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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qpi | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of calcium-free mTMEM16F lipid scramblase in nanodisc | |||||||||
要素 | Anoctamin-6 | |||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / lipid scrambles / TMEM16 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 calcium activated phospholipid scrambling / calcium activated phosphatidylserine scrambling / calcium activated phosphatidylcholine scrambling / calcium activated galactosylceramide scrambling / positive regulation of potassium ion export across plasma membrane / purinergic nucleotide receptor signaling pathway / positive regulation of monoatomic ion transmembrane transport / phospholipid scramblase activity / negative regulation of cell volume / intracellularly calcium-gated chloride channel activity ...calcium activated phospholipid scrambling / calcium activated phosphatidylserine scrambling / calcium activated phosphatidylcholine scrambling / calcium activated galactosylceramide scrambling / positive regulation of potassium ion export across plasma membrane / purinergic nucleotide receptor signaling pathway / positive regulation of monoatomic ion transmembrane transport / phospholipid scramblase activity / negative regulation of cell volume / intracellularly calcium-gated chloride channel activity / bone mineralization involved in bone maturation / cholinergic synapse / plasma membrane phospholipid scrambling / bleb assembly / voltage-gated monoatomic ion channel activity / Stimuli-sensing channels / positive regulation of phagocytosis, engulfment / calcium-activated cation channel activity / positive regulation of monocyte chemotaxis / chloride transport / phospholipid translocation / dendritic cell chemotaxis / chloride channel activity / chloride channel complex / regulation of postsynaptic membrane potential / positive regulation of bone mineralization / chloride transmembrane transport / Neutrophil degranulation / synaptic membrane / establishment of localization in cell / calcium ion transmembrane transport / blood coagulation / positive regulation of apoptotic process / protein homodimerization activity / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Alvadia, C. / Lim, N.K. / Clerico Mosina, V. / Oostergetel, G.T. / Dutzler, R. / Paulino, C. | |||||||||
資金援助 | スイス, オランダ, 2件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2019 タイトル: Cryo-EM structures and functional characterization of the murine lipid scramblase TMEM16F. 著者: Carolina Alvadia / Novandy K Lim / Vanessa Clerico Mosina / Gert T Oostergetel / Raimund Dutzler / Cristina Paulino / 要旨: The lipid scramblase TMEM16F initiates blood coagulation by catalyzing the exposure of phosphatidylserine in platelets. The protein is part of a family of membrane proteins, which encompasses calcium- ...The lipid scramblase TMEM16F initiates blood coagulation by catalyzing the exposure of phosphatidylserine in platelets. The protein is part of a family of membrane proteins, which encompasses calcium-activated channels for ions and lipids. Here, we reveal features of murine TMEM16F (mTMEM16F) that underlie its function as a lipid scramblase and an ion channel. The cryo-EM data of mTMEM16F in absence and presence of Ca define the ligand-free closed conformation of the protein and the structure of a Ca-bound intermediate. Both conformations resemble their counterparts of the scrambling-incompetent anion channel mTMEM16A, yet with distinct differences in the region of ion and lipid permeation. In conjunction with functional data, we demonstrate the relationship between ion conduction and lipid scrambling. Although activated by a common mechanism, both functions appear to be mediated by alternate protein conformations that are at equilibrium in the ligand-bound state. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6qpi.cif.gz | 99.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6qpi.ent.gz | 53.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6qpi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6qpi_validation.pdf.gz | 975.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6qpi_full_validation.pdf.gz | 975.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6qpi_validation.xml.gz | 23.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6qpi_validation.cif.gz | 35.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/6qpi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/6qpi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 106367.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ano6, Tmem16f / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P9J9 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: mTMEM16F / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.212 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293T cells |
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 150 mM NaCl, 20 mM HEPES, pH 7.5 and 2 mM EGTA |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: at 5 mA / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 288 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 49407 X / 倍率(補正後): 49407 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 300 nm / Calibrated defocus min: 300 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 105 K / 最低温度: 90 K |
撮影 | 平均露光時間: 9 sec. / 電子線照射量: 52 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 10 / 実像数: 8706 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 60 / 利用したフレーム数/画像: 1-60 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1593115 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 280891 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 9 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL |