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- PDB-6qua: The complex structure of hsRosR-SG (vng0258/RosR-SG) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qua
タイトルThe complex structure of hsRosR-SG (vng0258/RosR-SG)
要素
  • (DNA (28-MER)) x 2
  • hsRosR-DNA binding protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Halophiles / wHTH DNA binding protein / RosR / High salt medium / Protein-DNA interactions
機能・相同性Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / metal ion binding / : / DNA / DNA (> 10) / PadR family transcription regulator RosR
機能・相同性情報
生物種Halobacterium salinarum (好塩性)
Halobacterium salinarum NRC-1 (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.681 Å
データ登録者Shaanan, B. / Kutnowski, N.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号国
Israel Science Foundation1382/13 イスラエル
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Specificity of protein-DNA interactions in hypersaline environment: structural studies on complexes of Halobacterium salinarum oxidative stress-dependent protein hsRosR.
著者: Kutnowski, N. / Shmulevich, F. / Davidov, G. / Shahar, A. / Bar-Zvi, D. / Eichler, J. / Zarivach, R. / Shaanan, B.
履歴
登録2019年2月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.02019年10月2日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_asym / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.label_entity_id / _cell.Z_PDB ..._atom_site.label_entity_id / _cell.Z_PDB / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_src_syn.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq.ref_id
改定 2.12019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hsRosR-DNA binding protein
B: hsRosR-DNA binding protein
C: hsRosR-DNA binding protein
D: hsRosR-DNA binding protein
E: DNA (28-MER)
F: DNA (28-MER)
G: DNA (28-MER)
H: DNA (28-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,16525
ポリマ－87,6978
非ポリマー1,46917
水91951
1
A: hsRosR-DNA binding protein
B: hsRosR-DNA binding protein
E: DNA (28-MER)
F: DNA (28-MER)
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS, SAXS results indicating that one protein dimer bound a single sequence., gel filtration, The elution volume of the complex indicated that hsRosR binds one DNA molecule as a dimer., ...根拠: SAXS, SAXS results indicating that one protein dimer bound a single sequence., gel filtration, The elution volume of the complex indicated that hsRosR binds one DNA molecule as a dimer., isothermal titration calorimetry, The binding stoichiometry was approximately one, indicating that one protein dimer bound a single sequence.
  • 44.7 kDa, 4 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,68614
ポリマ－43,8484
非ポリマー83710
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: hsRosR-DNA binding protein
D: hsRosR-DNA binding protein
G: DNA (28-MER)
H: DNA (28-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,48011
ポリマ－43,8484
非ポリマー6317
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.279, 84.665, 90.400
Angle α, β, γ (deg.)81.91, 87.13, 75.61
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
hsRosR-DNA binding protein


分子量: 13317.591 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Halobacterium salinarum (strain ATCC 700922 / JCM 11081 / NRC-1) (好塩性)
株: ATCC 700922 / JCM 11081 / NRC-1 / 遺伝子: VNG_0258H / 発現宿主: Haloferax volcanii (古細菌) / 株 (発現宿主): WR341 / 参照: UniProt: Q9HSF4

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 EGFH

#2: DNA鎖 DNA (28-MER)


分子量: 8655.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Halobacterium salinarum NRC-1 (好塩性) / 参照: UniProt: Q9HSF4*PLUS
#3: DNA鎖 DNA (28-MER)


分子量: 8557.502 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Halobacterium salinarum NRC-1 (好塩性)

-
非ポリマー , 3種, 68分子

#4: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.45 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: The complex crystallized from a buffer containing 20 mM HEPES, pH 7, 2 M KCl and 0.02% azide, DNA/hsRosR ratio = 1.83. 2.96 M (NH4)2SO4, 30 mM MnCl2 and 0.02% azide.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.56→45.79 Å / Num. obs: 22780 / % possible obs: 84.4 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.56→2.839 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: The starting model for molecular replacement was VNG0258H/RosR (from KCl; PDB code 6FDH) and a DNA model derived from Mycobacterium tuberculosis MosR (PDB code 4FX4) but with the SG sequence.

6fdh

4fx4


解像度: 2.681→45.79 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 36.8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2893 1082 5.14 %
Rwork0.2381 --
obs0.2407 21032 55.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.681→45.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3644 2296 69 52 6061
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046324
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6349043
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.363568
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0341007
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003782
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6807-2.80270.4387350.388602X-RAY DIFFRACTION13
2.8027-2.95040.3662560.36621217X-RAY DIFFRACTION27
2.9504-3.13520.4073980.35051647X-RAY DIFFRACTION37
3.1352-3.37720.34541160.31552085X-RAY DIFFRACTION47
3.3772-3.71690.33451390.30432492X-RAY DIFFRACTION56
3.7169-4.25450.32151780.25053423X-RAY DIFFRACTION76
4.2545-5.35880.29352340.21844247X-RAY DIFFRACTION95
5.3588-45.79720.21922260.18384237X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.3247-2.6356-3.79456.8121-0.28643.91370.19562.1319-0.0271-2.1746-0.1854-0.57780.11210.1218-0.19921.32660.1772-0.06741.1073-0.20510.612215.1824-15.5854-22.4579
28.0043-2.70460.72115.79710.91972.45750.02620.4843-0.0805-0.3940.3232-0.65430.26090.4744-0.22910.39460.0250.02690.2995-0.04370.239311.2643-18.7108-10.7109
34.47210.5113-3.07241.8471-1.87033.4-0.1736-0.31540.89030.25390.5670.3962-0.14540.1517-0.36440.9990.1391-0.15510.2853-0.0880.727310.3324-27.374-3.4127
44.4148-0.0929-0.02956.929-0.07184.4243-0.4038-0.7692-0.4542-0.04060.52371.04460.1928-0.6578-0.10860.30150.0588-0.02890.48730.25850.6561.456-19.0004-4.9849
52.1464-0.7845-0.22730.91781.29642.3428-0.21440.4451-0.943-0.58230.3957-0.14050.66410.1888-0.25030.8899-0.1625-0.04890.2925-0.19520.72558.2026-27.711-15.7518
66.8052-1.7983-1.70831.1019-0.13280.9735-0.23740.4307-0.4793-1.11730.18410.35170.8544-0.23930.06081.5985-0.0343-0.3820.43460.07231.33095.6044-39.4743-5.0111
75.3472-2.069-0.11153.57731.29934.7624-0.3886-0.0129-0.9006-0.19430.0888-0.26251.16880.16590.34010.95650.23080.19350.2992-0.10370.68113.4099-29.9424-10.0618
81.99981.1904-0.23682.4145-1.77652.8651-0.18250.7344-0-0.6841-0.0301-0.79540.50660.77730.08610.2960.15510.06730.51710.02690.70122.1506-10.3809-13.6043
96.2606-0.0210.46355.2227-2.02653.523-0.0468-0.3211-0.20080.15170.1473-0.1782-0.01350.35840.1344-0.0588-0.0054-0.10920.56790.05230.506622.6337-5.06171.3602
104.542-2.49763.85664.785-4.88536.13360.1737-1.3584-0.72521.12830.14471.4653-0.0696-1.2172-0.39380.5242-0.15060.11270.63880.13180.59063.4197-4.0965-7.9648
114.7669-0.2263-0.57984.331-0.48279.1814-0.2976-0.4099-0.26770.00920.0147-0.29560.00580.73930.2090.2110.1052-0.04110.45550.09760.158612.5983-1.9461-17.6695
126.412-1.67631.08591.7740.4939.2887-0.30321.13140.7661-1.2635-0.1363-0.96160.17561.59680.38590.76010.02720.05820.64250.23720.423817.150.9503-25.1311
134.758-0.5486-0.45021.2609-3.30089.43520.06970.51790.1656-0.53390.22760.2998-0.4461-0.2018-0.06850.7394-0.0977-0.27850.42130.09330.34716.62913.4537-23.9068
141.4756-0.7330.57032.78860.20491.97010.21650.1631-0.0553-0.3730.0232-0.1602-0.24910.35260.1592-0.13790.1442-0.03040.46730.3390.733619.4349-3.8173-9.1644
151.72070.26690.04735.86014.7823.91930.00190.8242-0.3064-0.77710.1662-0.17930.68811.0022-0.12591.06660.3643-0.03150.942-0.0040.29959.3387-11.016216.6123
166.68140.49340.27123.39082.36442.68930.0795-0.27230.86480.7819-0.29420.8846-1.4428-0.47210.15450.69160.05390.07560.2682-0.02430.36282.60865.678514.6277
176.1161-0.0546-0.08592.44152.20892.81420.09590.15320.90690.13020.2497-0.5376-1.03180.526-0.21050.5049-0.13920.01930.4169-0.01910.267714.01995.197710.5107
181.53090.36060.01060.94030.23970.5803-0.02450.0378-0.4734-0.00830.1384-0.40360.20410.4721-0.0580.06460.15310.06150.44120.1340.56720.9635-12.27229.1592
196.8861-2.91370.99643.2546-1.19984.61190.2235-0.018-0.27770.1611-0.04880.0737-0.2384-0.24190.02870.10180.1521-0.02380.43640.30650.6145-15.1454-7.86476.3372
203.28552.6041-0.96237.3351-4.23225.8944-0.2681-0.3285-0.52430.39480.24071.072-0.0653-0.3063-0.34190.43220.10590.21550.6810.38710.5228-2.1558-15.605423.5111
211.23220.15070.14442.5005-0.14193.17850.3484-0.6234-0.43580.7326-0.12530.49670.3741-0.324-0.12660.18910.08840.1370.54790.45590.6888-6.2183-14.277219.9191
222.17610.01040.05532.10660.34371.6666-0.00850.74810.4451-0.7176-0.11460.1801-0.477-0.0568-0.02062.1016-0.03010.0021.4870.79220.996912.837215.1744-45.3393
230.0654-0.19360.35526.56071.63653.1539-0.65341.13570.3805-2.11230.25911.26110.8287-0.5089-0.04121.1021-0.1901-0.29410.80090.27580.63912.95076.2315-32.829
241.95372.48860.78173.17321.00030.344-0.60641.24550.5315-1.19820.25370.636-0.83710.21350.47242.0905-0.1576-0.37021.6261-0.01080.6017-3.7499-11.5343-34.2931
257.03353.382.75622.19280.2124.3626-0.49291.1105-0.3101-1.47410.91921.64051.5854-0.9333-0.23581.0282-0.1929-0.20640.7150.10130.9249-6.6797-21.2419-18.09
264.92492.08250.77513.6756-1.11442.51690.3061-0.1137-0.95820.1180.35831.5359-0.4172-0.0922-0.51452.004-0.2901-0.08290.5930.14031.6385-5.6579-40.2046-5.9909
274.20380.59180.41067.66821.39590.37760.25490.3458-0.3021-0.65430.3042.1041.09-1.0993-0.30490.9529-0.3386-0.31080.71390.06651.3153-7.2458-30.8648-12.6271
282.279-0.62870.35771.3594-0.27710.0837-0.01511.17540.6719-0.8679-0.174-0.1041-0.33140.02860.1011.7495-0.0619-0.11870.83370.21330.42415.46886.3145-37.45
297.79971.3485-1.993.26391.92082.20310.0521-0.88850.76561.4777-0.01260.5015-0.69770.8963-0.15591.4958-0.193-0.21110.5948-0.05730.700615.7315.292622.3944
301.05681.061-1.08681.4505-1.19231.14620.3095-0.6509-0.40360.8607-0.392-0.1390.71010.2280.20411.6696-0.1081-0.00061.3450.85511.19585.9098-25.970939.5409
311.4071-0.1577-0.52771.81680.7793.0870.0468-0.4011-0.37570.718-0.1631-0.04990.99510.30480.42751.4625-0.1465-0.02461.18851.00811.13963.9753-30.785440.3904
323.79340.4173-0.87360.09280.09960.88740.2389-0.6030.8411.0174-0.15480.1109-0.92531.0241-0.05981.7084-0.2892-0.18120.6712-0.07460.514115.93939.988224.1861
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 10 through 16 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 17 through 28 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 29 through 33 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 34 through 49 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 50 through 70 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 71 through 75 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 76 through 81 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 82 through 102 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 103 through 121 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 6 through 16 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 17 through 28 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 29 through 44 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 45 through 72 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 73 through 121 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 11 through 16 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 17 through 49 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 50 through 81 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 82 through 99 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 100 through 122 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 9 through 44 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 45 through 122 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 1 through 5 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 6 through 10 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 11 through 15 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 16 through 20 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 21 through 28 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 1 through 15 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 16 through 28 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'G' and (resid 1 through 15 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'G' and (resid 16 through 28 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'H' and (resid 1 through 10 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'H' and (resid 11 through 28 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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