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- PDB-6qup: Structural signatures in EPR3 define a unique class of plant carb... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qup
タイトルStructural signatures in EPR3 define a unique class of plant carbohydrate receptors
要素
  • LysM type receptor kinase
  • Nanobody 186 (Nb186)
キーワードPLANT PROTEIN / LysM Protein / Nitrogen Fixation / Plant Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020 / protein kinase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
LysM domain superfamily / LysM domain profile. / LysM domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. ...LysM domain superfamily / LysM domain profile. / LysM domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / LysM type receptor kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Lotus japonicus (エボシグサ)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.871 Å
データ登録者Wong, J.E. / Gysel, K. / Birkefeldt, T.G. / Vinther, M. / Muszynski, A. / Azadi, P. / Laursen, N.S. / Sullivan, J.T. / Ronson, C.W. / Stougaard, J. / Andersen, K.R.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural signatures in EPR3 define a unique class of plant carbohydrate receptors.
著者: Wong, J.E.M.M. / Gysel, K. / Birkefeldt, T.G. / Vinther, M. / Muszynski, A. / Azadi, P. / Laursen, N.S. / Sullivan, J.T. / Ronson, C.W. / Stougaard, J. / Andersen, K.R.
履歴
登録2019年2月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月19日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _struct.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LysM type receptor kinase
B: Nanobody 186 (Nb186)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,93210
ポリマ－37,2822
非ポリマー6508
水3,045169
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3700 Å2
ΔGint25 kcal/mol
Surface area14130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.822, 36.083, 72.661
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.920, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 抗体 / 糖 , 3種, 3分子 AB

#1: タンパク質 LysM type receptor kinase


分子量: 23294.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lotus japonicus (エボシグサ) / 遺伝子: LYS3 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: D3KU53
#2: 抗体 Nanobody 186 (Nb186)


分子量: 13987.544 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 細胞株 (発現宿主): LOBSTR / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 176分子

#4: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.76 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Sodium Citrate pH 5.5, 20% PEG 4000, 18% 2-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→72.491 Å / Num. obs: 25177 / % possible obs: 96.94 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 28.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 15.96
反射 シェル解像度: 1.87→1.94 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 1.94 / Num. unique obs: 2151 / % possible all: 81.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EBZ

4ebz


解像度: 1.871→72.491 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 23.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2102 2000 7.95 %
Rwork0.1628 23173 -
obs0.1666 25173 96.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 145.04 Å2 / Biso mean: 45.2955 Å2 / Biso min: 19.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.871→72.491 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2342 0 103 170 2615
Biso mean--92.7 44.53 -
残基数----301
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8711-1.91790.34241130.2857138582
1.9179-1.96970.28681480.243153693
1.9697-2.02770.23781300.1997168499
2.0277-2.09320.23641440.2031163998
2.0932-2.1680.2841420.1971168199
2.168-2.25480.22881520.1849171099
2.2548-2.35740.22111450.1742162698
2.3574-2.48170.24451410.1746169699
2.4817-2.63720.21851500.1644168399
2.6372-2.84080.2511400.1713170499
2.8408-3.12670.21421390.1648168899
3.1267-3.57910.19051530.1413167998
3.5791-4.50930.17791500.1317171799
4.5093-72.490.17851530.1544174598
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.23710.12861.06442.60340.33753.8091-0.045-0.2640.0660.19410.04580.07750.0222-0.12440.020.30730.00550.00960.2001-0.02630.223359.55557.405124.4215
26.0707-0.8299-0.7381.18440.34952.7635-0.0112-0.2294-0.04670.06670.1155-0.09590.08660.1512-0.09910.31540.0232-0.00740.1917-0.00330.177761.273-0.377524.1877
34.2449-3.04055.89983.2202-5.058.91870.79410.8628-0.9998-0.5264-0.04640.05930.76520.6647-0.4960.42750.0009-0.03270.4068-0.13260.351748.5605-9.7241-0.6754
44.0301-1.3012-0.22741.88231.96292.42150.23650.2868-0.326-0.4227-0.13090.5906-0.0442-0.2278-0.01460.283-0.0288-0.01820.25510.01520.188536.87712.4479-4.4701
54.4896-0.81370.9735.9728-1.16714.09810.21990.0534-0.54510.2435-0.1154-0.13210.4264-0.0009-0.01370.3194-0.0149-0.01450.1933-0.02240.230547.4796-3.74675.8496
66.56544.4587-6.06465.2844-6.95249.6347-0.06530.14290.12990.1134-0.1599-0.3791-0.39510.33260.14960.3184-0.0364-0.00040.26980.03180.217648.92767.21572.6828
75.6534-1.14090.64646.7175-6.32248.66420.0669-0.28180.03690.42990.27820.0164-0.2825-0.45-0.36230.36340.00620.01950.24760.0060.188541.92741.722813.641
85.5121.060.83211.44851.61664.59320.2239-0.2967-0.25360.6312-0.2255-0.16560.1424-0.26330.01280.2904-0.03360.00860.27290.03580.1937.6081.24445.1102
93.8591-2.56440.1835.5645-3.72786.67110.14150.3490.5154-0.1559-0.4071-0.4388-0.21030.13930.34190.2355-0.0887-0.03980.209-0.01030.211843.79676.5943-0.6957
105.3473-5.59964.57967.9911-6.67265.98750.13680.48880.2152-0.188-0.2302-0.1713-0.00740.38190.01340.2671-0.03360.01860.2661-0.01120.25348.77550.443-0.2295
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 36 through 116 )A36 - 116
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 117 through 217 )A117 - 217
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1 through 8 )B1 - 8
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 9 through 27 )B9 - 27
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 28 through 40 )B28 - 40
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 41 through 53 )B41 - 53
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 54 through 60 )B54 - 60
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 61 through 83 )B61 - 83
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 84 through 99 )B84 - 99
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 100 through 119 )B100 - 119

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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