PDB-6qpo: Adenovirus species D serotype 49 Fiber-Knob KO1 mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qpo

タイトル

Adenovirus species D serotype 49 Fiber-Knob KO1 mutant

要素

Fiber

キーワード

VIRAL PROTEIN / Adenovirus / Fiber-knob / Fiber / Knob / Head / Adenoviridae / Protein IV / mutant / wild type / wildtype / pIV / HAdV-D49 / species D / serotype 49 / Ad49

機能・相同性

機能・相同性情報

adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / viral capsid / cell adhesion / symbiont entry into host cell / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Human adenovirus 49 (ヒトアデノウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Baker, A.T. / Rizkallah, P.J.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2021
タイトル: The Fiber Knob Protein of Human Adenovirus Type 49 Mediates Highly Efficient and Promiscuous Infection of Cancer Cell Lines Using a Novel Cell Entry Mechanism.
著者: Baker, A.T. / Davies, J.A. / Bates, E.A. / Moses, E. / Mundy, R.M. / Marlow, G. / Cole, D.K. / Bliss, C.M. / Rizkallah, P.J. / Parker, A.L.

履歴

登録	2019年2月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qpo.cif.gz	479.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qpo.ent.gz	399.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qpo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6qpo_validation.pdf.gz	498.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qpo_full_validation.pdf.gz	532 KB	表示
XML形式データ	6qpo_validation.xml.gz	44 KB	表示
CIF形式データ	6qpo_validation.cif.gz	59.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/6qpo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/6qpo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1knbS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6qpn-2 7kdn-4 6stw-d 6qpn-1 3ver-d 4ikv-d 4iky-d 2o6t-2 6hzp-d 7kdn-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Fiber

B: Fiber

C: Fiber

D: Fiber

E: Fiber

F: Fiber

ヘテロ分子

149 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fiber

B: Fiber

C: Fiber

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
74.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Fiber

E: Fiber

F: Fiber

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.170, 55.990, 116.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.47, 90.00
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

#1: タンパク質	Fiber 分子量: 24812.748 Da / 分子数: 6 / 変異: KO1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human adenovirus 49 (ヒトアデノウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): SG13009 / 参照: UniProt: Q09TX9
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.99 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: Molecular Dimensions, PACT Pemier Screen, condition D05 (0.1 M MMT [Malic acid, MES, Tris], pH 8.0, 25 % w/v PEG 1500)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97628 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97628 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→57.07 Å / Num. obs: 45958 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 59.9 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 2.45→2.51 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 1.274 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 3349 / CC_1/2: 0.491 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
XDS		データ削減
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1KNB

1knb

解像度: 2.45→57.06 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 30.734 / SU ML: 0.297 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.585 / ESU R Free: 0.299 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25845	2225	4.8 %	RANDOM
R_work	0.19258	-	-	-
obs	0.19577	43733	98.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 76.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.35 Å²	-0 Å²	2.21 Å²
2-	-	-5.63 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→57.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9318	0	5	29	9352

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	9525
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	8646
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.002	1.651	12940
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.272	1.583	20274
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.189	5	1194
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.944	25.797	414
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.985	15	1632
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.562	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	1296
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	10584
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1788
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.559	4.014	4794
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.559	4.013	4793
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.101	6.014	5982
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.101	6.014	5983
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.425	4.135	4731
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.391	4.126	4724
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.825	6.115	6951
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.711	74.278	37480
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.71	74.276	37478
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.45→2.514 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.409	184	-
R_work	0.35	3160	-
obs	-	-	99.08 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.0713	-1.3168	-1.9567	2.9078	0.3152	5.0717	0.1052	0.1657	-0.1936	0.0082	-0.0151	0.3335	-0.1328	-0.4043	-0.0901	0.0116	0.0646	0.0012	0.4388	-0.0046	0.0438	1.129	11.789	19.915
2	3.0604	-0.1546	-1.1288	6.9488	2.9766	5.3927	0.5097	-0.3467	0.7189	-0.3388	0.1915	-0.4974	-0.8526	0.6741	-0.7012	0.1804	-0.0893	0.1743	0.5035	-0.1383	0.2166	25.838	19.378	12.95
3	7.1175	-1.7242	-0.8094	3.5238	1.2202	4.1212	0.0825	-1.0902	0.3089	0.353	0.3008	-0.343	-0.0862	0.7674	-0.3833	0.1489	0.0349	0.012	0.8256	-0.22	0.1072	18.804	18.936	38.885
4	6.3849	1.2532	-1.9677	3.0051	-1.4635	4.8994	-0.1728	0.1615	-0.0448	-0.0937	0.3857	0.6182	0.047	-0.8199	-0.2129	0.0111	0.0143	-0.0024	0.5028	0.1714	0.1737	59.08	49.013	16.821
5	3.4345	0.5503	1.0308	3.9697	1.1766	4.7259	-0.1246	-0.1236	-0.6179	-0.2466	0.1794	-0.1995	0.6752	0.265	-0.0549	0.2684	0.1255	0.1653	0.4936	0.1383	0.238	74.059	29.106	26.407
6	3.5795	1.207	-0.8224	7.272	-0.5717	4.8912	-0.0415	-0.3794	-0.032	0.5519	-0.0412	0.3373	0.0735	-0.2327	0.0828	0.1903	0.0614	0.1549	0.5747	0.1487	0.1483	58.824	43.539	43.353

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	395 - 594
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	395 - 594
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	395 - 594
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	395 - 594
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	395 - 594
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	395 - 594

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)