[日本語] English
万見
- PDB-6qqj: Room temperature structure of the ground state of AtPhot2LOV2 rec... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qqj
タイトルRoom temperature structure of the ground state of AtPhot2LOV2 recorded after an accumulated dose of 354 kGy
要素Phototropin-2
キーワードPLANT PROTEIN / Room temperature macromolecular crystallography / cryo-crystallography / specific radiation damage / time-resolved crystallography
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast relocation / phototropism / stomatal movement / blue light photoreceptor activity / response to blue light / plastid / circadian rhythm / kinase activity / FMN binding / protein autophosphorylation ...chloroplast relocation / phototropism / stomatal movement / blue light photoreceptor activity / response to blue light / plastid / circadian rhythm / kinase activity / FMN binding / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / Golgi apparatus / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain ...PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Phototropin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Aumonier, S. / Gotthard, G. / Royant, A.
引用
ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: Specific radiation damage is a lesser concern at room temperature.
著者: Gotthard, G. / Aumonier, S. / De Sanctis, D. / Leonard, G. / von Stetten, D. / Royant, A.
#1: ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: Specific radiation damage is a lesser concern at room temperature
著者: Gotthard, G. / Aumonier, S. / De Sanctis, D. / Leonard, G. / von Stetten, D. / Royant, A.
履歴
登録2019年2月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Phototropin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4642
ポリマ－15,0081
非ポリマー4561
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area870 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area6450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.886, 40.886, 132.691
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質 Phototropin-2 / Defective in chloroplast avoidance protein 1 / Non-phototropic hypocotyl 1-like protein 1 / NPH1- ...Defective in chloroplast avoidance protein 1 / Non-phototropic hypocotyl 1-like protein 1 / NPH1-like protein 1


分子量: 15007.909 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PHOT2, CAV1, KIN7, NPL1, At5g58140, K21L19.6 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P93025, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 12-17% PEG8000 0.2 M Calcium acetate 0.1 M MES

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.968 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.968 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→39.07 Å / Num. obs: 7399 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 8.57 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 10.72
反射 シェル解像度: 2.08→2.15 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.73 / Num. unique obs: 680 / CC1/2: 0.501 / % possible all: 87.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EEP

4eep


解像度: 2.08→24.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 7.358 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.316 / ESU R Free: 0.241 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29153 322 4.7 %RANDOM
Rwork0.24731 ---
obs0.24925 6554 94.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 38.703 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.08→24.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数895 0 31 8 934
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.013972
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.017888
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2391.7071320
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0291.6072065
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4485113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.20121.58763
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.21615173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8071510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0360.2123
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021078
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02218
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2354.052440
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2334.049439
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0756.061551
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0746.065552
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2264.208532
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.2274.209531
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.0676.226768
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.49643.0981136
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.49443.0811137
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.084→2.138 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 22 -
Rwork0.348 469 -
obs--93.52 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る