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万見
- PDB-6qt8: Crystal structure of Rea1-MIDAS domain from Chaetomium thermophilum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qt8
タイトルCrystal structure of Rea1-MIDAS domain from Chaetomium thermophilum
要素Midasin
キーワードRIBOSOME / ribosome biogenesis / integrin / midas
機能・相同性
機能・相同性情報


preribosome, large subunit precursor / ribosomal large subunit export from nucleus / ribosomal large subunit assembly / nucleolus / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Midasin / Midasin, AAA lid domain 7 / Midasin AAA lid domain 5 / : / Midasin AAA lid domain / Midasin AAA lid domain / Midasin AAA+ ATPase lid domain / ATPase, dynein-related, AAA domain / AAA domain (dynein-related subfamily) / VWFA domain profile. ...Midasin / Midasin, AAA lid domain 7 / Midasin AAA lid domain 5 / : / Midasin AAA lid domain / Midasin AAA lid domain / Midasin AAA+ ATPase lid domain / ATPase, dynein-related, AAA domain / AAA domain (dynein-related subfamily) / VWFA domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Midasin
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Ahmed, Y.L. / Thoms, M. / Hurt, E. / Sinning, I.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of Rea1-MIDAS bound to its ribosome assembly factor ligands resembling integrin-ligand-type complexes.
著者: Ahmed, Y.L. / Thoms, M. / Mitterer, V. / Sinning, I. / Hurt, E.
履歴
登録2019年2月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Midasin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,20712
ポリマ－38,0691
非ポリマー1,13711
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1680 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area16500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.853, 85.853, 156.302
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Midasin


分子量: 38069.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
遺伝子: CTHT_0069750 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SHE6
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.48 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.48 M (NH4)2SO4, 5 mM MgCl2 and 10 mM NaI

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97264 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97264 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→44.54 Å / Num. obs: 47603 / % possible obs: 99.79 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 57.12 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.09
反射 シェル解像度: 2.33→2.41 Å / CC1/2: 0.414

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELXDE位相決定
REFMAC精密化
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.33→44.54 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.21 / 位相誤差: 23.5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2121 2406 5.05 %
Rwork0.1815 --
obs0.1831 47598 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 227.15 Å2 / Biso mean: 82.4017 Å2 / Biso min: 35.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.33→44.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2291 0 46 23 2360
Biso mean--121.81 87.54 -
残基数----289
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082368
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9953201
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054363
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006403
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7641426
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.33-2.37760.35431350.29626802815100
2.3776-2.42930.30961280.28132644277299
2.4293-2.48580.31551210.258626742795100
2.4858-2.54790.27081530.241526532806100
2.5479-2.61680.30951300.239726662796100
2.6168-2.69380.26861290.217226982827100
2.6938-2.78070.26671400.218426582798100
2.7807-2.88010.22891140.217626752789100
2.8801-2.99540.28221740.209726172791100
2.9954-3.13170.25511150.20226972812100
3.1317-3.29680.20131360.189626792815100
3.2968-3.50330.2181590.167626152774100
3.5033-3.77370.21031470.156826682815100
3.7737-4.15320.18411300.157426572787100
4.1532-4.75380.16791680.137626472815100
4.7538-5.98740.18841610.175926282789100
5.9874-47.95240.20261660.183526362802100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 65.0996 Å / Origin y: 28.8315 Å / Origin z: 23.5683 Å
111213212223313233
T0.4272 Å2-0.0692 Å20.0441 Å2-0.2319 Å2-0.01 Å2--0.34 Å2
L1.4542 °2-0.0663 °2-0.0975 °2-1.8281 °2-1.0045 °2--2.8865 °2
S0.0529 Å °0.0441 Å °0.0639 Å °-0.4808 Å °0.0073 Å °-0.0389 Å °-0.029 Å °-0.0472 Å °0.0034 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA4693 - 5000
2X-RAY DIFFRACTION1allA5101
3X-RAY DIFFRACTION1allA5102
4X-RAY DIFFRACTION1allA5103
5X-RAY DIFFRACTION1allA5109 - 5111

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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