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- PDB-6qt1: Radiation damage study on a 16mer DNA segment, structure at 0.48 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qt1
タイトルRadiation damage study on a 16mer DNA segment, structure at 0.48 MGy dose
要素DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*C)-3')
キーワードDNA / radiation damage / global damage / specific damage
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Bugris, V. / Harmat, V. / Ferenc, G. / Brockhauser, S. / Carmichael, I. / Garman, E.F.
資金援助 ドイツ, ハンガリー, 2件
組織認可番号国
European Molecular Biology OrganizationSTF_7639 ドイツ
European UnionVEKOP-2.3.3-15-2017-00018 ハンガリー
引用ジャーナル: J.Synchrotron Radiat. / 年: 2019
タイトル: Radiation-damage investigation of a DNA 16-mer.
著者: Bugris, V. / Harmat, V. / Ferenc, G. / Brockhauser, S. / Carmichael, I. / Garman, E.F.
履歴
登録2019年2月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,1397
ポリマ－4,8981
非ポリマー2406
水68538
1
A: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*C)-3')
ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,27714
ポリマ－9,7962
非ポリマー48112
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation17_435x-y-2/3,-y-4/3,-z+2/31
Buried area1700 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area6180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.823, 36.823, 161.926
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

CA

21A-102-

CA

31A-103-

CA

41A-211-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*C)-3')


分子量: 4898.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: "Self complementary model DNA sequence derived from kB33 DNA segment. The present sequence is one nucleotide shorter than that of PDB structure 1SGS.
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.97 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6
詳細: 2 microliter 1.5 mM DNA solution (5mM HEPES pH 6.6) plus 2 microliter 10 mM HEPES pH 6.6 plus 4 microliter reservoir solution, against a reservoir of 1 ml 34% PEG200, 600 mM CaCl2 and 10 mM HEPES pH 8.6.
PH範囲: 6.6-8.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→31.29 Å / Num. obs: 3861 / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 2.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 2.5 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.8-1.850.7791890.6080.5490.95959
7.84-31.290.033640.9960.0240.04196.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.3データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SGS

1sgs


解像度: 1.8→31.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 7.071 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.153
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED. Water molecules found in close contacts because of two reasons. 1) Being a part of the coordination sphere of Ca2+ ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED. Water molecules found in close contacts because of two reasons. 1) Being a part of the coordination sphere of Ca2+ ions, possibly in different configurations, could not be fully resolved. 2) Some water molecules are in contact with the phosphate moieties of the DNA, with some contact angles close to 90 degrees, suggesting these may be Mg2+ or Na+ ions - these were modelled as water molecules, because there were no sodium or magnesium salts present during purification and crystallization.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2555 180 4.7 %RANDOM
Rwork0.2196 ---
obs0.2212 3671 91.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 101.25 Å2 / Biso mean: 49.345 Å2 / Biso min: 22.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.87 Å20.44 Å2-0 Å2
2--0.87 Å2-0 Å2
3----2.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→31.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 325 6 40 371
Biso mean--49.34 46.99 -
残基数----16
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.011364
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02181
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9141.172560
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.7363429
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.248
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0250.02192
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.0280
LS精密化 シェル解像度: 1.801→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.193 11 -
Rwork0.311 161 -
all-172 -
obs--57.53 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -10.8379 Å / Origin y: -20.1414 Å / Origin z: 54.1618 Å
111213212223313233
T0.0397 Å20.0243 Å2-0.0069 Å2-0.1913 Å2-0.0107 Å2--0.1114 Å2
L0.0591 °20.0884 °2-0.1182 °2-0.1379 °2-0.3482 °2--9.88 °2
S0.0217 Å °0.0265 Å °0.0707 Å °0.0136 Å °0.0534 Å °0.1129 Å °0.15 Å °-1.1831 Å °-0.0751 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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