PDB-6qwd: Crystal structure of KPC-3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qwd

タイトル

Crystal structure of KPC-3

要素

Beta-lactamase

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / antibiotic resistance / serine beta-lactamase

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Tooke, C.L. / Hinchliffe, P. / Spencer, J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2019
タイトル: Molecular Basis of Class A beta-Lactamase Inhibition by Relebactam.
著者: Tooke, C.L. / Hinchliffe, P. / Lang, P.A. / Mulholland, A.J. / Brem, J. / Schofield, C.J. / Spencer, J.

履歴

登録	2019年3月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qwd.cif.gz	181.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qwd.ent.gz	147 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qwd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6qwd_validation.pdf.gz	444.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qwd_full_validation.pdf.gz	444.6 KB	表示
XML形式データ	6qwd_validation.xml.gz	14.9 KB	表示
CIF形式データ	6qwd_validation.cif.gz	22.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/6qwd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/6qwd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6qw7C 6qw8C 6qw9C 6qwaC 6qwbC 6qwcC 6qweC 5ul8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5oyo-1 1rjk-d 6cyn-5 4c3q-d 3w4p-d 1bza-d 1rhr-d 3lum-1 6h2g-2 5eec-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (3) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

31.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.006, 78.624, 56.008
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-305- SO4
2	1	A-481- HOH

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 30831.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: pUCLAKPC1_410 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) 参照: UniProt: A0A220QIS6, UniProt: Q9F663*PLUS, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.59 %
結晶化	温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.0 M Ammonium sulphate, 5% ethanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.78 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.78 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→32.88 Å / Num. obs: 83425 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / R_pim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 1.2→1.22 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4118 / R_pim(I) all: 0.566

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5UL8

5ul8

解像度: 1.2→32.177 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.44

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1579	4198	5.03 %
R_work	0.143	-	-
obs	0.1437	83425	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→32.177 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2001	0	37	306	2344

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2251
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.007	3091
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.701	816
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	339
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	408

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2-1.2136	0.2695	135	0.2503	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2136-1.2279	0.2604	129	0.2477	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2279-1.2429	0.2401	145	0.239	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2429-1.2586	0.2772	134	0.2305	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2586-1.2752	0.218	123	0.2268	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2752-1.2927	0.2417	138	0.2197	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2927-1.3111	0.2113	144	0.2077	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3111-1.3307	0.2029	143	0.1972	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3307-1.3515	0.2059	143	0.1957	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3515-1.3736	0.193	137	0.1881	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3736-1.3973	0.2038	145	0.1873	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3973-1.4227	0.1918	123	0.1749	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4227-1.4501	0.1941	134	0.1674	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4501-1.4797	0.1545	162	0.1537	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4797-1.5119	0.1626	149	0.1491	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5119-1.547	0.1602	133	0.1456	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
1.547-1.5857	0.1538	127	0.1444	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5857-1.6286	0.1753	141	0.1403	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6286-1.6765	0.1635	143	0.1326	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6765-1.7306	0.1651	132	0.1315	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7306-1.7925	0.1439	160	0.1295	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7925-1.8643	0.1388	126	0.1279	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8643-1.9491	0.1354	126	0.1229	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9491-2.0518	0.1281	140	0.1145	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0518-2.1804	0.1179	144	0.1142	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1804-2.3487	0.1193	165	0.1134	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3487-2.5849	0.1428	143	0.1162	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5849-2.9587	0.1477	155	0.1201	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9587-3.7268	0.1427	140	0.1274	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7268-32.1885	0.162	139	0.1499	2863	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6784	0.7993	-0.4891	7.5091	-3.9882	6.2378	-0.0331	0.4035	-0.0062	-0.6158	-0.0383	-0.0573	0.1491	0.1508	0.0857	0.1452	-0.0061	0.0049	0.1834	-0.0364	0.1152	11.5523	10.2081	-4.2769
2	2.3382	1.0519	-0.7418	1.8719	-0.6508	2.2278	-0.007	0.214	0.15	-0.0714	-0.0029	0.0287	-0.1048	-0.0142	-0.0021	0.0603	0.0046	-0.0094	0.0873	0.0147	0.0686	8.8129	18.1671	2.4762
3	1.7342	0.3499	1.3582	2.5371	-0.6942	3.4053	-0.177	-0.1801	0.2302	0.1595	0.0186	0.0374	-0.5608	-0.0439	0.1317	0.0983	0.0066	0.0006	0.1186	-0.0378	0.1049	14.3439	26.9826	28.2751
4	3.3694	0.4208	1.2947	2.2044	-0.3374	4.5966	0.0779	-0.0328	-0.176	0.032	-0.002	0.0028	0.1935	0.0641	-0.0828	0.0664	-0.0039	-0.0106	0.1246	-0.0053	0.0816	20.2489	15.3786	31.4556
5	5.0648	-3.8006	2.9157	3.5315	-2.6917	2.5924	-0.1366	-0.2771	0.1815	0.1567	0.0761	-0.0957	-0.1362	-0.0832	0.0779	0.1001	-0.0111	-0.0022	0.1019	-0.0291	0.1004	7.1674	23.4633	25.8829
6	1.2198	0.1772	-0.1432	0.5398	-0.0843	0.6305	0.0179	-0.0325	0.0732	0.01	-0.0219	-0.0417	-0.0499	0.051	0.0031	0.068	-0.01	-0.0007	0.0729	-0.0005	0.0667	13.9559	19.6231	14.1574
7	4.7663	5.0056	-2.1812	8.0802	-2.9945	1.4687	-0.0616	0.1014	-0.0126	-0.1051	0.0595	0.027	0.0512	-0.0043	-0.006	0.062	-0.0057	-0.0096	0.0795	-0.0074	0.0173	13.2568	11.6129	7.4598
8	0.9576	2.1689	-2.203	6.446	-5.4604	5.5847	-0.0911	0.0745	-0.0454	-0.1932	-0.1352	-0.4155	0.0896	0.2545	0.2652	0.0881	0.0011	0.0226	0.1404	0.0012	0.1196	20.2832	14.1494	-0.4711

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 25 through 41 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 42 through 68 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 69 through 98 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 99 through 131 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 132 through 155 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 156 through 251 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 252 through 275 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 276 through 294 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)