: 6.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.105 Å2-1.9073 Å21.5985 Å2
2--3.0026 Å2-0.7963 Å2
3---3.1024 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.36 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.27→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12539 0 0 28 12567
Biso mean---31.9 -
残基数----1662
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4467SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2147HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it12707HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1726SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact13578SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d12707HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg17201HARMONIC21.33
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.74
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.86
LS精密化 シェル解像度: 3.27→3.4 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2671 122 4.95 %
Rwork0.212 2343 -
all0.2147 2465 -
obs--76.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.4177-1.3032-0.34054.47390.84362.7258-0.2193-0.42740.0265-0.26320.2168-0.0246-0.12520.15850.0026-0.34660.00740.0149-0.1025-0.0340.020137.4387-0.534159.6477
25.9553-0.31782.63174.17971.9567.56460.09280.1940.9232-0.5497-0.2984-0.0773-0.9226-0.37720.2057-0.25570.0208-0.0146-0.19970.1037-0.060613.202511.989445.9915
33.1184-0.06421.112310.30651.68331.93650.17480.22720.16771.1859-0.3347-0.1670.48390.19740.15980.010.08210.1771-0.1741-0.1016-0.120113.4065-26.503840.2947
43.4587-1.180.16221.24780.50792.38280.10730.5044-0.1235-0.3853-0.178-0.1837-0.4460.18650.0707-0.0867-0.01840.1988-0.30140.0835-0.132837.1787-68.498833.7463
51.86080.55240.860110.11894.20132.97160.03070.18440.03790.4862-0.02060.46480.0551-0.3677-0.0102-0.11940.06340.1420.0690.0183-0.19394.2826-47.730824.228
67.06610.3346-0.362.87160.274.2404-0.0472-0.4137-0.180.1048-0.33030.2885-0.4222-0.2590.3775-0.2198-0.03170.0595-0.0289-0.0306-0.15531.5828-56.75123.758
75.89622.88385.0238.19714.00545.7672-0.2360.05450.3442-0.3592-0.2927-0.3552-1.32440.29550.52870.3488-0.3518-0.11-0.17720.226-0.393652.2133-40.1308-10.8634
82.36620.47242.20274.7560.80974.6049-0.1870.14620.1958-0.75390.26270.2880.398-0.193-0.0758-0.1273-0.1857-0.0672-0.1802-0.0364-0.191854.0502-35.393827.5854
93.995-0.2604-1.25883.46690.89872.5032-0.0752-0.03380.12190.3306-0.06270.6871-0.1146-0.49450.1379-0.12180.07970.1883-0.22160.0463-0.259634.7348-29.843172.8337
101.45221.50860.18353.6835.3027.06640.2636-0.21220.06870.10140.1459-0.44150.27620.1937-0.4095-0.22890.0122-0.0797-0.2180.0229-0.027164.8443-18.931547.625
11-0.2672-1.09710.05521.03490.2795.1985-0.2539-1.1767-0.4090.5936-0.12880.36160.36180.110.3827-0.16420.11820.2420.3576-0.0019-0.001115.0584-2.693275.5753
126.81820.5076-0.28411.50960.06335.8611-0.1583-1.0905-0.97020.2316-0.15350.43920.89760.06410.3118-0.3758-0.06390.1544-0.0540.19410.001112.1684-8.60167.554
136.3106-4.1254-0.595110.7263-4.25144.1641-0.3863-0.8785-0.65750.53990.27810.21580.49280.47110.1082-0.2879-0.05040.0617-0.00510.1466-0.109719.8223-5.765167.3776
149.6051-0.392-0.02243.2253-0.56795.77290.0871-0.54440.49050.0325-0.1215-0.3267-0.22380.07270.0345-0.303-0.05520.0763-0.1158-0.18070.010362.70583.392966.2917
158.2848-1.20710.1577.31973.61522.65890.1019-0.96420.84550.22030.0942-0.31850.04540.2294-0.1961-0.37450.0303-0.00580.095-0.1789-0.061263.19115.984572.3838
164.65821.10380.05064.82712.6181-0.17830.04610.0599-0.1509-0.00750.0948-0.1383-0.0945-0.0543-0.1409-0.3343-0.05550.1344-0.0524-0.0763-0.05360.5059-1.071561.4779
17-0.2467-2.54330.48692.6776-1.74740.6173-0.1955-0.0983-0.7901-0.03720.0503-0.08330.28210.16790.1452-0.0843-0.0211-0.0015-0.03450.07630.244856.7298-69.12983.6715
186.3996-2.02552.39431.38930.38555.0548-0.1849-0.4825-0.41020.12180.0986-0.0763-0.09250.87670.0863-0.1893-0.08440.03220.01190.1466-0.194258.342-60.60559.3691
194.045-0.19270.00220.4657-2.29598.60770.0178-0.4873-0.08130.22850.1810.2205-0.08010.2546-0.1989-0.1654-0.1212-0.0077-0.05820.1068-0.101350.6859-61.9777.0745
2010.26110.1369-4.9665.62732.82887.4091-0.14931.1376-0.836-0.467-0.04420.15880.5365-0.76670.1934-0.35740.01910.04290.0576-0.3974-0.18877.0779-66.00961.7926
219.83212.0225-3.727410.3174.07655.0802-0.12731.0537-0.98460.30220.01490.06230.8612-0.410.1124-0.2077-0.14050.21040.308-0.3157-0.18117.0914-72.0954-0.871
227.3610.1045-4.402-0.02231.176311.5531-0.06770.3169-0.16030.10480.03350.1719-0.0319-0.45460.0342-0.47910.16810.0086-0.1463-0.2219-0.27058.963-61.07136.2199
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|216 - A|298 }A216 - 298
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|299 - A|386 }A299 - 386
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|387 - A|492 }A387 - 492
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|493 - A|708 }A493 - 708
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|709 - A|808 }A709 - 808
6X-RAY DIFFRACTION6{ B|216 - B|298 }B216 - 298
7X-RAY DIFFRACTION7{ B|299 - B|386 }B299 - 386
8X-RAY DIFFRACTION8{ B|387 - B|492 }B387 - 492
9X-RAY DIFFRACTION9{ B|493 - B|708 }B493 - 708
10X-RAY DIFFRACTION10{ B|709 - B|808 }B709 - 808
11X-RAY DIFFRACTION11{ C|1 - C|27 }C1 - 27
12X-RAY DIFFRACTION12{ C|28 - C|87 }C28 - 87
13X-RAY DIFFRACTION13{ C|88 - C|119 }C88 - 119
14X-RAY DIFFRACTION14{ D|1 - D|63 }D1 - 63
15X-RAY DIFFRACTION15{ D|64 - D|90 }D64 - 90
16X-RAY DIFFRACTION16{ D|91 - D|123 }D91 - 123
17X-RAY DIFFRACTION17{ E|1 - E|27 }E1 - 27
18X-RAY DIFFRACTION18{ E|28 - E|87 }E28 - 87
19X-RAY DIFFRACTION19{ E|88 - E|119 }E88 - 119
20X-RAY DIFFRACTION20{ H|1 - H|63 }H1 - 63
21X-RAY DIFFRACTION21{ H|64 - H|90 }H64 - 90
22X-RAY DIFFRACTION22{ H|91 - H|123 }H91 - 123

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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