PDB-6qtl: Caffeine recognizing nanobody

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qtl

タイトル

Caffeine recognizing nanobody

要素

(VHH) x 2

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / design nanoboy

機能・相同性

CAFFEINE

機能・相同性情報

生物種

Camelidae (哺乳類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Lesne, J. / Guichou, J.F. / Labesse, G. / Cohen-Gonsaud, M.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for chemically-induced homodimerization of a single domain antibody
著者: Lesne, J.x.

履歴

登録	2019年2月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_diffrn_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qtl.cif.gz	386 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qtl.ent.gz	319.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qtl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6qtl_validation.pdf.gz	489.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qtl_full_validation.pdf.gz	503.6 KB	表示
XML形式データ	6qtl_validation.xml.gz	43.5 KB	表示
CIF形式データ	6qtl_validation.cif.gz	60.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/6qtl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/6qtl	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3qskS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6wji-2 3duu-1 6wji-1 2c8e-2 5pyw-2 5pwj-1 1qnx-d 5pym-2 1dql-d 4qxt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: VHH

A: VHH

B: VHH

C: VHH

D: VHH

E: VHH

F: VHH

G: VHH

ヘテロ分子

105 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: VHH

B: VHH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
26.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: VHH

C: VHH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: VHH

G: VHH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

E: VHH

F: VHH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.260, 60.990, 87.670
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.690, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	VHH 分子量: 13022.530 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Camelidae (哺乳類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体	VHH 分子量: 13109.608 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Camelidae (哺乳類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-CFF / CAFFEINE / 3,7-DIHYDRO-1,3,7-TRIMETHYL-1H-PURINE-2,6-DIONE / カフェイン分子量: 194.191 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀N₄O₂ / コメント: 薬剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 601 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.35 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M MgCl2, NaAc pH 5.5 100mM, PEG 2k 25%

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID30B / 波長: 0.9677 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9677 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→58.4 Å / Num. obs: 54239 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 9.055 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.141 / R_rim(I) all: 0.15 / Χ²: 0.934 / Net I/σ(I): 10.47 / Num. measured all: 491122 / Scaling rejects: 1756

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2-2.2	9.141	0.755	3.01	112320	14757	12288	0.931	0.799	83.3
2.2-2.5	9.189	0.504	4.44	123834	14171	13477	0.968	0.533	95.1
2.5-3	9.117	0.228	8.32	109922	12817	12057	0.993	0.242	94.1
3-4	8.932	0.087	17.98	79324	10237	8881	0.998	0.092	86.8
4-5	8.867	0.053	27.17	32268	3674	3639	0.999	0.057	99
5-6	8.83	0.054	26.22	14402	1650	1631	0.999	0.058	98.8
6-10	8.565	0.046	28.96	15126	1785	1766	0.999	0.048	98.9
10-58.4	7.852	0.032	36.9	3926	522	500	1	0.035	95.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3QSK

3qsk

解像度: 2.25→58.4 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 28.45 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2594	1650	4.14 %
R_work	0.1935	38235	-
obs	0.1963	39885	95.07 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 84.58 Å² / B_iso mean: 27.714 Å² / B_iso min: 0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.25→58.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7292	0	56	605	7953
B_iso mean	-	-	18.75	27.04	-
残基数	-	-	-	-	948

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7504
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.929	10164
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1084
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1344
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.201	4324

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.25-2.3162	0.3803	109	0.2363	2483	2592	75
2.3162-2.391	0.3282	126	0.2399	2785	2911	84
2.391-2.4764	0.2904	134	0.2434	3107	3241	94
2.4764-2.5756	0.3408	143	0.2259	3296	3439	99
2.5756-2.6928	0.3125	138	0.2301	3303	3441	99
2.6928-2.8348	0.2787	152	0.2242	3308	3460	99
2.8348-3.0124	0.254	142	0.2144	3328	3470	99
3.0124-3.245	0.2875	141	0.2042	3269	3410	98
3.245-3.5715	0.2494	137	0.1787	3163	3300	94
3.5715-4.0882	0.2111	143	0.1686	3366	3509	100
4.0882-5.1502	0.1989	147	0.1418	3373	3520	100
5.1502-58.4195	0.2274	138	0.1725	3454	3592	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8506	-0.4473	-0.8855	0.6156	-0.3505	1.4816	-0.2211	1.0505	0.0249	-0.4173	-0.0289	0.2343	0.1279	0.3368	0.2213	0.5531	-0.0017	-0.0133	0.4739	0.0524	0.2517	13.3218	4.5756	70.7051
2	3.5947	1.5523	0.8353	4.7084	2.7173	2.2542	0.1794	0.6197	-0.1376	-0.5946	-0.209	-0.35	-0.4418	0.0338	-0.008	0.402	-0.0424	0.012	0.4962	0.1415	0.2033	19.5485	8.3497	77.7888
3	0.1518	0.2982	0.2247	2.2094	0.3063	1.364	-0.051	0.0468	0.0338	-0.2605	0.0518	0.2937	-0.327	-0.1046	-0.456	0.1998	-0.0507	-0.04	0.3621	0.2608	0.187	13.3815	7.562	84.529
4	2.1163	1.465	3.7134	3.115	3.5799	6.9985	-0.0019	0.1209	0.0538	0.0076	-0.0336	0.3414	-0.7048	-0.7234	0.0494	0.4677	0.1329	-0.0333	0.9078	0.2138	0.3134	-2.0073	7.9766	76.265
5	0.3937	-0.3822	-0.3212	1.4072	-0.1084	0.7917	0.0871	0.7743	-0.3479	-0.2217	0.1815	0.147	0.2363	0.5872	-0.2578	0.184	0.0371	-0.088	0.4238	0.034	0.2879	13.5079	0.2639	86.7536
6	3.1071	3.3903	1.9121	5.6694	3.9223	2.9723	-0.0607	0.1531	-0.4144	0.1943	-0.8011	-0.0334	1.1928	-0.5508	0.85	0.5273	0.0963	-0.0673	0.3293	-0.1136	0.4899	6.1097	-7.1561	81.4099
7	1.3438	-0.3356	1.0365	1.2155	-0.4019	1.8869	-0.2596	0.3817	-0.1353	-0.1479	-0.2091	-0.2855	0.0269	0.8262	0.1883	0.1458	0.1479	0.0655	0.7471	-0.0171	0.4592	21.7291	1.9627	81.4838
8	7.9722	2.428	4.3332	2.702	1.5638	2.8934	0.1514	0.8841	-0.6659	0.187	0.2607	-0.1455	0.5523	0.9937	-0.3861	0.3948	0.1027	0.0003	0.5792	-0.1128	0.2602	10.337	-2.5782	73.3494
9	0.7841	0.1229	1.5333	1.8354	1.0125	6.5871	-0.1529	0.2424	-0.0553	-0.2702	0.0936	-0.1668	-0.4048	0.4556	0.0672	0.2071	-0.0449	-0.0886	0.4572	0.0972	0.1727	10.3548	10.0076	81.4424
10	1.7939	0.0451	0.0685	0.8251	-0.5936	0.4333	-0.0632	0.5751	-0.2671	-0.3725	0.0395	-0.0403	0.2898	-0.2102	0.0281	0.3411	-0.1985	0.0993	0.1331	0.0279	0.1144	21.9205	33.4414	11.3332
11	3.9629	3.1547	2.6177	5.0625	3.4343	3.311	0.013	0.0405	0.0127	0.2507	-0.1666	-0.2479	0.0622	-0.0259	-0.1136	0.212	-0.1957	0.0167	0.1718	-0.0612	0.2151	28.2434	37.2146	18.1484
12	4.2061	1.1943	0.4935	1.3242	0.7343	1.6234	-0.33	-0.2807	0.2177	-0.0729	0.0723	-0.0392	-0.3152	0.1178	-0.0363	0.2252	-0.1388	-0.1585	0.0492	0.0005	0.1869	22.1337	37.1461	25.0755
13	5.2436	2.3838	3.9655	1.2536	2.2181	4.9551	-0.1229	0.1073	0.5536	0.0561	0.1886	0.394	0.0167	0.2382	0.2862	0.3163	0.181	0.0038	0.8796	0.1393	0.5168	6.7602	38.4771	16.808
14	1.9068	0.1726	-0.5547	1.3446	0.1787	0.4793	-0.2908	-0.5089	-0.2729	0.1375	0.1078	-0.0468	0.0695	0.2247	0.0328	0.209	0.036	0.0338	0.0196	0.0838	0.17	20.9582	27.7742	24.9673
15	1.0234	-0.572	-0.0266	3.0944	-0.4431	1.2994	-0.0036	-0.0906	-0.0397	0.098	-0.1354	-0.663	-0.1375	0.198	-0.2536	0.3079	0.015	-0.0009	0.0604	0.0393	0.3474	29.4651	31.6684	19.1691
16	5.1983	0.5871	1.4609	5.2424	1.3388	6.5346	-0.1102	0.1573	-0.1682	-0.1254	0.3395	0.3398	0.0848	-0.2794	-0.124	0.1083	-0.002	0.0048	0.161	0.0862	0.1463	16.2625	32.2115	16.9727
17	1.9431	0.6697	0.2358	1.8539	0.4636	3.5837	-0.1464	-0.0661	0.2224	-0.0685	0.1502	-0.0918	-0.2847	-0.1324	-0.1376	0.1878	-0.061	-0.0576	0.0762	0.0371	0.2245	19.0069	39.5771	21.4832
18	0.4475	0.4622	0.383	0.5004	0.5189	1.251	-0.3415	-0.4126	-0.1735	-0.1132	-0.1102	0.0029	0.1169	-0.1007	-0.4641	0.1361	0.0178	0.066	0.4624	0.1996	0.1991	-11.553	2.8897	97.404
19	5.0051	-1.9067	3.2134	1.8127	-0.4045	2.6635	-0.2769	-0.4102	-0.0243	0.5415	-0.0854	-0.0822	0.1348	-0.1146	-0.242	0.3002	0.0125	-0.0376	0.5441	0.1572	0.1443	-3.6197	2.1163	103.9624
20	3.2119	-0.7736	1.3059	1.4957	-0.7115	2.7507	-0.0655	-0.0303	-0.6869	-0.2211	-0.0695	-0.0058	0.1515	0.2947	-0.2553	0.1552	-0.0259	0.0089	0.1772	0.047	0.2381	-0.0159	1.2787	92.6209
21	0.7319	-0.5675	0.2779	2.3144	-0.433	2.9662	-0.1919	-0.4645	0.129	0.0722	-0.0409	-0.0838	-0.364	-0.01	0.1902	0.12	-0.0164	-0.0032	0.391	0.0495	0.1767	-1.0344	10.7195	96.9467
22	2.5654	1.0215	0.8963	0.3929	0.2343	2.0052	-0.0819	-0.049	0.0457	-0.1217	-0.0584	0.0224	0.09	0.0969	0.1764	0.1787	-0.0384	-0.0373	0.154	0.0575	0.156	-6.7226	4.5598	91.2488
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精密化 TLSグループ

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8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H' and (resid 80 through 93 )	H	80 - 93
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11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 20 through 29 )	A	20 - 29
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 30 through 41 )	A	30 - 41
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 42 through 47 )	A	42 - 47
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15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 76 through 85 )	A	76 - 85
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17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 103 through 120 )	A	103 - 120
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 4 through 19 )	B	4 - 19
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 20 through 29 )	B	20 - 29
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 30 through 47 )	B	30 - 47
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 48 through 85 )	B	48 - 85
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'B' and (resid 86 through 102 )	B	86 - 102
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'B' and (resid 103 through 120 )	B	103 - 120
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 4 through 18 )	C	4 - 18
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 19 through 62 )	C	19 - 62
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27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resid 87 through 120 )	C	87 - 120
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 4 through 29 )	D	4 - 29
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 30 through 47 )	D	30 - 47
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 48 through 85 )	D	48 - 85
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 86 through 102 )	D	86 - 102
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 103 through 114 )	D	103 - 114
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 115 through 120 )	D	115 - 120
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 4 through 18 )	E	4 - 18
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 19 through 29 )	E	19 - 29
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 30 through 41 )	E	30 - 41
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resid 42 through 54 )	E	42 - 54
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'E' and (resid 55 through 69 )	E	55 - 69
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'E' and (resid 70 through 79 )	E	70 - 79
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'E' and (resid 80 through 93 )	E	80 - 93
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'E' and (resid 94 through 102 )	E	94 - 102
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'E' and (resid 103 through 114 )	E	103 - 114
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'E' and (resid 115 through 120 )	E	115 - 120
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'F' and (resid 4 through 9 )	F	4 - 9
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'F' and (resid 10 through 41 )	F	10 - 41
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'F' and (resid 42 through 54 )	F	42 - 54
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'F' and (resid 55 through 69 )	F	55 - 69
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'F' and (resid 70 through 85 )	F	70 - 85
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'F' and (resid 86 through 102 )	F	86 - 102
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'F' and (resid 103 through 121 )	F	103 - 121
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'G' and (resid 4 through 29 )	G	4 - 29
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'G' and (resid 30 through 41 )	G	30 - 41
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'G' and (resid 42 through 47 )	G	42 - 47
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'G' and (resid 48 through 75 )	G	48 - 75
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'G' and (resid 76 through 93 )	G	76 - 93
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'G' and (resid 94 through 102 )	G	94 - 102
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'G' and (resid 103 through 120 )	G	103 - 120

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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