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- PDB-6qw4: Engineered streptavidin variant (ACGR) in complex with the Strep-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qw4
タイトルEngineered streptavidin variant (ACGR) in complex with the Strep-tag II peptide
要素
  • Strep-tag II peptide
  • Streptavidin
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / LOOP ENGINEERING / PROTEIN ENGINEERING / STREP-TAG / STREPTAVIDIN
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / : / Avidin / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin ...Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / : / Avidin / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces avidinii (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Skerra, A. / Eichinger, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: The Role of Changing Loop Conformations in Streptavidin Versions Engineered for High-affinity Binding of the Strep-tag II Peptide.
著者: Schmidt, T.G.M. / Eichinger, A. / Schneider, M. / Bonet, L. / Carl, U. / Karthaus, D. / Theobald, I. / Skerra, A.
履歴
登録2019年3月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_abbrev / _citation.title
改定 2.02021年5月12日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / citation / citation_author / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id ..._atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_refine_tls.origin_x / _pdbx_refine_tls.origin_y / _pdbx_refine_tls.origin_z / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Streptavidin
P: Strep-tag II peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6952
ポリマ－14,6952
非ポリマー00
水1,02757
1
A: Streptavidin
P: Strep-tag II peptide

A: Streptavidin
P: Strep-tag II peptide

A: Streptavidin
P: Strep-tag II peptide

A: Streptavidin
P: Strep-tag II peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7808
ポリマ－58,7808
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation15_555y,x,-z1
Buried area13410 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area20300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.160, 57.160, 175.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-229-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Streptavidin


分子量: 13359.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: engineered protein
由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22629
#2: タンパク質・ペプチド Strep-tag II peptide


分子量: 1335.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide SAWSHPQFEK carries an anthraniloyl/2-aminobenzoyl (BE2) group at the N-terminus and an amide group at the C-terminus.
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: lithium sulfate, 4-(2-Hydroxyethyl)piperazine-1-ethanesulfonic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月12日 / 詳細: Si mirror
放射モノクロメーター: Si 111 Double-Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→54.337 Å / Num. obs: 8934 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10 % / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.123 / Rsym value: 0.117 / Net I/av σ(I): 4.8 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
2.1-2.2110.30.36212610.1170.3790.36100
2.21-2.35100.3431.612000.1180.3630.343100
2.35-2.5110.20.2353.111440.0770.2480.235100
2.51-2.7110.10.183.810570.0590.1890.18100
2.71-2.9710.20.1036.99850.0340.1090.103100
2.97-3.3210.10.071108980.0230.0740.071100
3.32-3.839.90.0877.18080.0290.0910.087100
3.83-4.79.80.0857.26830.0280.090.085100
4.7-6.649.50.0529.85540.0170.0550.052100
6.64-36.6968.30.03513.83440.0120.0370.03599.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.1 Å36.7 Å
Translation2.1 Å36.7 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLM7.0.9データ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
REFMAC5.8.0230精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RST

1rst


解像度: 2.1→36.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 9.795 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.178
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2397 423 4.7 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.2018 8486 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 57.76 Å2 / Biso mean: 20.896 Å2 / Biso min: 8.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.19 Å2-0 Å2
3----0.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→36.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数963 0 1 57 1021
Biso mean--43.39 27.05 -
残基数----128
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.014995
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.018837
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6211.6631361
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0651.6551949
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8755128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.45621.91547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.12415136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.702155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2135
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021154
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02210
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 35 -
Rwork0.145 592 -
all-627 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4326-0.4153-0.04410.5661-0.18670.32140.0296-0.03460.067-0.07970.0191-0.03570.06990.0297-0.04860.02070.0089-0.0060.0197-0.01210.016515.2163.986-2.896
23.26011.04030.45816.0370.72150.12320.04460.4475-0.61-0.42210.0678-0.2564-0.03910.0528-0.11240.0660.01880.0210.0899-0.06670.144313.322-0.588-15.079
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A15 - 135
2X-RAY DIFFRACTION2P4 - 10
3X-RAY DIFFRACTION2P101

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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