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万見
- PDB-6qpn: Adenovirus species D serotype 49 Fiber-Knob -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qpn
タイトルAdenovirus species D serotype 49 Fiber-Knob
要素Fiber
キーワードVIRAL PROTEIN / Adenovirus / Fiber-knob / Fiber / Knob / Head / Adenoviridae / Protein IV / wild type / wildtype / pIV / HAdV-D49 / species D / serotype 49 / Ad49
機能・相同性
機能・相同性情報


adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / viral capsid / cell adhesion / symbiont entry into host cell
類似検索 - 分子機能
Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human adenovirus 49 (ヒトアデノウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Baker, A.T. / Rizkallah, P.J.
引用ジャーナル: Journal of Virology / 年: 2021
タイトル: The Fiber Knob Protein of Human Adenovirus Type 49 Mediates Highly Efficient and Promiscuous Infection of Cancer Cell Lines Using a Novel Cell Entry Mechanism
著者: Baker, A.T. / Rizkallah, P.J.
履歴
登録2019年2月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年8月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / citation / database_2 / entity / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_restr_ncs / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / software / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_refine_tls.L[1][1] / _pdbx_refine_tls.L[1][2] / _pdbx_refine_tls.L[1][3] / _pdbx_refine_tls.L[2][2] / _pdbx_refine_tls.L[2][3] / _pdbx_refine_tls.L[3][3] / _pdbx_refine_tls.S[1][1] / _pdbx_refine_tls.S[1][2] / _pdbx_refine_tls.S[1][3] / _pdbx_refine_tls.S[2][1] / _pdbx_refine_tls.S[2][2] / _pdbx_refine_tls.S[2][3] / _pdbx_refine_tls.S[3][1] / _pdbx_refine_tls.S[3][2] / _pdbx_refine_tls.S[3][3] / _pdbx_refine_tls.T[1][1] / _pdbx_refine_tls.T[1][2] / _pdbx_refine_tls.T[1][3] / _pdbx_refine_tls.T[2][2] / _pdbx_refine_tls.T[2][3] / _pdbx_refine_tls.T[3][3] / _pdbx_refine_tls.origin_x / _pdbx_refine_tls.origin_y / _pdbx_refine_tls.origin_z / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_seq_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.dist / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_wR_factor_R_free / _refine.ls_wR_factor_R_work / _refine.overall_FOM_work_R_set / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI / _refine.overall_SU_R_free / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _refine_ls_restr_ncs.pdbx_number / _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.number_reflns_all / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _reflns.number_all / _reflns.pdbx_CC_half / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns.pdbx_Rrim_I_all / _reflns.pdbx_number_measured_all / _software.version / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id / _struct_sheet.number_strands
解説: Atomic clashes / 詳細: New refinement for better geometry / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fiber
B: Fiber
C: Fiber
D: Fiber
E: Fiber
F: Fiber
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,7099
ポリマ－150,4206
非ポリマー2883
水1629
1
A: Fiber
B: Fiber
C: Fiber
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,4025
ポリマ－75,2103
非ポリマー1922
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7460 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area23520 Å2
手法PISA
2
D: Fiber
E: Fiber
F: Fiber
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,3064
ポリマ－75,2103
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7190 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area23800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.830, 56.280, 115.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.950, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16B
26C
17B
27D
18B
28E
19B
29F
110C
210D
111C
211E
112C
212F
113D
213E
114D
214F
115E
215F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUALAALAAA395 - 59323 - 221
21GLUGLUALAALABB395 - 59323 - 221
12GLUGLUALAALAAA395 - 59323 - 221
22GLUGLUALAALACC395 - 59323 - 221
13ASNASNALAALAAA396 - 59324 - 221
23ASNASNALAALADD396 - 59324 - 221
14GLUGLUASPASPAA395 - 59223 - 220
24GLUGLUASPASPEE395 - 59223 - 220
15GLUGLUALAALAAA395 - 59323 - 221
25GLUGLUALAALAFF395 - 59323 - 221
16GLUGLUALAALABB395 - 59323 - 221
26GLUGLUALAALACC395 - 59323 - 221
17ASNASNALAALABB396 - 59324 - 221
27ASNASNALAALADD396 - 59324 - 221
18GLUGLUALAALABB395 - 59323 - 221
28GLUGLUALAALAEE395 - 59323 - 221
19GLUGLUALAALABB395 - 59323 - 221
29GLUGLUALAALAFF395 - 59323 - 221
110ASNASNGLUGLUCC396 - 59424 - 222
210ASNASNGLUGLUDD396 - 59424 - 222
111GLUGLUGLUGLUCC395 - 59423 - 222
211GLUGLUGLUGLUEE395 - 59423 - 222
112GLUGLUALAALACC395 - 59323 - 221
212GLUGLUALAALAFF395 - 59323 - 221
113ASNASNGLUGLUDD396 - 59424 - 222
213ASNASNGLUGLUEE396 - 59424 - 222
114ASNASNASPASPDD396 - 59224 - 220
214ASNASNASPASPFF396 - 59224 - 220
115GLUGLUALAALAEE395 - 59323 - 221
215GLUGLUALAALAFF395 - 59323 - 221

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

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要素

#1: タンパク質
Fiber


分子量: 25070.061 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus 49 (ヒトアデノウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 / 参照: UniProt: Q09TX9
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.03 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: PACT Premier condition D5 (0.1M MMT [Malic acid, MES, Tris], pH8.0, 25% w/v PEG 1500)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97628 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97628 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.74→106.54 Å / Num. obs: 33350 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rpim(I) all: 0.09 / Rrim(I) all: 0.176 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 122219
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.74-2.813.71.633917924610.40.9791.91198.9
12.25-106.543.20.08212994090.9810.0510.09718.196.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KNB

1knb


解像度: 2.74→106.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / WRfactor Rfree: 0.2528 / WRfactor Rwork: 0.2003 / FOM work R set: 0.7079 / SU B: 54.108 / SU ML: 0.429 / SU R Cruickshank DPI: 0.3695 / SU Rfree: 0.3873 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.387 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2587 1609 4.8 %RANDOM
Rwork0.2114 ---
obs0.2136 31740 98.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 233.49 Å2 / Biso mean: 94.271 Å2 / Biso min: 42.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.35 Å20 Å22.92 Å2
2---1.2 Å2-0 Å2
3----3.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.74→106.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9059 0 15 9 9083
Biso mean--148.58 58.22 -
残基数----1165
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0139275
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0178704
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6881.65112593
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.211.58920205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.77451154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.19125.573393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.157151590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.3931512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21258
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0210410
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021990
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A55180.1
12B55180.1
21A58290.11
22C58290.11
31A58650.08
32D58650.08
41A59810.09
42E59810.09
51A59050.08
52F59050.08
61B54920.1
62C54920.1
71B55440.09
72D55440.09
81B55080.09
82E55080.09
91B55170.1
92F55170.1
101C58160.09
102D58160.09
111C58420.1
112E58420.1
121C58030.1
122F58030.1
131D58820.08
132E58820.08
141D58560.08
142F58560.08
151E58260.1
152F58260.1
LS精密化 シェル解像度: 2.74→2.811 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 141 -
Rwork0.379 2318 -
all-2459 -
obs--98.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.7351-1.3051-2.14992.20550.39655.63130.119-0.2089-0.10360.02730.10380.2254-0.0266-0.3272-0.22270.163-0.00310.03210.05310.0250.04341.217611.785819.9031
25.0695-0.2081-1.11876.35142.68393.88250.5677-0.76831.1494-0.46660.2026-0.4294-0.79850.5348-0.77020.2987-0.13880.27840.273-0.22790.361325.490718.892412.2977
37.3978-1.8199-0.69133.33970.30724.82540.128-1.67680.61780.41090.283-0.3772-0.30061.0527-0.41090.3465-0.10010.0481.2069-0.5010.248918.988519.432738.6046
47.00531.1208-1.65642.60030.30423.5744-0.04940.1572-0.16420.1968-0.05860.2891-0.1141-0.44610.1080.16720.04430.05540.15390.04980.08760.647649.031915.9504
54.8434-0.11150.70752.83951.01525.7655-0.3063-0.492-0.87280.16340.0672-0.07380.87730.69410.23910.5610.21560.28150.30410.29670.379475.326529.401325.8471
64.4880.3706-1.01876.62750.19283.7465-0.3367-0.792-0.33170.49190.11250.27640.10030.14720.22420.43210.0760.19140.51140.20190.149559.587344.081642.3973
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A395 - 593
2X-RAY DIFFRACTION2B395 - 593
3X-RAY DIFFRACTION3C395 - 593
4X-RAY DIFFRACTION4D396 - 594
5X-RAY DIFFRACTION5E395 - 594
6X-RAY DIFFRACTION6F395 - 593

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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