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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qt6 | |||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Radiation damage study on a 16mer DNA segment, structure at 29.2 MGy dose | |||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / radiation damage / global damage / specific damage | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | ![]() 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Bugris, V. / Harmat, V. / Ferenc, G. / Brockhauser, S. / Carmichael, I. / Garman, E.F. | 資金援助 | | ![]() ![]()
![]() ![]() タイトル: Radiation-damage investigation of a DNA 16-mer. 著者: Bugris, V. / Harmat, V. / Ferenc, G. / Brockhauser, S. / Carmichael, I. / Garman, E.F. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 23.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 13.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 371 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 371.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 4898.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: Self complementary model DNA sequence derived from kB33 DNA segment. The present sequence is one nucleotide shorter than that of PDB structure 1SGS 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.63 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6 詳細: 2 microliter 1.5 mM DNA solution (5mM HEPES pH 6.6) plus 2 microliter 10 mM HEPES pH 6.6 plus 4 microliter reservoir solution, against a reservoir of 1 ml 34% PEG200, 600 mM CaCl2 and 10 mM HEPES pH 8.6 PH範囲: 8.6-6.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月22日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9686 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→31.43 Å / Num. obs: 3914 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rpim(I) all: 0.095 / Rrim(I) all: 0.167 / Net I/σ(I): 1.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6QT1 解像度: 1.8→31.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 9.464 / SU ML: 0.254 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.208 / ESU R Free: 0.22 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY. The final model of the lowest dose dataset 6QT1 was further refined against the current dataset collected at higher dose.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 131.02 Å2 / Biso mean: 57.745 Å2 / Biso min: 2.14 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.8→31.43 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.801→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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