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- PDB-6qwu: 4'-phosphopantetheinyl transferase PptAb from Mycobacterium absce... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qwu
タイトル4'-phosphopantetheinyl transferase PptAb from Mycobacterium abscessus at pH 5.5 with Mn2+ and CoA.
要素Possible 4'-phosphopantetheinyl transferase
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


enterobactin synthetase complex / enterobactin biosynthetic process / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Enterobactin synthetase-like, component D / 4'-phosphopantetheinyl transferase, N-terminal domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase N-terminal domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain superfamily / 4'-phosphopantetheinyl transferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Possible 4'-phosphopantetheinyl transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacteroides abscessus ATCC 19977 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Nguyen, M.C. / Mourey, L. / Pedelacq, J.D.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-16-CE18-0011-01 フランス
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: Conformational flexibility of coenzyme A and its impact on the post-translational modification of acyl carrier proteins by 4'-phosphopantetheinyl transferases.
著者: Nguyen, M.C. / Saurel, O. / Carivenc, C. / Gavalda, S. / Saitta, S. / Tran, M.P. / Milon, A. / Chalut, C. / Guilhot, C. / Mourey, L. / Pedelacq, J.D.
履歴
登録2019年3月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月11日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Possible 4'-phosphopantetheinyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4396
ポリマ－25,4321
非ポリマー1,0075
水5,945330
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2070 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area10280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.652, 61.918, 66.699
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Possible 4'-phosphopantetheinyl transferase


分子量: 25432.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacteroides abscessus ATCC 19977 (バクテリア)
遺伝子: MAB_3117c / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B1MD73

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非ポリマー , 5種, 335分子

#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.56 % / 解説: crystal
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris 25 % PEG3350 0.2 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→45.38 Å / Num. obs: 45439 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / Num. unique obs: 4151 / CC1/2: 0.648

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PHASER位相決定
TRUNCATEデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4u89

4u89


解像度: 1.4→45.379 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1838 1939 4.28 %
Rwork0.1638 82628 -
obs0.1646 45429 98.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 78.11 Å2 / Biso mean: 24.2464 Å2 / Biso min: 10.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→45.379 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1685 0 100 330 2115
Biso mean--18.97 33.25 -
残基数----219
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.4-1.41840.40111370.3577276286
1.4184-1.43790.33891240.3361293692
1.4379-1.45840.32071260.3203317297
1.4584-1.48020.35851700.30063208100
1.4802-1.50330.27021460.28223212100
1.5033-1.5280.29381470.25323248100
1.528-1.55430.3041170.23383210100
1.5543-1.58260.21961690.22123236100
1.5826-1.6130.21721350.19873237100
1.613-1.64590.25591530.19093217100
1.6459-1.68170.19741350.18643242100
1.6817-1.72080.16251510.17223240100
1.7208-1.76390.2391330.17053199100
1.7639-1.81160.17261540.16833252100
1.8116-1.86490.16261330.16243231100
1.8649-1.92510.22121490.1553317499
1.9251-1.99390.17121270.152324099
1.9939-2.07370.16931520.1435319399
2.0737-2.16810.17631520.1526315698
2.1681-2.28240.16391250.1466313297
2.2824-2.42540.19351350.1477311296
2.4254-2.61260.16171570.1434311196
2.6126-2.87550.14431400.1483229100
2.8755-3.29150.15571520.14623216100
3.2915-4.14650.14571410.1363236100
4.1465-45.3790.16981320.14283227100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.01564.2539-6.62322.0338-3.95347.79480.2215-0.67760.45060.3884-0.0976-0.1078-0.59380.4458-0.11250.1974-0.02080.00290.2172-0.02280.1955-25.92849.89912.9525
24.4190.46640.48734.4024-0.83292.4239-0.0328-0.0818-0.4684-0.0965-0.0411-0.25740.3650.19560.06830.16260.03730.02640.1787-0.00460.1065-18.6184-10.48866.1883
32.5939-1.2119-1.1164.16162.58844.2161-0.0251-0.0377-0.00180.08880.0699-0.0460.25660.1006-0.05810.10610.0124-0.00230.13330.04120.0688-26.7019-7.09086.6316
41.82060.353-0.66780.4867-0.70992.6334-0.00430.11260.0147-0.066-0.0175-0.00010.03060.03210.02010.12980.01280.0020.091-0.00850.13-28.00191.1341-11.769
53.45351.42381.00511.70150.75312.19280.0412-0.06630.18150.0605-0.04060.1485-0.0235-0.3535-0.00270.1130.02720.00120.1502-0.00130.1202-40.25914.3501-12.0611
65.4160.3164-1.43783.7443-0.41193.5574-0.0157-0.28620.34730.14020.00210.1137-0.2092-0.03240.01160.12370.0065-0.00230.0688-0.00650.0874-28.80688.001-5.9727
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 17 )A5 - 17
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 18 through 42 )A18 - 42
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 43 through 83 )A43 - 83
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 84 through 176 )A84 - 176
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 177 through 199 )A177 - 199
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 200 through 221 )A200 - 221

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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