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- PDB-6qs5: Crystal Structure of maize CK2 in complex with tyrphostin AG99 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qs5
タイトルCrystal Structure of maize CK2 in complex with tyrphostin AG99
要素Casein kinase II subunit alpha
キーワードTRANSFERASE / protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


protein kinase CK2 complex / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Casein Kinase 2, subunit alpha / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Casein Kinase 2, subunit alpha / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JGB / Casein kinase II subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.961 Å
データ登録者Lolli, G. / Mazzorana, M. / Battistutta, R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Inhibition of protein kinase CK2 by flavonoids and tyrphostins. A structural insight.
著者: Lolli, G. / Cozza, G. / Mazzorana, M. / Tibaldi, E. / Cesaro, L. / Donella-Deana, A. / Meggio, F. / Venerando, A. / Franchin, C. / Sarno, S. / Battistutta, R. / Pinna, L.A.
履歴
登録2019年2月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2019年2月27日ID: 4DGO
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Casein kinase II subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6762
ポリマ－38,4721
非ポリマー2041
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area15090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.970, 59.550, 46.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.810, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-520-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Casein kinase II subunit alpha / CK II / CK2-alpha


分子量: 38472.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: ACK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P28523, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-JGB / (~{E})-3-[3,4-bis(oxidanyl)phenyl]-2-cyano-prop-2-enamide / (E)-2-シアノ-3-(3,4-ジヒドロキシフェニル)アクリルアミド


分子量: 204.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H8N2O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.61 % / Mosaicity: 0.81 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 10-20% PEG 4000, 0.2 M Na-acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.961→69.419 Å / Num. obs: 27064 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.5 % / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.083 / Rsym value: 0.07 / Net I/av σ(I): 6.2 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
1.961-2.073.50.3841.939280.2430.4560.38499.5
2.07-2.193.60.244337680.1510.2880.24499.5
2.19-2.343.60.1913.734890.1170.2240.19199.5
2.34-2.533.60.1255.532500.0770.1480.12599.4
2.53-2.773.60.1036.330130.0630.1210.10399.5
2.77-3.13.60.0748.527430.0450.0870.07499.4
3.1-3.583.50.05110.723990.0320.060.05199.6
3.58-4.383.40.0579.720470.0370.0680.05799.9
4.38-6.23.10.05410.315920.0360.0650.05499
6.2-45.013.40.03315.38350.0220.040.03392.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PVG

3pvg


解像度: 1.961→34.221 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.38
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2189 1352 5.02 %
Rwork0.1846 --
obs0.1863 26929 98.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 114.6 Å2 / Biso mean: 51.0985 Å2 / Biso min: 20.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.961→34.221 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2714 0 15 115 2844
Biso mean--36.64 48.71 -
残基数----325
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062817
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8263813
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05401
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004490
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.1392374
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.961-2.03110.38791400.29992559269999
2.0311-2.11240.3271520.25912528268099
2.1124-2.20850.28341280.22552565269399
2.2085-2.32490.33851030.27382526262997
2.3249-2.47060.27131370.20092548268599
2.4706-2.66120.28861280.2132575270399
2.6612-2.92890.23461420.21122540268299
2.9289-3.35240.21231400.19092583272399
3.3524-4.22250.16121380.1525972735100
4.2225-34.22630.17511440.14232556270096
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0111.4621.29661.8586-0.1122.3821-0.09040.10290.06410.11530.0072-0.2714-0.52740.3480.0380.3555-0.0122-0.02620.2907-0.05490.333121.79577.926211.3907
22.71420.43210.0292.6922-0.74732.66640.0731-0.0153-0.61220.10850.148-0.68050.47420.4416-0.18080.38410.0944-0.09580.3281-0.11250.512717.4923-13.57619.4129
32.7054-1.25491.01854.6678-1.12713.5182-0.0707-0.0844-0.88180.0280.2865-0.15040.94170.369-0.23040.51390.0091-0.15610.3875-0.0770.63711.1187-21.437610.1876
45.2924-0.58870.48314.2225-1.54244.77070.0104-0.0397-0.27970.11280.28970.04530.243-0.3515-0.25920.2048-0.0042-0.03420.2749-0.01560.22442.4547-6.0416.3706
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 184 )A7 - 184
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 185 through 256 )A185 - 256
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 257 through 294 )A257 - 294
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 295 through 331 )A295 - 331

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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