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万見
- PDB-6qvw: Solution structure of the free FOXO1 DNA binding domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qvw
タイトルSolution structure of the free FOXO1 DNA binding domain
要素Forkhead box protein O1
キーワードTRANSCRIPTION / FOXO1 / trasncription factor / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to hyperoxia / regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / AKT-mediated inactivation of FOXO1A / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / AKT phosphorylates targets in the nucleus / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / regulation of neural precursor cell proliferation / neuronal stem cell population maintenance / response to fatty acid / negative regulation of stress-activated MAPK cascade ...cellular response to hyperoxia / regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / AKT-mediated inactivation of FOXO1A / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / AKT phosphorylates targets in the nucleus / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / regulation of neural precursor cell proliferation / neuronal stem cell population maintenance / response to fatty acid / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / regulation of reactive oxygen species metabolic process / cellular response to cold / FOXO-mediated transcription of cell death genes / temperature homeostasis / protein acetylation / negative regulation of fat cell differentiation / blood vessel development / fat cell differentiation / intracellular glucose homeostasis / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / Regulation of gene expression in beta cells / Regulation of localization of FOXO transcription factors / cellular response to nitric oxide / canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of insulin secretion / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / positive regulation of autophagy / energy homeostasis / positive regulation of gluconeogenesis / cellular response to starvation / protein phosphatase 2A binding / promoter-specific chromatin binding / MAPK6/MAPK4 signaling / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / chromatin DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / beta-catenin binding / cellular response to insulin stimulus / autophagy / positive regulation of protein catabolic process / insulin receptor signaling pathway / cellular response to oxidative stress / gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / sequence-specific DNA binding / nucleic acid binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of apoptotic process / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / ubiquitin protein ligase binding / chromatin / negative regulation of apoptotic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / FOXO protein, KIX-binding domain / KIX-binding domain of forkhead box O, CR2 / FOXO protein, transactivation domain / Transactivation domain of FOXO protein family / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 ...: / FOXO protein, KIX-binding domain / KIX-binding domain of forkhead box O, CR2 / FOXO protein, transactivation domain / Transactivation domain of FOXO protein family / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Forkhead box protein O1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Psenakova, K. / Obsil, T. / Veverka, V. / Obsilova, V. / Kohoutova, K.
引用ジャーナル: Cells / 年: 2019
タイトル: Forkhead Domains of FOXO Transcription Factors Differ in both Overall Conformation and Dynamics.
著者: Psenakova, K. / Kohoutova, K. / Obsilova, V. / Ausserlechner, M.J. / Veverka, V. / Obsil, T.
履歴
登録2019年3月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: citation / database_2 / pdbx_database_status
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Forkhead box protein O1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2151
ポリマ－13,2151
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10180 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Forkhead box protein O1 / Forkhead box protein O1A / Forkhead in rhabdomyosarcoma


分子量: 13214.915 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FOXO1, FKHR, FOXO1A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold pLysS AG / 参照: UniProt: Q12778

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D HN(CA)CB
121isotropic13D CBCA(CO)NH
131isotropic13D HNCO
141isotropic13D HN(CA)CO
151isotropic13D HBHA(CO)NH
161isotropic13D (H)CCH-TOCSY
171isotropic23D N-edited NOESY
181isotropic23D C-edited NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 380 uM [U-13C; U-15N] FOXO1 DBD, 20 mM sodium phosphate, 50 mM potassium chloride, 2 mM TCEP, 100 % n/a n/a, 90% H2O/10% D2O
Label: CN / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
380 uMFOXO1 DBD[U-13C; U-15N]1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
50 mMpotassium chloridenatural abundance1
2 mMTCEPnatural abundance1
試料状態イオン強度: 70 mM / Label: c1 / pH: 6.5 / 圧: 1 bar / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8502

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
SparkyGoddard, NMRFAMchemical shift assignment
YASARAYASARA精密化
TopSpinBruker Biospin解析
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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