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- PDB-6qtw: Crystal structure of an Arabidopsis WD40 domain in complex with a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qtw
タイトルCrystal structure of an Arabidopsis WD40 domain in complex with a blue light photoreceptor
要素
  • Cryptochrome-1
  • E3 ubiquitin-protein ligase COP1
キーワードPLANT PROTEIN / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of light stimulus / photoprotection / singlet oxygen-mediated programmed cell death / negative regulation of lateral root development / positive regulation of shade avoidance / positive regulation of systemic acquired resistance / regulation of secondary cell wall biogenesis / regulation of unidimensional cell growth / plant organ development / response to red light ...detection of light stimulus / photoprotection / singlet oxygen-mediated programmed cell death / negative regulation of lateral root development / positive regulation of shade avoidance / positive regulation of systemic acquired resistance / regulation of secondary cell wall biogenesis / regulation of unidimensional cell growth / plant organ development / response to red light / auxin transport / flavin adenine dinucleotide metabolic process / response to absence of light / circadian regulation of calcium ion oscillation / anthocyanin-containing compound metabolic process / response to strigolactone / regulation of meristem growth / response to low fluence blue light stimulus by blue low-fluence system / shade avoidance / positive regulation of flavonoid biosynthetic process / regulation of leaf morphogenesis / blue light signaling pathway / skotomorphogenesis / photoperiodism, flowering / red, far-red light phototransduction / positive regulation of anion channel activity / response to far red light / response to magnetism / phototropism / response to high light intensity / photomorphogenesis / stomatal movement / positive regulation of defense response to bacterium / response to blue light / regulation of stomatal movement / deoxyribodipyrimidine photo-lyase activity / blue light photoreceptor activity / nuclear ubiquitin ligase complex / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / response to water deprivation / entrainment of circadian clock / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / response to UV-B / regulation of reactive oxygen species metabolic process / response to temperature stimulus / entrainment of circadian clock by photoperiod / response to light stimulus / FAD binding / circadian regulation of gene expression / RING-type E3 ubiquitin transferase / regulation of circadian rhythm / PML body / defense response / circadian rhythm / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / kinase activity / regulation of gene expression / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein autophosphorylation / nuclear body / protein kinase activity / protein ubiquitination / DNA repair / protein homodimerization activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cryptochrome C-terminal / Blue/Ultraviolet sensing protein C terminal / Cryptochrome, plant / E3 ubiquitin-protein ligase COP1 / DNA photolyases class 1 signature 2. / Cryptochrome/DNA photolyase class 1, conserved site, C-terminal / DNA photolyases class 1 signature 1. / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase ...Cryptochrome C-terminal / Blue/Ultraviolet sensing protein C terminal / Cryptochrome, plant / E3 ubiquitin-protein ligase COP1 / DNA photolyases class 1 signature 2. / Cryptochrome/DNA photolyase class 1, conserved site, C-terminal / DNA photolyases class 1 signature 1. / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Ring finger / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / E3 ubiquitin-protein ligase COP1 / Cryptochrome-1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.39 Å
データ登録者Hothorn, M. / Lau, K.
資金援助 スイス, 3件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A_175774 スイス
European Communitys Seventh Framework Programme310539 スイス
European Molecular Biology OrganizationALTF 493-2015 スイス
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2019
タイトル: Plant photoreceptors and their signaling components compete for COP1 binding via VP peptide motifs.
著者: Lau, K. / Podolec, R. / Chappuis, R. / Ulm, R. / Hothorn, M.
履歴
登録2019年2月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase COP1
B: Cryptochrome-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8176
ポリマ－38,4292
非ポリマー3884
水5,044280
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1910 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area12610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.620, 55.142, 103.155
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase COP1 / Constitutive photomorphogenesis protein 1 / RING-type E3 ubiquitin transferase COP1


分子量: 37220.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: COP1, At2g32950, T21L14.11
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P43254, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質・ペプチド Cryptochrome-1 / Atcry1 / Blue light photoreceptor / Protein BLUE LIGHT UNINHIBITED 1 / Protein ELONGATED HYPOCOTYL ...Atcry1 / Blue light photoreceptor / Protein BLUE LIGHT UNINHIBITED 1 / Protein ELONGATED HYPOCOTYL 4 / Protein OUT OF PHASE 2 / OOP2


分子量: 1208.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q43125
#3: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.86 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 5 mg/mL of COP1 supplemented with 3 to 10 fold molar excess in peptide was mixed with two-fold (v/v) more mother liquor (1:2 ratio; protein:buffer) containing 1.25 M sodium malonate pH 7.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.39→43.98 Å / Num. obs: 56339 / % possible obs: 99.88 % / 冗長度: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 10.9 Å2 / Rrim(I) all: 0.0561 / Net I/σ(I): 11.78
反射 シェル解像度: 1.39→1.44 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IGO

5igo


解像度: 1.39→43.98 Å / SU ML: 0.1436 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.0895
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1723 2762 4.9 %
Rwork0.1361 --
obs0.1379 56337 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 15.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.39→43.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2449 0 26 280 2755
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00782658
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05633629
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0888412
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062462
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.84721015
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.39-1.420.28681390.22972582X-RAY DIFFRACTION98.09
1.42-1.440.2661250.21572635X-RAY DIFFRACTION100
1.44-1.470.29361360.19522660X-RAY DIFFRACTION99.64
1.47-1.50.2431440.18022632X-RAY DIFFRACTION99.93
1.5-1.530.20411440.16392645X-RAY DIFFRACTION100
1.53-1.570.21111360.15022640X-RAY DIFFRACTION99.96
1.57-1.610.1981210.14042660X-RAY DIFFRACTION100
1.61-1.650.20831470.13562634X-RAY DIFFRACTION100
1.65-1.70.18161210.13222674X-RAY DIFFRACTION100
1.7-1.750.17331330.12862662X-RAY DIFFRACTION100
1.75-1.820.15271320.11942672X-RAY DIFFRACTION99.96
1.82-1.890.15721640.11772681X-RAY DIFFRACTION100
1.89-1.970.15091380.11732648X-RAY DIFFRACTION100
1.97-2.080.14751210.11322696X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.210.15151530.10962683X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.380.14321260.11852708X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.620.17071510.12232692X-RAY DIFFRACTION100
2.62-30.13771320.13142730X-RAY DIFFRACTION100
3-3.780.15511400.12872759X-RAY DIFFRACTION100
3.78-440.17861590.15562882X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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